А. Шептицький висловився за зовні аполітичну позицію церкви: він дозволив священникам брати чи не брати, на власний розсуд, участі у виборах, не впливаючи у цьому питанні на віруючих, не виставляти під час свят на церквах і парафіянських будівлях ніяких працорів. У посланні "До духовенства" у вересні - жовтні 1939 року він писав: "Обернулася картина історії, настала нова епоха. Стрічаймо її покірною молитвою. Програма нашої праці така: Будемо повинуватися владі, слухати законів, оскільки вони не противні Божому законові, не будемо мішатись до політики і світських справ, не перестанемо жертвенно працювати для Христової справи в нашому народі" [3, с. 200]. Львівський історик церкви М. Гайковський слушно зауважує, що у наведеному посланні та наступних розпорядженнях духовенством митрополит А. Шептицький чітко висловив відношення Греко-Католицької Церкви до більшовицької влади. В його словах "слухатися законів, оскільки вони не противні Божому законові", а також "не будемо мішатися до політики та світських справ" прозоро проглядається пропозиція - не надавати підтримки новій владі, яка з перших днів намагалася втягнути маси у політичну боротьбу бідних проти багатих, буржуазії та інших "ворогів народу" [20с. 26].

Крім послань до духовенства митрополит звернувся в грудні 1939 р. до української молоді, застерігаючи її від зради проти Батьківщини і церкви. Всі свої послання і повчання : до духовенства, до монахів, до дяків, до вірних, до української молоді, - А. Шептицький друкував на цикльостилі у "Львівських Архієпархіальних відомостей" для своїх і сусідніх парафій. Велике значення, яке надавав митрополит зв'язкові зі своїми священиками, видно з його розпорядження від 12 червня 1940 року, де він вже під канонічним послухом зобов'язував священників переписувати поодинокі екземпляри "Львівських Архієпархіальних відомостей" [3, с. 200].

Щоб задушити релігійно духовне життя, комуністичні правителі закрили усі релігійні установи та навчальні заклади: Львівську богословську академію, Львівську, Перемишльську і Станіславську семінарії, заборонили всі чернечі чини, українські греко-католицькі друкарні [2, с. 11]. Найбільших втрат зазнало Богословське Наукове Товариство. Ще до 1939 р. воно видало 13 томів "Праць Наукового Богословського Товариства", 23 томи "Видань Богословії", 17 томів тримісячника "Богословія", 34 тома газети "Нива". У бібліотеці було зібрано біля .12 тис. томів, між ними чимало унікальних. Більшовицька влада припинила діяльність Товариства, знищивши при цьому вже підготовлені до друку матриці журналу "Богословіє" та газети "Нива" [3, с. 203].

Митрополит А. Шептицький робив все для того, щоб зберегти церкву в нових умовах. Він заборонив священникам покидати парафії, яких у трьох Галицьких діоцезіях налічувалося 2190. Не всім, однак, вдалося дотриматися цього наказу: 40 священників було кинуто до в'язниці і вивезено, частина з них загинула. Близько 100 їх, щоб уникнути такої долі покинуло свої парафії і з допомогою німецької репатріаційної комісії виїхали на територію Польщі [57, с. 102].

Коли з приходом більшовиків почались масові арешти, А. Шептицький вирішив призначити на своє місце наступника. З цією метою 9 жовтня 1939 р. він вислав до Риму свою довірену особу, щоб Папа Пій XII підтримав його рішення про висвячення ректора богословської академії Иосифа Сліпого на єпископа, ймовірного наступника на митрополичому престолі. 27 листопада 1939 р. митрополит отримав відповідь у листі від секретаря Східної Конгрегації Кардинала Євгена Тіссерана: "Я предложив все те, що Ви мені написали, Особі, яку Ви і Я почитаємо. Радію, що можу повідомити Вас, що можете вважати Вашим коад'ютором і наслідником Вашого улюбленого ученика... Ви можете зробити його таким необхідною дією, що її можете виконати самі, або делегувати до цього одного з Ваших колег, якщо треба, то й іншого обряду" [3, с. 204].

Зважаючи на недугу митрополита Андрея, що вже 9 років був прикований до крісла, хіронтія відбулася у митрополичій молитовниці. Вона проходила таємно за участі єпископі Микити Будки та Миколи Чарнецького. Таким чином, таємно в колі обраних осіб відбулась епохальна подія для УГКЦ, яка забезпечувала подальший провід церкви в часи жахливих терорів і переслідувань.

Про цю подію вірні та духовенство були повідомлені листом у січні 1942 року вже після відходу більшовиків. В ньому А. Шептицький писав: "Преосв. Иосиф знаний вже всьому духовенству як довголітній ректор духовної семінарії. Його заслугою є оснування та ведення Богословської Академії і велике оживлення науково-богословського руху в нашій архієпархії. Його теж заслугою є надзвичайний музей Семінарії. Серед дуже тяжких відносин відновив преосв. Иосиф зруйнований будинок семінарії та зорганізував заново в ньому Духовній семінарії - велику і малу" [3, с. 205]. Відмітимо, що в цьому листі митрополит Андрей приписує заснування Богословської Академії безпосередньо Й. Сліпому. В зв'язку з тим, що багато греко-католицьких священників і віруючих внаслідок репресій опинились далеко від Галицької митрополії, митрополит Андрей вирішив встановити нові екзархати на території СРСР. 9 жовтня 1939 року було створено 4 екзархати поза Галичиною [47, с. 148].

До першого екзархату належали Волинь, Підляшшя, Полісся і Холмщина з екзархом єпископом Миколою Чарницьким.

До другого належала Білорусь