Після побудови фортеці для її огляду сюди прибув сам коронний гетьман Станіслав Конецпольський. По дорозі він до свого почту приєднував багато панів, представників влади і навіть старшину реєстрових козаків. Останнім треба було про всяк випадок показати зростання могутності ко-ролівства.

Так в оточенні Конецпольського опинився і чигиринський сотник Богдан Хмельницький. Залишившись задоволеним грізним виглядом фор-теці, польський коронний гетьман висловив думку, що тепер фортеця неприступна. Висловлюючись так, Конецпольський мав на увазі перш за все поглузувати з старшини реєстровців. Сотник Богдан Хмельницький, роблячи вигляд, що він не помітив зловтіхи вельможного пана, ніби ненароком зауважив по-латині: «Рукою створено - рукою руйнується».

Перемігши у війні 1637-1638 років, польська влада була переконана, що тепер Україна назавж-ди приборкана, а Запорізька Січ - центр боротьби українського народу проти соціального та чу-жоземного гніту - ізольована і втратила своє значення. Але пани помилились. Усі заходи з Кодацькою фортецею, з репресіями, з посиленням залог в містах України дали польським панам «золотий спокій» всього на десять років. Ці роки принесли українському народу тяжкі страждання. А затишшя те було перед грізною бурею.

Уже в жовтні 1647 року польська адміністрація на Україні була повідомлена про існування «змови» серед реєстрових козаків. Тоді ж до комен-данта Кодака дійшли чутки, що «сотник Хмельницький бунтує козаків». Для перевірки цих чуток з фортеці було послано ротмістра Радилінського. Зібравши агентурні відомості, Радилінський підтвердив правдивість інформації.

Польська влада не могла довіряти не тільки реєстровцям, але й найманим німецьким рейтарам та своїм власним драгунам. Нерідко траплялося, що ті та інші тікали з Кодацької фортеці на Запорізьку Січ. Так, наприклад, втікачами з Кодацької фортеці були: у 1645 році - вахмістр Вітольд Юркевич і драгун Степан Подобайло, у 1646 році - рейтар Венцер Ротмайстр, а в 1647 ро-ці - навіть лейтенант німецьких ландскнехтів Рудольф Бенедікс. (Через кілька років Подобайло став полковником у козацькій армії Богдана Хмельницького.)

У січні 1648 року розпочалася Визвольна війна українського народу під проводом Богдана Хмельницького.

Події вже перших місяців повстання не ми-нули Кодака, що не дивно, адже це був важ-ливий стратегічний пункт на Запоріжжі, а крім того, і добрий орієнтир у безкраїх придніпровських степах. В інформації, отриманій росій-ським воєводою С. Болковським у лютому 1648 року, згадується, що кримські й ногайські татари вийшли в степ і стоять на Очаківському шляху напроти Кодака.

На залогу Кодака покладав певні надії у придушенні розпочатого Хмельницьким повстання новий коронний гетьман Микола Потоцький. У лютому 1648 року, наказуючи полковнику Канівського реєстрового полку разом з полковниками Чигиринським та Переяславським рушити на Запоріжжя для придушення повстання, Потоцький наголошував, що до цих військ приєднаються також 200 драгунів з Кодацької залоги. Цікаво, що за чутками, які поширювалися на Україні у травні 1648 року і знайшли відобра-ження у відписці воєводи Плещеєва, п'ять тисяч реєстровців були надіслані Потоцьким до Кодака і саме тут довідалися про перемогу повстанців під Жовтими Водами. Тоді ж поширилися чутки про взяття військами Хмельницького Кодака і страту захопленої залоги. Ця інформація не відповідала дійсності, але вірно те, що вже тоді, у травні, Хмельницький вжив певних заходів що-до фортеці. Зв'язати сили повстанців облогою Ко-дака після Жовтоводської битви було б явною помилкою, це б дало простір для дії військам на чолі з М.Потоцьким, але й залишати у себе в тилу небезпечну залогу, яка загрожувала шляхам сполучення гетьманських військ з Січчю, теж було небезпечно.

Тому, вирушивши з головною частиною військ та татарами під Корсунь, Хмельницький віддав розпорядження Ніжинському полковнику Прокопу Шумейку вирушити під Кодак. Судячи з подальших подій, завдання, що його дав гетьман, полягало не в штурмі фортеці, а в її щільній облозі і ізоляції. Завдання було виконано, і, коли з Кодака надіслали до короля шляхтича Собеського (родича майбутнього польського короля Яна III Собеського), він не зміг уникнути табору Хмельницького, де провів п'ять днів і нарешті був відпущений гетьманом до Варшави.

Після перемоги під Корсунем облога фортеці стала ще щільнішою - прибули нові підрозділи, але штурмів, в усякому разі великих, не було. Не підтверджується іншими джерелами датована серпнем 1648 року інформація того ж самого Собеського, ніби при штурмі Кодака полягло чотири тисячі повстанців і до фортеці було надіслано три нових полки.

Добре відомо, що облога Кодака тривала до кінця вересня - початку жовтня і закінчилася капітуляцією гарнізону. В той час розташований під Кодаком табір повстанців очолювали полковники Максим Нестеренко, Прокіп Шумейко та Яків Волченко. 1 жовтня комендант фортеці Гродзіцький прийняв умови капітуляції. Згідно з ними, гармати, яких налічувалося шість бронзових і сім залізних, мали бути передані козакам. Передбачалося, що жовніри вийдуть з Кодака з розгорнутими прапорами, барабанами, запаленими ґнотами та усією звичайною зброєю. Окремим пунктом умов був гарантований вихід з Кодака разом з залогою Стефана Чарнецького - польського посла до гетьмана під Жовтими Водами. Залога вимагала, крім того, перевезення тіла Стефана Потоцького до Києва і передачі його там домініканам, а також вільний вихід разом з жовнірами ксьондзів. (Зазначимо, що відносно Чарнецького вимога була виконана повністю. Пізніше він повернувся у Річ Посполиту і під час одного з походів на Україну, захопивши Чигирин і Суботів, наказав викинути з родинної усипальниці Хмельницьких прах Богдана Хмельницького і його сина Тимоша.) Крім вже перелічених вимог, залога домагалася гарантій