Після закінчення трирічних ремонтних робіт і розкриття забіленої поліхромії інтер'єру костьолу, 24 серпня 1993 року відкрилася якісно нова постійна експозиція музею «Сакральне мистецтво Галичини XV -XX ст.» (структура і концепція розроблені В. Мельником), яка суттєво реорганізувалася й доповнилася у 2001 році. Завершився довготривалий і непомітний для стороннього ока процес інвентаризації, здійснений головним охоронцем фондів Ярославом Печарським і науковим співробітником Надією Ківшик, а також детального опису врятованих протягом 1980-х років творів церковного мистецтва. Іконопис та скульптура експозиції реставрувалися Львівською філією Національного науково-дослідного реставраційного центру (керівник - Мирослав Откович) і частково студентами реставраційного відділення Національної Академії мистецтв у Києві. Профілактичні заходи проводилися художником-реставратором музею Богданом Твердохлібом. Сакральна тематика постійної експозиції зумовила періодичне проведення виставок, тематично споріднених з новою спеціалізацією музею. Слід згадати «Меморію» Павла Дроб'яка (1994), яка засобами фотографії зводила глядача віч-на-віч зі світом мертвих, його тінями, надгробками та епітафіями; «Собор» (1996) - міжнародну виставку графіки малих форм, проведену за сприяння Івано-Франківської єпархії УГКЦ до 400-літгя Берестейської унії; виставку-публікацію невідомої олійної роботи О.Сорохтея «Зняття з хреста» (1935) з собору Св. Воскресіння; «Човен» на відзначення 2000-ліття Різдва Христового (кураторські проекти В.Мельника). Оригінальністю задуму відзначалися експозиції «Доля іконописної традиції в мистецтві XX ст.» (1996), «Ікони сходу України» (1996), виставка Богородичних ікон «Під Твою милість прибігаємо...», «Нереставровані твори» (2000). Накопичений за попередні роки фондовий матеріал (15000 творів образотворчого та народного мистецтва) і відсутність умов для постійного його експонування, а також послаблення зв'язків, зобов'язували активніше використовувати власні колекції. Кращі речі постійно з'являлися на «виставках шедеврів» з фондів музею, в тематичних експозиціях, зрештою, на короткочасних виставках-лекціях, цикл котрих був проведений старшим науковим співробітником музею Ганною Твердохліб. Подією, яка відкрила для відвідувачів раніше схований у депозиті матеріал, стала виставка «Класична спадщина української графіки першої половини XX ст.: (твори Д. Нарбута, О. Ловаківського, О. Кульчицької, О. Сорохтея, Я. Музики, П. Ковжуна, Л. Левицького, О. Павленко). Не оминула музейної практики і така актуальна для дев'яностих років тенденція, як відкриття й повернення в українське мистецтво замовчуваних або дискредитованих попереднім режимом творчих особистостей. Услід за П. Заливахою, вперше на широкий загал виставлялися твори «краківських академіків» Ярослава Лукавецького (1990), Дениса Іванцева (1995; 2000), Михайла Зорія (1995), а також привезені зі Львова та Києва роботи Гната Хоткевича (1998) і Алли Горської (1998). Пам'ять Григора Крука була вшанована першою в країні міжнародною конференцією «Григір Крук та європейська пластика XX ст.» (1992), проведеною спільно з Інститутом мистецтвознавства фольклору та етнології АН України. З Мюнхена, де зберігається спадщина майстра, музей отримав оригінал скульптурної роботи а згодом деякі архівні фотоматеріали й монографії. Бідне на міжнародні контакти попереднє десятиліття змінилося обнадійливим періодом що відкривав можливості дня налагодження тривких художніх зв'язків. Однак увесь механізм знайомства з досвідом зарубіжного мистецтва звівся до найпростіших і, як виявилося, скороминучих форм. Після перших бієнале, які суттєво підірвали комплекс провінційної ізоляції, відбувся «парад ввічливості» - серія пересувних художній виставок запропонованих посольствами і культурними центрами Австрії, Німеччини, Канади, Швеції, США в Україні.

Апогей виставкової діяльності музею припадає на 1995 - 1997 рр.: 47 виставок, а також декілька індивідуальних кураторських проектів «Імпрези-97». В ситуації розосередження виставок по різних експозиційних площах міста, частина з яких лише номінально пов'язувалася з музеєм, важливу роль відіграв зал «Низова - 2» що діяв у його адміністративному приміщенні з 1994 по 1996 рік, діяльність якого відновилася тільки у 2005 році. Мало пристосована, але поза тим приваблива своєю нейтральністю територія, стала місцем проведення виставок молодих авторів: Я. Яновського, В. Мулика, В. Гривінського, І. Перекліти, Ю. Іздрика. Експериментальним як для Івано-Франківська, характером відзначалася групова виставка інсталяцій «Сьоме вікно» (1995), проведена в програмі конференції «Імпреза-міжсезоння». Спроба вибудувати цілісне просторове поле на стику старого і нового, відомого і невідомого була реалізована в контроверсійному проекті Ростислава Котерліна «Медитації на стику» (1995), озвучені пластичні об'єкти якого були запроваджені до сакрального простору Колегіати.

1998 року вперше за межами музею експонувалася представницька колекція ікон з його збірки у митрополичих палатах Крилоса (філіал Національного історико-архітектурного заповідника «Давній Галич») яку було внесено до програми святкувань 1100-ліття заснування міста. Варто згадати і найбільш популярну серед наймолодших відвідувачів експозицію «Ляльки та сценографія Миколи Данька» (1999) [22; с. 33-37].

Колегіата, як переважно називали костьол Непорочного зачаття Діви Марії від моменту її освячення, на довгі століття залишалася головним осередком католицизму і місцем зосередження культури польської частини населення, а також була місцем подій важливих для польського народу. Радянська влада послідовно і наполегливо затирала як сакральні, так і польські символічні ознаки за посередництвом фізичної сили та матеріальних носіїв. Одним із наслідків радянської пропаганди у нашій свідомості залишилося ототожнення понять «польський» і «католицький». В останнє десятиліття, в роки незалежності України відкрилися нові шляхи розвитку польсько-українських відносин [16; с17].

У 1991 році, із здобуттям Україною незалежності, було розпочато збір матеріалів для Музею визвольних змагань Прикарпатського краю [49, 53].

Краєзнавчий музей міста Яремче у 1993 році було реорганізовано в Карпатський крайовий музей визвольних змагань, створена відповідна за змістом експозиція, яка розповідає про розвиток визвольного руху на західноукраїнських землях початку XX століття. Другий і третій зали присвячені подіям 30-50-х рр.