Політичні зміни у колишньому СРСР активізували критичну стосовно режиму позицію багатьох зареєстрованих протестантських громад. Вони все голосніше вимагали права на повнокровне релігійне життя. Це значною мірою стимулювало вияв внутрішніх протиріч, що супроводжували створення та існування Союзу ЄХБ. У кінці 80-х років відкриту тенденцію ізоляції щодо нього демонструють братські менноніти. 1989 року відбувся масовий вихід з об’єднання всіх п’ятидесятницьких громад.

Поза межами Союзу ЄХБ у повоєнний період існувало ще дві леґальні протестантські структури. Перша — автономно зареєстровані п’ятидесятницькі громади, які отримали на це дозвіл тільки на початку 70-х років і впродовж наступних десяти років діяли переважно у східних і південних реґіонах України. Саме вони відображали “парадне обличчя” течії в Україні, оскільки їхня кількість подавалась як офіційна цифра всіх п’ятидесятників. Наскільки ж вона була далека від реальності, засвідчують хоча б такі дані. Станом на 1 травня 1989 р. з 652 п’ятидесятницьких громад, діючих у республіці, більшість (300 громад) були зареєстровані як баптистські, 186 діяли без реєстрацієї (нелеґально) і лише 166 (тобто очевидна меншість) були зареєстровані. Отже, офіційна статистика охоплювала тільки четверту частину всіх п’ятидесятницьких громад України.

Третє після СЄХБ місце у леґальному протестантизмі посідали громади адвентистів сьомого дня (АСД). До кінця 80-х років кількість віруючих у них, за офіційними даними, становила в Україні близько 20 тис. осіб. Внаслідок штучного припинення у 30-х роках їхнього членства у Генеральній конференції адвентистів сьомого дня (що офіційна пропаґанда подавала як зв’язок “сектантів” з міжнародним імперіалізмом), адвентистські громади в Україні діяли у повоєнний час окремим осередком, маючи статус Республіканського об’єднання церков АСД. Останнє працювало у спілці з іншими республіканськими об’єднаннями, підпорядковуючись загальному органові — З’їзду (або нараді) церков АСД в СРСР. На з’їзді обирали церковну раду та її голову. У грудні 1988 р. у с. Заокському Тульської області створено адміністративно-навчальний центр, що об’єднав усі громади АСД колишнього Радянського Союзу в єдину Всесоюзну церкву адвентистів сьомого дня.

На початку 90-х років більшість протестантських громад країни стала леґальними. З цього часу, по суті, розпочався новий етап еволюції конфесії. Його можна назвати етапом подальшого формуванням сучасних протестантських церков. Уже в 20-30-х роках цей процес у деяких течіях розвивався досить активно, однак згодом був штучно призупинений. Радикальні політичні зміни в колишньому СРСР, утворення нової держави України дали змогу протестантам відкрито здійснювати релігійну та позарелігійну практику. Сьогодні перехід більшості протестантських течій у церковний статус знову пожвавився. Це, зокрема, виявляється у структурних змінах, в явищі інституціоналізації, що відображає просування релігійної спільноти до стійкості, стабільності, створення формалізованої структури, розгалуженої організації.

Спочатку — про течії, які найбільш наблизились до церковного статусу. Це євангельське християнство-баптизм, деякі п’ятидесятницькі течії, адвентизм сьомого дня. Йдеться поки що про наближення, оскільки частина пізньопротестантських осередків ще зберігає рудименти організації сектантського типу. Це, наприклад, громади, що діють у сільській місцевості, малочисельні, з незначним відсотком молодих віруючих. У недалекому майбутньому такі громади або взагалі припинять існування як малоперспективні, або приєднаються до інших, у найближчих населених пунктах. Власне, подібний процес вже відбувається у великих індустріальних містах, що постійно розростаються і “поглинають” навколишні села, а з ними — й існуючі громади. Сьогодні можна з впевненістю констатувати: центр діяльності протестантизму остаточно перенесено до міста. У 1985 р. на 10 тис. міського населення припадало 29 протестантів, сільського — 131. На початку 90-х років у містах зосередилась більшість великих, життєздатних громад, що визначають характер пропаґандистської та місіонерської практики протестантизму. Це стосується, передусім, євангельського християнства-баптизму (половина його громад діє в містах), адвентизму (60%), п’ятидесятництва (три чверті від загальної кількості громад). Лише єговізм поширений у селах більше, ніж у містах. Динаміка сучасного протестантизму, як бачимо, відображає загальну тенденцію урбанізації.

Розвинуті ознаки церковної будови мають, здебільшого, ті протестантські спільноти, що існують в обласних центрах (зокрема, у Донецьку, Дніпропетровську, Харкові, Львові, Рівному, Одесі, не кажучи вже про Київ) і налічують близько 2-3 тис. або й більше віруючих. Наприклад, у Львові тільки дві п’ятидесятницькі громади у 1990 р. мали близько 5 тис. членів. Сьогодні їх 6 тис.; окрім цього, у 1994 р. утворилась нова п’ятидесятницька церква з 1 тис. осіб. У підпорядкуванні цих осередків знаходиться більшість п’ятидесятницьких громад, що діють на території Львівської області. Кожна така громада бере участь у розв’язанні загальних питань місцевого п’ятидесятницького братства, причому ступінь її участі залежить від кількості членів (більша громада має право на більше представництво), авторитету пресвітера.

Найінтенсивніше відбувається процес оцерковлення протестантизму у західних областях України, де конфесія зберегла чимало резервів для видавничої, освітньої, місіонерської практики. Скажімо, у Рівному, Луцьку, Тернополі існують великі баптистські церкви, які мають не тільки значні за розмірами культові споруди і чимало віруючих, а й численні гуртки, видавництва, місії з євангелізації, ансамблі, хори тощо. Вони стали своєрідними осередками паломництва протестантської молоді з багатьох міст України і з-за кордону, тут часто бувають віруючі інших конфесій, проводять міжрелігійні симпозіуми, біблійні конференції, концерти і вистави, молодіжні вікторини. При церквах відкрито недільні школи, а також кореспондентські, реґентські, дияконські курси, влаштовано навчання керівників