Головним учителем січової школи був ієромонах. Він турбувався про здоров'я хлопчиків, ховав померлих і про все, що відбувалося в школі, доповідав кошовому отаманові та при­кордонному лікареві. Навчання в усіх школах Запорожжя велося рідною — "руською" — мовою. Крім рідної, у січових школах вивчали старослов'янську і латинську мови, письмо й лічбу, закон Божий, піїтику, риторику, геометрію, географію, астрономію, музику тощо. Учні проходили курс військово-фізичного виховання, мали досить широкі права. Щоро­ку обирали двох отаманів: одного для учнів старшого, другого — для учнів молодшого віку. Виняткову увагу запорозькі козаки приділяли добору вчителів, стежили за їхніми пове­дінкою і працею. Проте довгий час залишалася невирішеною справа вищої школи, яка могла б дати освіту інтелігенції і протидіяти впливам єзуїтських шкіл.

Створенням вищої школи першим зайнявся князь Костянтин Острозький, волинський магнат, що займав високі урядові посади і, розуміючи вагу освіти, заснував у своєму маєтку в м. Острозі у 1576 р. школу, відому під назвою Острозької академії. Щоб забезпечити школі вищий рівень, Острозький запросив викладати в ній видатних українських та іноземних вчених. Очолив Академію Герасим Смотрицький, професорами були греки: Кирило Лукаріс, Протосінгел Никифор, Діонісій Палеолог. Тут викладали ієромонах з Острога Купріян, котрий свого часу вчився в Падуї та Венеції, математик та астроном Ян Лятос, який був раніше професором Краківського університету, острозькі священики Дем'ян Наливайко та Василь — автор трактату "О єдиной вірі". Були і світські люди: Клірик Острозький, Христофор Філарет (М. Броневський) — автор "Апокрисису", пізніше — Мелетій Смотрицький. З 1576 р. тут діяла друкарня Івана Федорова, яка видала понад ЗО найменувань книжок, особливим досягненням було видання Острозької Біблії в 1581 р. В Академії навчалися майбутній гетьман Петро Конашевич-Сагайдачний та вчений, письменник Мелетій Смотрицький. Але проіснував навчальний заклад недовго. В 1608 р., коли князь Острозький помер, його син Януш, який був уже католиком, справи батька продовжувати не бажав. А онука князя Острозького, Анна Алоїза Ходкевичева, заснувала в Острозі єзуїтську колегію.

Знову потребу вищої школи в Україні підняв Петро Могила, об'єднавши в 1632 р. школу Києво-Печерської лаври з братською школою і створивши навчальний заклад, який стали називати Києво-Могилянським колегіумом, а пізніше, з 1694 р., Києво-Могилянською академією. Новий навчальний заклад мав за основу західноєвропейський зразок.

З самого початку колегіум, крім чотирьох нижчих класів (фари, інфіми, граматики, синтаксими), мав класи поетики, риторики, філософії. Лекційні курси читалися переважно латинською мовою, як і в тогочасних західноєвропейських колегіумах та університетах. На цьому дуже наполягав сам Петро Могила, хоча проти вивчення латини в Україні стояла значна частина духовенства.

Як і тогочасні європейські університети, Києво-Могилянський колегіум мав у своєму підпорядкуванні школи, що працювали за його програмою: у Вінниці (заснована 1634 р.; в 1639 р. перенесена до Гощі); у Кременці (відкрита в 1639 р. за участю фундаторів Кременецького братства Лаврентія Древинського та Данила Малинського).

У цьому навчальному закладі викладалися арифметика, граматика, музика, нотний спів, геометрія, астрономія, грецька, латинська та польська мови. Щорічно в академії навчалося близько тисячі учнів як з України, так і з Білорусії, Молдови, Сербії, Чорногорії, Болгарії, Греції та інших країн. Вчилося багато росіян, зокрема Михайло Ломоно-сов. У 1698 р. цар Петро наказав патріархові: "Священники у нас ставятся, грамоти мало умеют ... й для того в обу-чение хотя бьі послать 10 человек в Киев в школы".

У той час, коли в Московії західної науки і культури завжди боялися і втікали від них, в Україні ніколи нічого подібного не спостерігалося і західний вплив широкою рікою котився до нас. Про те, що в Києво-Могилянській академії утверджувалась атмосфера вільнодумства, свідчить хоча б викладання в ній філософії. Кожен професор філософії повинен був виробити собі свій оригінальний курс, до цього навіть зобов'язував статут академії. Оригінальні курси філософії залишили після себе професори Христофор Чарнуцький, Платон Малиновський, Амвросій Дубневич, Стефан Кали-новський, Йосип Туробайський, Мануйло Козачинський.

Києво-Могилянська академія була не лише освітнім, а й науковим центром. Професори, як свідчать нотатки лекцій Йосипа Горбацького в 1639—1640 рр. та Інокентія Гізеля в 1645—1647 рр. ("Підручник логіки" та "Загальний нарис філософії"), не обмежувались лише викладом концепцій, загальноприйнятих у тогочасній європейській науці, а ще самостійно розробляли проблеми логіки, психології та інших наук.

Пам'ятками православної полемічної літератури стали "Палінодія" Захарія Копистенського і польськомовний трактат "Літос", який вважають твором Петра Могили. Обидва твори засвідчують ерудицію авторів, їхню обізнаність як з богословською думкою Сходу і Заходу, так і з тогочасною слов'янською та західноєвропейською літературою.

Та основна заслуга цього навчального закладу полягала в тому, що українці вже в XVII ст. мали свою вищу школу, яка здобула визнання у всьому слов'янському світі, демон­струвала зв'язок української культури із західноєвропейською, сприйняла ідеї гуманізму, Реформації і Просвітництва, стала віддзеркаленням демократизму українського сус­пільства та здійснила величезний вклад у справу формування української еліти.

Проте спочатку, до відкриття в Україні вищої школи, рівень вітчизняної науки представляли вихованці монастирських шкіл, що часто продовжували свої студії в Празькому, Лейпцігському, Болонському, Падуанському та Краківському університетах. До найбільш знаних належить, наприклад, поет-гуманіст Павло Русин із Кросна (бл. 1470—1517 рр.). Також чималий вплив на розвиток тогочасної гуманістичної думки