На жаль, керівники УГКЦ не розуміли, що і спроби митрополита А. Шептицького в своєму виступі на Соборі 7 вересня 1944 року висловити лояльність до влади, щоб вона не мала приводу до конфлікту з греко-католицькою церквою, а також послання Й. Сліпого від 23 листопада 1944 року, в якому заблуканих "застерігали повернутися з "хибного шляху", не могли мати позитивного результату [55, с. 17]. Вони просто не усвідомлювали реально, що собою являє радянська влада.

Всі поступки УГКЦ були тимчасовими. У зв'язку з війною Сталін не хотів вступати у відкритий конфлікт з Церквою. Але, як зауважив історик І. Білас: "Його кінцеві наміри були однозначними: знищення Греко-Католицької Церкви, яка, на противагу РПЦ, насмілилася його застерігати, - мовляв, необхідно брати до уваги особливості Західної України і "переміни робити обережно". До того ж ця Церква відстоювала ідеї національної державності, сприяла створенню військових формувань на окупованій ворогом території. Такого Сталін не прощав нікому" [9, с. 1043]. Додамо, що служителі ГКУ відмовились підтримати насильницькі переселення українців з їхніх земель, які мали відтепер остаточно відійти до повоєнної Польщі. За вказівкою перемишльського єпископа Коцеловського, греко-католицькі священники серед своїх парафій вели агітацію проти цієї акції.

Церква продовжувала відігравати важливу роль в житті західних українців, і це підтверджувалося радянськими документами того часу. У них зазначалося, що молодь "... весь час знаходилась під впливом релігійного дурману, і вона вважає поки що і зараз своє. Необхідністю, а особливо у свята, йти до церкви...". Населення сіл вимагало відкриття церков та направлення у села священників [34, с. 6].

В цей же час Російська Православна Церква почала активізовувати свою діяльність. Патріарх Олексій у березні 1945 року написав звернення

до священників та віруючих Греко-католицької церкви України, в якому закликав їх бути покірними. Коли представники агентства Рейтер запитали його, що думає про це Сталін, то він відповів: "Кожний знає, що Сталін -геніальний вождь радянського народу. Ми можемо тільки добавити, що православна церква має в його особі благоприхильність та підтримку у вирішенні всіх існуючих проблем". При цьому Олексій звинуватив Шептицького у заграванні з Гітлером, а папу - у братанні з фашистськими "бандитами". "Єднайтесь з нами, - закликав він, звертаючись до католиків, - зірвіть пута, які зв'язували Вас з Ватиканом, релігійні помилки якого звели Вас до духовного спустошення" [23, с. 72]. При це послання згадує і папа Пій XII у своїй енцикліці "Всі Східні Церкви" від 23 грудня 1945 року. "Бо хто ж не знає, - писав папа, - що патріарх Олексій, недавно вибраний нез'єдиненими єпископами Росії, в посланні, зверненому до Української Церкви, що немало причинилося до започаткування цього роду переслідування, - явно захвалював і проповідував відступництво від Католицької Церкви" [3, с. 240].

Відносно поміркована політика радянської влади щодо УГКЦ тривала недовго. Таємно розроблялися плани щодо ліквідації даної Церкви. Незважаючи на те, що діяльність УГКЦ підпадала під сферу контролю Ради в справах релігійних культів при Рад наркомі СРСР, конкретні пропозиції щодо її ліквідації вже 2 березня 1945 року доручили розробити полковнику держбезпеки Георгію Карпову, котрий очолював Раду в справах РПЦ, Він отримав завдання з Кремля підготувати для Сталіна пропозиції щодо взаємовідносин між католицизмом і православ'ям, а також вирішити проблему Греко-католицької церкви. 15 березня 1945 року Сталіну для ознайомлення була направлена таємна інструкція № 58 "Про заходи щодо приєднання греко-католицьких парафій у СРСР до Руської православної церкви, використання старокатолицької церкви для створення опозиції Ватикану у західних республіках СРСР, зміцнення впливу Руської православної церкви за кордоном та організації всесвітньої конференції християнських церков". Ознайомившись з нею, Сталін наклав резолюцію: "Товаришу Карпов, зі всіма заходами згоден. Сталін" [2, с. 101].

Керівників УРСР з планом конкретних заходів щодо ліквідації УГКЦ ознайомили лише наступного місяця. В цілком таємному листі від 20 квітня 1945 року на ім'я М. Хрущова, котрий перебував тоді у Москві, Г. Карпов писав: "Рада у справах РПЦ в даний час може і повинна зіграти значну роль у боротьбі проти римо-католицької церкви і проти уніатства, 15 березня цього року входило до Уряду Союзу з рядом пропозицій щодо здійснення деяких заходів на Україні, в Білорусі, в Литві, в Латвії, а також за кордоном. Усі представлені радо пропозиції 17 березня цього року були схвалені Головою Рад Народних Комісарів СРСР товаришем Сталіном" [41, с. 70]. Далі були представлені заходи, що стосувалися становища церкви на Україні. Пропонувалося організувати в місті Львові православну єпархію на чолі з єпископом, який би володів значними правами і пільгами на теренах Західної України; організувати тут православні братства, які мали розгорнути широку пропаганду серед греко-католиків для їх переходу в православ'я. Для розколу єдності і розпалювання ворожнечі між різними конфесіями передбачалось "організувати всередині уніатської церкви ініціативну групу, яка повинна буде декларативно заявити про розрив з Ватиканом і закликати уніатське духовенство до переходу в православ'я" [55, с. 20]. Далі Г. Карпов ставив до відома керівників УРСР при ті акції, які вже здійснювалися на виконання намічених заходів. Зокрема, вже була підібрана кандидатура на православного єпископа Львівського і Тернопільського, в розпорядження якого передавалися покої колишнього митрополита Андрея Шептицького, екзарх України Іоан одержав відправні вказівки від Патріарха Алексія про формулу прийняття уніатських священиків у православ'я