Цей наступ на Вольності Запорізькі серйозно стривожив козацтво - господарів цих земель. Спостерігаючи наступ царизму на запорізькі землі, "Мазепині сподвижники" Федір Мирович і Федір Нахімовський зробили прозорливий висновок: "росіяни… нині вже Військо Запорізьке дорешти вигубити хотять, для чого знову на сьому боці Дніпра фортеці, як ось Єлисавет і прочія, пороблені, і уж Військо Запорізьке в мішок убрато, і тільки ж ще, щоб як то мішок зав'язати, росіяни способу не обрали".

У 1755-1756рр. П. Калниш разом із Д. Гладким та І.Чугуївцем перебував у Петербурзі з петицією до імператорського двору про скасування мита та повернення запорізьких земель, захоплених Новою Сербією, Слобідським полком і Донським військом, а у 1758-1761рр. - разом із П. Кириловичем і А. Кумпаном - з проханням про видачу гармат і платні. (Десь у цей час козак Калниш перетворюється на Калнишевського, бо в Петербурзі не визнавали "неблагозвучних" українських прізвищ). Але якщо прохання щодо мита уряд задовольнив, то у поверненні земель козакам категорично відмовив.

Щоправда, було наказано створити змішану комісію для опису запорізьких земель і розмежування їх з Новосербією та Новослобідським полком. Така комісія була створена в 1756р. з депутатами від Запоріжжя, Гетьманщини, фортеці святої Єлизавети. На початку січня 1757р. у фортеці св. Єлизавети зібралися на з'їзд уповноважені комісії, до складу якої входив і Петро Калнишевський. Комісія діяла протягом 1756-1762 років, впродовж яких п'ять разів збиралася на з'їзди. Однак і під час діяльності комісії наступ на запорозькі землі тривав.

Протягом 1760 р. П. Калнишевський та П. Головко були похідними полковниками, яким Кіш наказав боротися проти гайдамаків. 9 вересня 1762 р. київський генерал-губернатор, а водночас і головний командир Новосербії, І. Глєбов видав П. Калнишевському ордер на розшук і знищення гайдамаків на території Війська Запорізького і відрядження старшин до фортеці св. Єлизавети для участі у слідстві над затриманими запорізькими козаками.

Наступ царизму на земельні володіння Запорізької Січі, як і взагалі на її автономію, набув особливої сили після вступу Катерини П на престол у 1762 році.

9 вересня 1762 р. Калнишевський, щойно обраний кошовим, і військовий писар Іван Глоба представляли Запорізьку Січ на коронації Катерини П. Непересічна й незалежна особистість славного козака, очевидно, відразу не сподобалась цариці, й невдовзі на Січ надійшов указ про усунення його від керівництва Кошем. Але козацтво дуже часто ігнорувало царські закони, обираючи найавторитетніших і найгідніших. Таким обранцем козацької громади і став П. Калнишевський, який у січні 1765 р. всупереч царській волі знову став кошовим отаманом. Утім, з огляду на майбутню війну із Туреччиною, а в ній українському козацтву відводилася чи не вирішальна роль, Катерина ІІ тимчасово змирилася з самовільним обранням Калнишевського. Отже, він стає кошовим отаманом вдруге і остаточно - аж до знищення Запорізької Січі, тобто на десять років поспіль.

У серпні 1763 року Петро Калнишевський отримав нагороду - золоту медаль із "патретом" імператриці Катерини ІІ. До речі, саме з цією медаллю Петра Калнишевського зобразили на іконі січової Покровської церкви, копія якої зберігається в Одеському історико-краєзнавчому музеї.

У верхній частині ікони розташовані зображення Богоматері, святителя Миколая та архангела Михаїла. Нижче ми бачимо велику групу запорожців, що моляться разом із кошовим.

Вони показані у своєму звичному одязі, при зброї, з непокритими головами й довгими "оселедцями". На іконі зображено стрункого, дещо вищого від середнього зросту чоловіка, який, очевидно, звик жестикулювати. На ньому червоні шаровари і кунтуш, темно-синя свита, підперезаний він широким поясом, гаптованим золотом, з великою золотою медаллю на грудях та шаблею на лівому боці. Кошовий виглядає уже немолодим. Його шия у зморшках, козацький оселедець та вуса посивіли. Кошовий звертається до Богоматері з молитвою про захист Січі: "Молимся, покрий нас честним твоим покровом, избави от всякаго зла", на що Богоматір, нахилившись до запорожців, відповідає: "Избавлю и покрию, люди моя". Другу золоту медаль П. Калнишевський отримав 1771 року за заслуги у російсько-турецькій війні.

Після безрезультатної 1763 року запорізької депутації в 1765 році до імператорського двору прибуло нове запорізьке посольство в складі кошового отамана Петра Калнишевського, військового писаря І. Глоби та військового старшини В.Пишмича з чолобитною Війська Запорізького щодо земель. Автори чолобитної посилалися на грамоту польського короля Стефана Баторія від 1575р. та універсал Богдана Хмельницького від 1655р. Щодо земельних претензій, то тут запорізька депутація конкретно ставила питання про знесення з території Запоріжжя Ново-Сербії та фортеці святої Єлизавети.

У 1771-1774 роках Запорізька Січ продовжувала відправляти депутації до імператорського двору, але з тим же негативним результатом.

Будучи далекоглядним політиком і господарем, П. Калнишевський дбав про поширення хліборобства і торгівлі на запорізьких землях, культурний розвиток краю. Завдяки його вмілому господарюванню Запорізька Січ перетворилася на цілком автономний організм не лише в політичному, але й економічному відношенні, а її кошовий отаман став одним із найзаможніших старшин в Україні. Причому значну частину свого збіжжя Калнишевський збирав на землях нинішньої Кіровоградщини: у своїх спогадах письменник Яр Славутич свідчить, що неподалік від його рідного села Гурівка Долинського району існував великий зимівник, який так і називався - "Калнишевський".

Це дало змогу Калнишевському активно займатися меценатством. Власним коштом він збудував декілька соборів та церков (у Лохвиці, Ромнах, Пустовійтівці, Межигірському монастирі, Петриківці), придбав для їх оздоблення значну кількість начиння та церковних книг.

На противагу російській колонізаційній політиці, Кіш використовував можливості власної випереджаючої колонізації незаселених земель.