25 квітня Карпов надсилає Хрущову віддруковане українською мовою вже згадане звернення Патріарха Московського і Всея Русі Олексія до віруючих греко-католицької церкви, яке до цього часу ще не розголошувалося.

Тотальний наступ проти УГКЦ розпочався на початку квітня 1945 року. 6 квітня у львівській газеті "Вільна України" появилася стаття Ярослава Галана під назвою "З хрестом чи мечем", спрямована проти митрополита Андрея і проти УГКЦ. "Вороги українського народу, вдягнені в ряси уніатських священників, - зазначалося в статті, - є організаторами банд українсько-німецьких націоналістів, агенти міжнародної реакції. Вони шкодять народу в його святій творчій роботі. Кривава діяльність цих злочинців мусить бути рішуче припинена" [41, с. 70]. Цю статтю було передруковано в центральному офіційному органі комуністичної партії в Києві "Радянська Україна", а також вона передавалася по радіо і поширювалася окремою брошурою.

Щоб позбавити УГКЦ керівної верхівки, органи НКВС заарештували всю її вищу ієрархію - митрополита Й. Сліпого, єпископів М. Бутку, М. Чарницького, Г. Комишина та І. Лятишевського, а також велику кількість священників та церковного активу. Як зазначає, Ю. Федорів "це був головний удар в саму основу УГКЦ. Адже Церква без ієрархії існувати не може" [70, с. 312].

Вищі ієрархи греко-католицької церкви звинувачувалися насамперед у співпраці з німецькими окупантами, атирадянській пропаганді, "зраді Батьківщині". Так, Й. Сліпий був звинувачений у наступному: "... прихід радянської влади в західні області України зустрів вороже і, не припиняючи своєї абнтирадянської діяльності, підтримував зв'язок і переховував від органів влади агентуру іноземних розвідок, що прибувала з-за кордону. В 1941 р. Сліпий підписав звернення до українського народу, в якому висловлював вдячність Гітлеру і німецькій армії за "звільнення від більшовицького ярма". Продовжує підтримувати зв'язок з керівництвом оонівського підпілля, ховаючи від репресій активних ворогів радянської держави" [69, с. 12]. У березні 1946 року ієрархи УГКЦ будуть засудженні військовим трибуналом на тривалі терміни ув'язнення. Крім вищої ієрархії було заарештовано і заслано до Сибіру чимало професорів Богословської Академії, семінарій, сотні священиків і ченців.

Репресивні дії радянської влади посилювалися. В інструкції голови Ради у справах релігійних культів І. Полянського для уповноваженого Ради в УРСР І. Вільховського від 8 травня 1945 року наголошувалось: "Греко-Католицька Церква (уніатська) в особі митрополичого управління зайняла абсолютно нетерпиму у політичному плані позиції і стала на шлях боротьби з радянською владою, активно підтримуючи антирадянський націоналістичний рух. У зв'язку з цим, зараз проводяться заходи, скеровані на ліквідацію впливу повністю окатоличеного духовенства і переходу віруючих у православ'я" [41, с. 71].

Позбавленим своєї ієрархії українським греко-католицьким священикам видано наказ зареєструватися в адміністративно-партійних органах влади і тільки "реєстрованим" дозволено виконувати церковні обов'язки. За дорученням радянської влади було створено парафіяльні комітети, які не лише могли розпоряджатися церковним майном, але й мали право призначати і звільняти парохів [3, с. 240]. Резиденцію львівських митрополитів-архієпископів зайняв єпископ РПЦ Макарій, посланець московського патріарха Олексія, який отримав титул єпископа Львівського і Тернопільського.

Проти арештів ієрархії УГКЦ виступили з окремим листом від 1 липня 1945 року понад 300 священиків з проханням, щоб уряд СРСР "звільнив наш єпископат з митрополитом на чолі" [3, с. 241]. На той час це був героїчний вчинок священиків, які свідомо наражали себе на репресії.

Щоб остаточно ліквідувати ГКЦ, радянське керівництво, згідно своїх планів, вирішило здійснити "добровільне" об'єднання УГКЦ і РПЦ. З цією метою у Львові була створена так звана ініціативна група у складі керівника-настоятеля Преображенської церкви доктора філософії о. Г. Костельника, генерального вікарія Переміської єпархії о. М. Мельника і декана Станіславської єпархії о. А. Пельвецького. Очевидно, ці діячі Церкви були змушені піддатися примусу і шантажу влади та органів безпеки. Адже, Г. Костельник неодноразово висловлював антирадянські заяви у минулому, критикував політику Сталіна, засуджував комуністів за голодомор в Україні, енергійно відстоював інтереси і права УГКЦ під час переговорів у Москві 1944 року, надсилав відповідні листи в різні інстанції. Наприклад, у листі до І. Полянського він зазначав, що у Галичині близько п'яти мільйонів вірних УГКЦ, якими не можна знехтувати [41, с. 72].

На думку історика Церкви В. Ленцика, на позицію о. Г. Костельника вплинув тиск органів НКВС. Акція масових арештів діячів УГКЦ на весні 1945 року зачепила і його особисто. Репресивні органи радянської влади небезпідставно вважали Костельника потенційним ворогом, який у роки німецької окупації відверто писав: "Жодна держава так не мучила своїх підданих, як більшовицька... Як же нам було не бажати, щоб цей чортівський млин розпався вкінці на наших очах". Отже, провівши деякий час у більшовицькій в'язниці у Львові його дух, напевне, зламали. Шантаж церковного діяча органами НКВС підтверджують львівські, вчені, М. Кашуба та І. Мірчук. Відомо, наприклад, що енкаведисти в 1940 році арештували і вивезли до Сибіру його 17-річного сина Богдана. Звичайно, вони довідались, що в 1943 році два сини Г. Котельника добровільно вступили до дивізії "Галичина", яка згодом боролася проти Червоної армії. Відмітимо, що Г. Костельник відстоював ідеї Унії, був відвертим противником як польського католицизму, так і московського православ'я, виступав за приєднання всіх православних церков Східного обряду на засадах УГКЦ до католицької церкви, яка "існує від апостольських часів і завжди була вселенською" [41 с. 70].

Створення ініціативної групи можна вважати важливим кроком у справі ліквідації УГКЦ. Про це свідчить лист М. Хрущова до Й. Сталіна (грудень 1945 року): "Будучи в