Як митрополит А. Шептицький, так і львівська митрополія в цілому, спрямовувала свої зусилля на збереження структури і організації церкви, що в умовах фашистської окупації робити було вкрай важко. Проводилися заходи і щодо вдосконалення внутрішньо церковного життя.

В 1942 році відбувся третій Архієпархіальний Собор, який нараховував 28 сесій. Було підготовлено до друку "Діяння, декрети і правила", які однак не було видано. Архієпархіальний Собор звернувся до духовенства в 34 правилах з пред'явленням головних засад християнського виховання і з закликом впроваджувати ці засади в життя, де це лише можливо.

На третьому Соборі було видано "Праволи" до декрету про п'яту заповідь ("Не вбий") і декрет про "Духове чоловіковбивство себто соблазнь", про ліберальну совість [3, с. 208].

В правилах і декретах двох попередніх Соборів, що відбувались в час радянської окупації, і одному за німецької окупації є зв'язок, що свідчить про поступове вдосконалення моралі Церкви, яка втілювалася у християнській праці і житті. На Соборі 1942 року було розглянуто також деякі проблеми, що стосувалися четвертої заповіді ("Шануй батька і матір свою"). В 1943 році відбувся четвертий Архієпархіальний Собор, який зайнявся богословсько-пасторальним опрацюванням п'ятої заповіді. Учасники Собору намагалися усвідомити і виправити всі провини християнського життя і вдосконалити працю священиків у парафіях.

З ініціативи митрополита Андрея як делегата Апостольського престолу, під керівництвом єпископа Миколи Чарнецького з 9 по 15 червня 1942 року проходив Другий Собор Екзархів. Серед основних декретів Собору виділяються такі як: визначення кордонів екзархатів, хрещення дорослих, таємниця сповіді, нерозлучність подружжя, умови прийняття до монастиря, заборона змішування обрядів [3, с. 209].

Призначені митрополитом Андрієм і затверджені Апостольським Престолом екзархи намагались в складних окупаційних умовах виконувати свої обов'язки. Так, екзарх радянської України архієпископ Й. Сліпий в листі до кардинала Є. Тіссерана від 12 квітня 1942 року, повідомляючи про становище у своєму екзархаті, згадував, що умови на Україні є дуже важкими; незважаючи на це у Києві було створено і юридичне оформлено парафію візантійського обряду. Повідомлялося і про те, що священників греко-католицької церкви важко розквартирувати в містах України [3, с. 209].

Митрополит Шептицький цікавився життям українців Центральної і Східної України. Він отримував листи від галичан, які там працювали, навіть цікавився станом кладовищ, підкреслюючи, що пошана могил предків є важливим фактором у підтриманні духовності і національної свідомості. Коли в 1943 році українські інтелігенти (професори з Києва, Харкова, Дніпропетровська та інших міст), емігруючи на захід, проїжджали через Львів, незважаючи на те, що вони не були католиками, вважали за честь одержати аудієнцію в митрополита, їх всіх здивував широкий спектр зацікавлень митрополита не лише в релігійних питаннях, але й у національних справах, включаючи і побут [68, с. 137].

Відмітимо, що поряд з питаннями церкви митрополит Андрей на перше місце ставив і національну ідею. Просування німецької армії на схід і звільнення від більшовиків майже цілої території України створювало для унійної церкви, як спочатку було насправді, сприятливі умови для її діяльності. Шептицький отримує поширену юрисдикцію на схід. Й. Сліпий відкрив першу греко-католицьку парафію в Києві, а єпископ Чернецький почав відновлювати унійну церкву на Волині та на Поліссі. УГКЦ та її центри стають осередками державотворчої пропаганди. Але німці в значній мірі перешкоджають цьому, не допускаючи на зайняті території ніякої релігійної акції з Заходу [27, с. 882]. Наддніпрянська Україна, знесилена постійними переслідуваннями, не була здатною сприйняти національну ідею. УГКЦ активно сприяла створенню Української Повстанської Армії восени 1942 року. Митрополит видав розпорядження священикам-капеланам відвідувати повстанські загони, організовувати богослужіння, надавати повстанцям духовну і навіть матеріальну допомогу [58, с. 137].

А. Шептицький чимало зусиль доклав до згуртування, консолідації народу. Він робив чимало спроб примирити мельниківців і бандерівців, які, однак, виявилися безуспішними. Радянська історіографія ототожнювала УГКЦ з "українським буржуазним націоналізмом", адже вона була носієм української національної ідеї, дієвим чинником формування свідомості західних українців. В архівних сховищах зберігаються численні документи, зокрема доповідні записки, повідомлення, листи до Й. Сталіна з церковних проблем. Москва вважала УГКЦ колаборантом, аргументуючи тим, що всі 32 делегатури диотрикту "Галичина" очолювали уніатські священики. Церква брала участь у формуванні української дивізії "Галичина" у складі вермахту, підтримувала контакти з німецькою адміністрацією і водночас допомагала "Бандерівцям" [43 с. 51]. Щодо останнього факту, тло, як вже зазначалося, протягом усього періоду нацистської окупації греко-католицькі священики піклувалися духовним станом віруючих, допомагали українському рухові Опору в особі ОУН-УПА. Монастирі й церкви були духовною і матеріальною опорою повстанців-підпільників у боротьбі проти гітлерівського, а згодом сталінського режимів, хоч, звичайно, і засуджували факти насилля, виходячи з засад християнської моралі.

Зважаючи на ці факти, можна без сумніву твердити, що УГКЦ в важкий період німецької окупації була провідником і поборником національно-визвольного і державотворчого руху української нації. Перебуваючи в таких складних умовах керівництво Церкви всіляко підтримувало серед населення дух національної свідомості, хоча і змушене було підчинятися німецькій владі.

Розділ Ш. Становище УГКЦ в умовах відновленого радянського тоталітаризму (1944-1945 рр.)

Влітку, 1944 року завершилась німецька окупація Західної України. Проте жаданий мир не настав. На теренах західних областей почалася війна між Українською повстанською армією та військами НКВС. За цих обставин воєнна адміністрація у щойно визволених районах лояльно ставилась до місцевого населення. УГКЦ продовжувала свою діяльність, сподіваючись на те, що жахи богоборчої політики довоєнного часу не повторяться. Духовенство,