За даними польської реляції, шляхетське військо покинуло фортецю 2 жовтня і вирушило вздовж Дніпра на Крилов. Вже на марші залога, що налі-чувала 120 чоловік, була розділена на три частини. Одна мала прямувати на Чигирин, друга - на Вороновку, третя - на Крилов. Слідом за поляками йшли селяни, які палали ненавистю до ще недавно могутніх шляхтичів та драгунів. Під Чигирином частина залоги була роззброєна, офіцери ув'язнені, а їх майно передали дружині Богдана Хмельницького, яка була на той час у Чигирині. Інші члени залоги частково були страчені козаками та селянами, частково - втекли. Те саме відбулося у Вороновці та Крилові. Так вирвалась назовні давно стримувана ненависть українських селян та козаків до кодацької залоги - цього уособлення шляхетського панування на Україні напередодні Визвольної війни .

На початку 1649 року польські комісари, які вели тоді переговори в Переяславі з урядом Хмельницького, доносили королю, що, за їх відомостями, Кодак пустує, а гармати з фортеці перевезвені до Чигирина та Переяслава. Колись неприступна фортеця залишилась тепер у глибокому тилу Війська Запорізького і не мала стратегічного значення. Цікаво, що під час переговорів у Переяславі лунали вимоги козацької голоти за-арештувати комісарів і відправити їх у Кодак. Це питання обговорювалося і на старшинській раді, тобто не виключена була можливість перетворення фортеці на тимчасову в'язницю для польських сановників.

Влітку того ж 1649 року біля Кодака було дозволено кочувати татарам. Мабуть, у зв'язку з цим, а також зі зміною статусу фортеці, частина українського населення, що жило навколо Кодака (головним чином ремісники), покинула свої оселі і вище по Дніпру заснувала селище Новий Кодак. Ситуація різко змінилася напередодні возз'єднання України з Росією. Проти цього союзу виступив кримський хан, і вже в Переяславських статтях 1654 року зазначалося, що в Кодаці має утримуватися залога з 400 козаків. З 1655 року комендантом фортеці був Герасим Лістровий.

До 1656 року фортеця була підпорядкована безпосередньо гетьманській канцелярії в Чигирині (генеральному обозному). (Пізніше Кодак числився за Запорізьким Кошем.) Крім залоги фортеці, тут було встановлено берегову сторожу з мисливців-козаків. Тоді ж у Кодак була перевезена похідна церква «архістратіга Михаїла». У 1659 році запорізька адміністрація посилила Кодацьку фортецю як залогою, так і озброєнням.

Запорізька Січ продовжувала залишатися вогнищем антифеодального протесту. Запорізькі козаки пильно стежили за діями старшини на геть-манщині й уважно прислухалися до голосу народних мас, готові піднятися проти нових гнобителів. Коли в Росії розгорнулося могутнє селянсько-козацьке повстання проти феодально-кріпосницьких порядків під керівництвом Степана Разіна, повстанням були охоплені й полки Слобідської України.

Московський піддячий Наум Колесников, бувши в Астрахані, доносив царю: «Да у него ж де Стеньки в войска, с которым он в Астрахань пришел, большая половина меж Донскими хохлачей Черкас». Приблизно те ж саме писав піп Іван з Лискова Нижегородського повіту, що був тоді на Дону: «...рекою де Доном вниз Черкаси в малих лотках идут беспрестанно...». Царський уряд мав підстави вважати, що саме Кодацька фортеця була базою, навколо якої формуються ці загони та готуються «малые лотки», на яких потім ватаги козаків йдуть вверх по Самарі, волоком до Сіверського Донця, а там і на Дон. У Москві отримали також повідомлення, що кошовий отаман Іван Сірко у травні 1670 року десь поблизу Кодака зустрівся з правобереж-ним гетьманом Дорошенком і вів з ним переговори про спільні дії з Степаном Разіним. У 1672 році царська адміністрація зробила ревізію Кодацької фортеці, про що залишився цікавий документ. Офіційна «люстрація» так описувала Кодак: «Город Кодак, земляной вал стоит на Днепровских верхних порогах, под первым урочищем Кодаком на той стороно Днепра от Києва; а строили по указу польского Владислава короля тот город немцы тому лет 40 или больше, а бойницыі сделаны из земли, а палей и обломков нет. А от порогов кругом его ров обрезной... А мерою-де тот город Кодак кругом 900 сажен. Пушек в нем две железные городовые да две затинные пищали; а сколько к тем пищалям ядер и зелья, фитилю и запасов, того они не ведают».

У 60-90-х роках XVII століття Кодацька фортеця відігравала важливу роль у системі оборони південних кордонів України і всієї Російської держави від Туреччини та її васала - Кримського ханства.

На початку XVIII століття Кодак став місцем перебування народного ватажка Кіндрата Булавіна, що готував тут повстання проти царських воєвод. Після Полтавської битви 1709 року за наказом російського воєводи Яковлєва фортеця була зруйнована. Царат мстився таким чином за перехід на бік шведів запорізької старшини.

Так припинила своє існування Кодацька фортеця - одна з визначних пам'яток Дніпропетровщини, пов'язаних з історією Визвольної війни українського народу під проводом Богдана Хмельницького. На залишках фортеці свого часу було встановлено знак «Пам'ятник історії республіканського значення фортеця Кодак. Знаходиться під охороною держави». Зараз на території зони, що охороняється законом, діє гранітний кар'єр, у якому з ранку до вечора гудуть потужні екскаватори...