Управління захопленими територіями гітлерівці здійснювали при допомозі силових методів та терору. Це привело до того, що на території України було закатовано кілька мільйонів чоловік мирного населення та військовополонених. Значна кількість українського населення була вивезена на роботи до Німеччини. Однак, таких відверто жорстоких рис гітлерівське панування набуло дещо згодом. У перші місяці свого перебування в Україні німці, щоб успішно завершити "блискавичну війну", намагалися забезпечити собі підтримку місцевого населення. В той час нацистська пропаганда твердила, що основною метою приходу німецької армії є визволення України від більшовизму. З метою поширення цієї ідеї серед населення велась досить активна агітаційна робота [19, с. 10].
Окупація України німецькими військами змінила також і релігійну ситуацію. О. Лисенко твердить, що гітлерівці вважали за потрібне врахувати настрої віруючого населення [37, с. 75]. Можна припустити, що напередодні війни німецькі спецслужби ретельно вивчали релігійну ситуацію на Україні. Маючи свідчення про невдоволення віруючого населення політикою радянської влади щодо УГКЦ, окупанти вирішили зіграти на почуттях людей, позбавлених права задовольняти свої релігійні потреби. Це повною мірою співпадало з вказівками Гітлера, який говорив, що на початку окупації нацисти не повинні виказувати своїх дійсних намірів, а всіма засобами підкреслювати, що вони несуть свободу [66, с. 513].
Отже, під впливом вдало розгорнутої нацистської пропаганди, значна частина духовенства повірила, що з приходом окупантів виникли умови для вільного розвитку церков.
Всі евентуальні надії на полегшення, розрахунки на західну цивілізацію швидко розвіялися і український народ почав у тих важких умовах війни і масового терору організовувати власні сили для оборони перед двома апокаліптичними звірами, перед німцями і більшовиками [70, с. 312].
Провід ОУН, скориставшись сприятливими обставинами проголосив ЗО червня 1941 року у Львові відновлення Української держави. Митрополит А. Шептицький, вітаючи цю подію 1 липня звернувся до вірних із пастирським листом, який було прочитано по всіх церквах митрополії: "Український нарід мусить у цій історичній хвилині показати, що має досить почуття, авторитету і життєвої сили, щоб заслужити на таке положення серед народів Європи, в якім міг би розвинути усі Богом дані сили. Карністю, солідарністю, совісним сповненням обов'язків докажіть, що ви дозріли до державного життя. Від уряду очікуємо мудрого, справедливого проводу та заряджень, що узагальнили би потреби і добро всіх замешкаючих наш край громадян без огляду на це, до якого віросповідання, народности і суспільної верстви належить" [68, с. 137]. Митрополит був обраний почесним протектором і президентом Національної ради, котру німецька окупаційна влада невдовзі розігнала, а членів уряду на чолі з Ярославом Стецьком арештувала і відправила до концтабору Заксенхаузен [41, с. 78].
Всупереч твердженням радянської історіографії й офіційної пропаганди комуністичного режиму УГКЦ ніколи не була колаборантом, тим більше союзником нацизму. Проголошені подяки німецькій армії за визволення від більшовицького режиму були зумовлені припиненням масових репресій, депортацій органами НКВС перед втечею. Населення краю зустріло проголошення незалежності України ЗО червня з великим ентузіазмом і новими надіями. Ці почуття відбиває послання митрополита до духовенства і віруючих від 5 липня 1941 року, у якому він висловлював сподівання, що "на підвалинах солідарності й усильної праці всіх українців повстане соборна Україна не тільки як велике слово і ідея, а я живий, життєздатний, здоровий, могутній, державний організм, побудований жертвою життя одних, а муравельною працею, залізними зусиллями і трудами других" [48, с. 48].
Німецькі окупанти не збиралися надавати українському населенню повної релігійної свободи. За діяльністю церков було встановлено суворий контроль. Здійснення його було покладено на спеціальні підрозділи СД та поліції [19, с. 15]. Але завдяки гнучкій дипломатії і невтомній праці свято горського престолу, УНКЦ набирала сили, вносила свої корективи в національно-культурне життя.
Отже, спочатку, коли гітлерівці планували завоювання Кавказу, Азії та інших територій, вони вважали за потрібне забезпечити мирне і дружне ставлення до себе українського населення. З таких міркувань вони спочатку не виказували своїх дійсних планів щодо України, а намагалися всіма засобами викликати прихильність місцевого населення. Одним з таких засобів ідеологічного впливу на населення, на думку окупантів, могла стати УГКЦ. Більш точно політику гітлерівців на початку окупації характеризував нарком НКВС УРСР Сергієчко. У доповідній на ім'я Хрущова він писав: "На початку свого панування німці приглядалися до обставин, вивчали церковну ініціативу, з яких би кіл вона не виходила, підтримували, але обережно спрямовували у вигідному для себе руслі" [19, с. 17].
Помірковані стосунки між УГКЦ і окупаційною владою переросли у протистояння восени 1941 року, коли Берлін відверто виявив загарбницькі наміри відносно України і розгорнув на її окупованих землях терор проти національних сил, зокрема ОУН. У грудні 1941 року німецька канцелярія видала спеціальну інструкцію про погодження з українським населенням, її п'ятий пункт стосувався церкви. У ньому вказувалося, що діяльність церков на території України не забороняється до тих пір, доки вони не займаються політичною діяльністю [18, с. 65].
Незважаючи на це, А. Шептицький у грудні 1941 року у пастирському посланні "Як будувати Рідну Хату", сконфіскованому німецькою окупаційною владою засудив тоталітарну політичну систему, монопартійне державне управління. Усвідомлюючи недосконалість будь-якої форми влади, Шептицький висловлювався за "природне право народу встановити собі форму влади, вибрати поміж різними формами -монархічною, олігархічною чи демократичною - зберігаючи собі ту участь у провідній частині, яку може виконувати виборами, себто голосуванням, а в деяких важливіших справах, так званим плебісцитом