Повоєнний час був одним з найскладніших в історії протестантизму, з якого він вийшов із серйозними втратами, що позначилися на структурі, характері діяльності громад, житті багатьох віруючих. Цей час можна поділити на декілька етапів, тісно пов’язаних з соціально-політичними змінами у колишньому Радянському Союзі та виникненням на його місці молодих незалежних держав.

Перший — повоєнний (середина 40 - середина 50-х років), який умовно назвемо етапом “відлиги”, відносного пом’якшення політики режиму у релігійному питанні. Він позначився пожвавленням церковного життя, спробою релігійних осередків, зокрема протестантських, відновити свою практику, колишні організаційні структури. У ці роки, як і під час війни, відбулось помітне збільшення кількості віруючих. Протестантські громади Західної України, яким вдалося зберегти пропаґандистський потенціал, активізували місіонерську діяльність у східних та південних районах України.

У 40-х роках утворюється протестантське об’єднання — Союз євангельських християн-баптистів (СЄХБ), до якого увійшло чимало пізньопротестантських громад України. Процес утворення СЄХБ відбувався поетапно: у 1944 р. — через об’єднання баптистів та євангельських християн; 1945 — приєднання до них частини п’ятидесятників (християн віри євангельської та християн євангельської віри); 1946 — дарбістів (або вільних християн) Закарпаття; у 1947 р. — п’ятидесятницьких громад євангельських християн у дусі апостольському. У 1963 р. до Союзу ЄХБ увійшли братські менноніти.

Об’єднання, з одного боку, було підготовлено давніми інтеґраційними тенденціями євангельсько-баптистського середовища, відсутністю принципових розходжень у віросповідній та культовій практиці його течій, тривалою історією їхньої співпраці. З іншого боку, воно було бажаним для влади, оскільки єдину релігійну організацію значно простіше контролювати, отже, й управляти нею. Цей, так би мовити, зовнішній чинник утворення Союзу ЄХБ не викликає сумніву, оскільки всіх євангельсько-баптистських й п’ятидесятницьких громад, котрі не погодились на об’єднання, автоматично позбавляли права на автономну реєстрацію у місцевих органах влади.

Однак так звана “відлига” не призвела до перегляду політики держави стосовно церкви і віруючих. Їх існування “в умовах соціалізму” було оголошено “пережитком капіталізму”, “продуктом впливу буржуазної ідеології”, релігійність особи — “суспільним антиподом”.

Прийняття постанови ЦК КПРС “Про великі недоліки у науково-атеїстичній пропаґанді та заходи її поліпшення” (1954), а також “Інструкції щодо застосування законодавства про культи” (1961) стало новим етапом переслідувань віруючих у колишньому СРСР, який охопив кінець 50-х — кінець 80-х років. Це був, по суті, наступ на існуючі конфесійні структури, спричинений міфічним проголошенням швидкої побудови комунізму та форсованою штучною атеїзацією населення країни.

Політика державного атеїзму, що, безперечно, болісно позначилась на всіх конфесіях, найруйнівніше відбилась на тих течіях, церквах, громадах, які чинили протидію репресивним заходам влади. До особливо “небезпечних” потрапили, передусім, греко-католицькі громади, більшість протестантських і певна частина православних (так звана катакомбна церква). У згадуваній “Інструкції”, приміром (а вона призначалась, звичайно, для “службового користування”), містився конкретний перелік релігійних громад, яких позбавляли права на реєстрацію. Характер офіційного ставлення до них визначався прийняттям чи запереченням членами громади законодавчих актів влади, її внутрішньої політики.

Законодавство з питань релігії та церкви з кожною новою редакцією, черговим з’їздом чи пленумом партії зазнавало антидемократичніших змін. Релігійним осередкам у колишньому СРСР забороняли будь-яку позарелігійну практику, а власне релігійну — серйозно обмежували. Релігійні об’єднання не мали права створювати каси взаємодопомоги і вести благодійницьку практику, надавати лікувальну допомогу, влаштовувати екскурсії, дитячі чи спортивні заходи, організовувати гуртки, спілки, відкривати бібліотеки тощо. Висуваючи численні заборони, державні органи водночас систематично звинувачували віруючих у пасивності, відсутності активної життєвої позиції, релігійні ж громади — в ізоляціонізмі, екстремізмі, ворожому ставлені до радянського ладу.

Більшість протестантських осередків зайняла позицію неприйняття політики влади, незгоди з антидемократичними законами, які унеможливлювали свободу совісті в країні. Впродовж 50-60-х років у протестантизмі поступово сформувалося розгалужене підпілля. Функціонування конфесії до кінця 80-х років відбувалося, по суті, на двох рівнях. Перший — офіційний, або леґальний; до нього належали громади, що сприйняли законодавство, були зареєстровані в органах влади (юридично їхня діяльність формулювалась як законна). Другий — неофіційний, або нелеґальний. Сюди входили частина лідерів та віруючих громад євангельських християн-баптистів, п’ятидесятників, а також всі адвентисти-реформісти. Їхню діяльність було оголошено протизаконною. Це стосувалось громад свідків Єгови, котрі з самого початку будували свої відносини з радянським режимом на відверто антагоністичній основі. І хоча, безперечно, ці “поверхи” існували як взаємозв’язані складові сформованого протестантського середовища, конкретизованого у певні відгалуження та структури, його штучна розірваність за ідейно-політичною ознакою призвела до багатьох небажаних процесів у еволюції конфесії.

По-перше, посилилися тенденції дезінтеґрації в протестантизмі, який все більше подрібнювався на численні угруповання; втрачав свою стабільність внаслідок розколу в керівному апараті, розмежування рядових віруючих; послаблювалися внутрішні резерви для подальшого формування церковних інститутів. За таких нестабільних умов процес церквобудівництва все-таки продовжувався, хоч і повільнішими темпами, часто у вимушено прихованих формах. По-друге, посилювались антисуспільні настрої у протестантському середовищі, що позначалось на зниженні активності релігійних громад у громадському і культурному житті країни, а також освітнього, культурного, професійного рівня віруючих, їх віддистанційованості від нерелігійного оточення. Актуальні проблеми суспільного життя, питання політики, національних відносин, духовних пріоритетів, місця особи у світі, до чого традиційно виявляли інтерес протестанти впродовж усієї своєї історії, у 50-80-х роках XX ст. втратили для них самоцінність. Приналежність до незареєстрованої громади позбавляла віруючого надій на реальну участь