Вища січова старшина була репресована, найбільше усіх постраждав 85-річний кошовий отаман Петро Іванович Калнишевський. Князь Потьомкін, який неодноразово на словах засвідчував повагу до запорізького кошового, називаючи його "милостивим своїм батьком" і "нерозлучним другом", сам віддав наказ про арешт Калнишевського. Саме він підказав імператриці повеліти відправити його на вічне утримання до Соловецького монастиря. За "вірну службу" Катерина пожалувала фавориту 100 тисяч десятин землі, а генерал Текелій за успішне проведення ліквідації Січі отримав землі в районі села Хмельового (тепер Маловисківського району). До 3160 десятин, отриманих від її величності 1767 року, долучив ще 2565 десятин угідь, і безбідно доживав віку тепер уже як генерал-аншеф.

25 червня 1776 р. конвой із семи чоловік повіз Калнишевського з Москви до Архангельська. Вони прибули туди 11 липня і, найнявши за 20 карбованців судно у купця Вороніхіна, переправилися на Соловки разом з додатковою охороною. 86-літнього старця охороняли в морському плаванні, крім екіпажу, 10 військовослужбовців царської армії. 30 липня настоятель Соловецького монастиря Досифій доповів у Синод, що він прийняв арештанта Калнишевського для утримання його згідно з царським указом "надісланого в'язня утримувати під неослабною вартою солдатів, які перебувають у тому монастирі". Дуже, мабуть, боявся царизм колишнього кошового, якщо забезпечив йому потрійну охорону - море, монастирську тюрму та ще й постійну варту біля дверей камери.

Доля Калнишевського стала таємницею для всіх, за винятком царського двору. Колишні запорожці складали легенди і пісні про зниклого кошового. Так тривало майже сто років, доки український історик П. Єфименко, перебуваючи на засланні в Архангельській губернії, в 1863 році, не знайшов у місцевому архіві про ув'язнення кошового отамана.

Російський історик М. Колчин, котрий у 1880-х роках був монастирським фельдшером, так описує камеру цього в'язня: "Перед нами маленькі, аршина два (один аршин - 71 см.) двері з крихітним віконечком посередині. Двері ці ведуть до житла в'язня, куди ми і входимо. Воно має форму урізаного лежачого конуса з цегли, завдовжки аршина чотири, завширшки сажень, висота при вході три аршина, у вузькому кінці - півтора. При вході праворуч ми бачимо лаву - ложе для в'язня. На другому боці - залишки розламаної печі. Стіни… сирі, плісняві, повітря затхле, сперте. У вузькому кінці кімнати знаходиться маленьке віконце вершків шість у квадраті, промінь світла, наче крадькома через три рами і двоє грат тьмяно освітлює цей страшний каземат. При такому світлі читати можна було лише в найсвітліші дні й то з великим напруженням зору. Якщо ув'язнений пробував крізь це вікно подивитися на світ Божий, то його погляду відкривалося саме кладовище, що знаходилось просто під вікном. Тому, хто бував близько півгодини в задушливій атмосфері каземату, ставало душно, кров приливала до голови, з'являлось якесь безмежне відчуття страху. В кожного, хто тут побував, навіть найсуворішої людини, мимоволі виривається з грудей якщо не крик, то тяжке зітхання і з язика злітає запитання: "Невже тут можливе життя? Невже люди були настільки міцні, що зносили роки цього домовинного існування?"

Старий запорожець провів чверть століття у нелюдських умовах, але не втратив ані мужності, ані гостроти розуму. Лише 2 квітня 1801 р. указом нового імператора Олександра І Калнишевському було "даровано прощення". Останньому кошовому виповнилося на той час рівно 110 років.

Старожили монастиря розповідали невтомному шукачеві козацьких старожитностей Дмитрові Яворницькому, який розшукав могилу кошового на Соловках, що після Калнишевського залишилося у камері понад два аршини нечистот, що, просидівши у в'язниці такий тривалий час, він став похмурим і втратив зір, у нього виросла довга борода, і весь одяг на ньому, каптан з ґудзиками, розповзся на шматки і спадав з плеч. На пропозицію повернутися на батьківщину він, не втрачаючи гідності і не без іронії, попросив дозволити йому "в обителі сій чекати зі спокійним духом кінця свого життя, що наближається, бо за 25 років перебування в тюрмі він до монастиря цілком звик, а свободою і тут насолоджується повною мірою".

"Насолоджувався" свободою Калнишевський недовго. У суботу, 31 жовтня 1803 року, його не стало. Перед Преображенським собором Соловецького Кремля на могилу останнього кошового отамана ліг камінь з святенницькою епітафією, складеною ченцями. Гетьману було, як вказано в епітафії, "112 літ от роду".

Сьогодні точне місце, де знаходиться могила Петра Калнишевського, невідоме. В 1930-х роках на монастирському цвинтарі були табірні городи, де вирощували овочі. До наших днів збереглася лише надмогильна плита з написом, викарбуваним у 1856 році.

Петро Калнишевський є гордістю українського народу, ним можна пишатися як чудовим взірцем особливої, надзвичайної, нескореної людини. Наш святий обов'язок - пам'ятати і передавати з покоління в покоління ім'я Петра Івановича Калнишевського, видатного борця за українську державність.