Гостра боротьба розгорнулася за відстоювання заповідником червономідного покриття куполів костьолу та двох дзвіниць, яке південно-західна контора “Стальзбут” планувала замінити на залізне.291 все це без погодження із заповідником (!), який звернувся до ВУЦВК, та у НКО з проханням заборонити міняти покрівлю архітектурних пам'яток. Відповідь надійшла з державного тресту “Металлом”, що “...питання безумовно буде розв'язане в напрямку заміни червономідної покрівлі на залізну.”30 Вилучення цінних експонатів з музейних зібрань проводилось й іншими шляхами. 1925 року в Радянському Союзі виникла Головна контора Держторгу СРСР по скупці та реалізації антикварних речей “Антикваріат”, діяльність якої завдала непоправної шкоди культурному надбанню країни. Сумнівними засобами, за рахунок маштабної реалізації культурних цінностей за кордон радянський уряд сподівався якоюсь мірою підняти економіку.

8 липня 1928 р. в М.Бердичеві працювала комісія Київської контори Держторга, яка (цит. мовою ориг.) “...осмотрела Бердичевский музей на предмет виявлення предметов, годных для зкспорта, причем представители Росторга признали таковыми:

1. Ковер тканный русской работы первой половины xix века большого размера. Оценка 250 р.

2. Кружка малая серебрянная немецкой работы конца xvi стол. 150 р.

3. Два бра бронзовых зпохи Людовика xv. 200 р.

4. Облачение католическое из материн зпохи Людовика xiv. 100 р.

5. Такое же облачениє зпохи Людовика xvi. 100р.”."

Представники музею та Крайовий інспектор по охороні пам'яток культури професор Ф. Ернст заявили, що ці речі не можуть бути вилучені з музею для експорту. На жаль, подальший перебіг подій документально не простежується,

Неоднозначне можна трактувати тісне співробітництво заповідника з Центральним антирелігійним музеєм (Ц.А.М., м. Москва), яке а основному базувалось на поповненні експонатами фондів московського музею. До Бердичева надходять “Наметки схемы, по которой следует отбирать зкспонаты для Ц.А.М.”, в яких в основному акцентується увага на матеріали з католицизму.32 Незабаром до Москви було відправлено декілька десятків експонатів, серед яких був одяг священиків, кришталевий кубок з монограмою, ікони “Воскресіння” та “Божої Матері Бердичівської”, книги та інші речі." На початку 30-х років Ц.А.М. звернувся до Бердичівського музею з пропозицією провести у 1932 році спільну експедицію по обстеженню костьолів України та вилучення з них речей музейного значення. Частину вилучених речей московський музей просив для себе, компенсуючи 50% затрат на експедицію." Чи реалізувалися ці плани в життя - виявити не вдалося. 1932 р. нависла загроза втрати унікального музичного інструменту - органа Марийського костьола, що його зажадав для своїх потреб 1-й Московський крематорій.35

Співпраця по обміну експонатами проводилась і з українськими музеями. Так, з Одеського історичного музею було отримано кераміку доби рабовласницького господарства в обмін на матеріали часів феодолізму. Подібні обміни проводились і з Харківським історичним музеєм та іншими музейними закладами. Але існуюча практика “міграції” експонатів, що тоді існувала, викликала і рішучий протест музейних фахівців. 1931 р. Археологічний комітет запропонував передати археологічні матеріали з Бердичівщини до центральних музеїв. З Бердичівського музею до комітету надходить красномовна відповідь: “...ВУАК намагається продовжувати стару великодержавну політику зростання культурних центрів за рахунок оббирання провінційних осередків. До того ж відмічаємо, що в Бердичеві існує краєвий державний Музей, Всеукраїнський історико-культурний Заповідник та Всеукраїнський антирелігійний, з історії католицизму, Музей - що характеризує значення Бердичева, як культурно-наукового осередку. Археологічних матеріялів з експедиції Бердичівським Музеєм не буде передано ні Київським ні Харківським Музеям.”36

З великим і різноманітним обсягом музейної роботи “боролися” лише декілька штатних працівників, робочий день яких сягав 12 годин, І це в той час, коли на нараді музейних робітників у Києві штат для округових музеїв було визнано в кількості 28 чоловік, а для районних - 13 чоловік, Але надходження нових експонатів до бердичівських музейних закладів зростало, що відповідно збільшувало й обсяг роботи. Станом на 1.Х.28 р. у музеї нараховувалось 8.280 експонатів, за цей же рік до музейного фонду надійшов 1391 новий експонат, що збільшило загальну кількість експонатів до 9.665 предметів, з яких в музейній експозиції було задіяно 2730 експонатів."

Досить великою була музейна бібліотека, в якій лише 460 книг було впорядковано для роботи, а невпорядкований фонд налічував 6.300 примірників (з них близько 3.600 - стародруки, які вважались експонатами).38 Науковою інвентарізацією за рік було охоплено 1250 експонатів та занесено до каталогу 160 предметів.39 За цей же час музейними працівниками було проведено 259 лекцій та доповідей із