Заслуговують на увагу також вилучені дорогоцінні облачення, що знаходилися в ризниці: Гедеона Четвертинського з золототканого атласу з перлами, з алмазами і яхонтовими прикрасами на патериці; два сріблоткані сакоси Рафаїла Заборовського з самоцвітами; парчевий сакос і омофор митрополита Йосифа Кроковського;грузинський омофор 1611 року з вишитими злотом і сріблом із зображеннями сцен дванадцяти церковних празників; сакос з мантії, яка покривала у XVIII стол. статую Мадонни з Венеції та ін.

За 1935 - 37 рр. розібрано вісім високомистецьких бароккових іконостасів роботи українських майстрів XVII-XVIII ст. З них був дуже цінний іконостас Стрітенського вівтаря XVIII ст, що являв собою середній ярус сучасного головного іконостасу і 1888 року був перенесений в цей вівтар. Так загинули іконостаси Миколаївського та Андріївського вівтарів, надзвичайно цінні іконостаси Богоявленського вівтаря, що в своїй чудовій різьбі зображував цілу подію хрищення Господнього, Преображенського вівтаря з зображенням гори Фавор та Преображення, Страсного - з зображенням сцен Розп'яття та інших вівтарів.

З цих чудових пам'яток дереворізьби українського барокко, як і з інших іконостасів київських церков, за урядовим розпорядженням здиралась позолота, а самі іконостаси були майже всі спалені.

З головного іконостасу забрано рельєфні, зроблені з срібла і густо визолочені царські врата вагою 114 кг. - прекрасну роботу київських золотарів Волоха і Завадовського (1747 р.).

Забрано чотири срібні підвіски XVII ст. з-перед ікон головного іконостасу, з намісних ікон цього ж іконостасу знято чотири срібні ризи і видалено срібну гробницю з мощами митрополита Макарія, що стояла в Михайлівській наві перед іконостасом.

Вилучені також були дуже цінні панікадила. Одне з них - з центральної частини храму, виконане з бронзи першорядним київським майстром у формах українського барокко, подароване митрополитом Рафаїлом Заборовським (в 1730 - 40-х рр.);потім два інші чудові панікадила з-перед вівтарів Якима і Ганни та Трисвятительського;з-перед амвону панікадило митрополита Тимофія Щербацького, тої ж роботи, що й ризи на намісних іконах.

Крім того, забрано також визолочене окуття з престолів, срібні ставники (канделябри), свічники, церковний посуд, коштовний церковний одяг, килими, цінні ікони і Софійську бібліотеку, в складі якої знаходились неповторні унікуми.

(Острозька Біблія 1581 р. і Львівський Апостол 1574 р., біля тисячі примірників рукописів, власноручні записки митрополита Петра Могили, автографи митрополита Дмитра Ростовського і багато інших старих богословських творів, надзвичайно цікавих для характеристики місцевої богословської науки XVII-XVIII ст.). Лише частину раритетів з Софійської бібліотеки та дуже малу частину речей з архиєрейської ризниці пощастило перевезти до Всеукраїнського Музейного городка (кол. Києво-Печерської Лаври) та до бібліотеки Української Академії Наук (проте й звідти майже все було пограбоване в 1941 - 43 рр. німецькими окупантами).

З Софійської дзвіниці забрано дзвони з рельєфними барокковими прикрасами та написами, а саме: дзвін "Рафаїл" вагою близько 1,5 тонни (роботи відомого майстра Моторина, 1733 р.), дзвін "Орел" вагою понад одну тонну та десять інших дзвонів різної ваги. Але цим коротким списком далеко ще не вичерпується вся та велика кількість матеріяльних і історично-мистецьких цінностей, якими володіла св. Київська Софія перед приходом большевиків до влади. Дуже багато експонатів Софійського архітектурно-історичного музею (як, напр., експонати з відділу архітектури і малярства України княжої доби, багато ікон XVII-XVIII ст. тощо) вивезено німецькими окупантами в 1943 р.

Між 1920-40рр. Софію майже не ремонтували - за вийнятком ремонту в західній частині арки, пошкодженої большевицьким гарматним стрільнем в 1918 р., та поточного абиякого ремонту даху.

В 1938 - 39 рр. в Богословському приділі була влаштована виставка архітектурних проектів архітектурних майстерень Української РСР. Для цієї виставки були перероблені вікна XVII ст. замальовано увесь церковний живопис, настелено нову підлогу і, в довершення цього, встановлено величезну, незграбну гіпсову статую Сталіна. Коли виносили тісними сходами до Богословського приділу великі підрамники з архітектурними проектами та частини статуї Сталіна, фрески XI стол. північнозахідної вежі дуже були подряпані.

В цей же час був перероблений і Успенський приділ під канцелярію музею, де також зафарбовано увесь стінний живопис, і в тому числі, прекрасний образ Успіння Божої Матері XVIII ст. Паркетна підлога у цьому приділі була наставлена на сировій, погано ізольованій основі. З цієї причини завелась грибкова цвіль, що повипинала місцями підлогу й стала загрозою для інших частин будови храму.

Преображенський і Вознесенський приділи (в обох вежах) перероблено на допоміжні музейні кімнати (кабінет, фотолабораторію тощо). Тут перебудовано стелю, зафарбовано стіни й зруйновано чудові бароккові іконостаси XVIII ст. Скрізь в цих перебудованих приміщеннях змуровано примітивні опалювальні груби з виводом бляшаних рур крізь вікна.

Приміщення архиєрейської бібліотеки і ризниці були використані для експонатів архітектурного музею (фотографії й рисунки храмів великокняжої України, уламки деталів з розібраних большевиками київських храмів XI-XII ст. тощо). В одному з цих приміщень (зі входом до нього безпосередньо з південнозахідньої вежі) уміщено мозаїки і фрески з розібраного Михайлівського (Дмитрівського) манастиря, щоправда не всі, бо мозаїчний образ св.Дмитра Солунського та декілька фресок вивезено до Третьяковської галерії у Москві