Незважаючи на його літературний успіх і процвітаючу медичну практику, гармонічне життя сімейства Конан Дойл, розширена народженням його дочка Мери (була породжена в січні 1889 року), була неспокійна. Наприкінці 1890 року під впливом німецького мікробіолога Роберта Коха і ще більш Малькольма Роберта він вирішує залишити практику в Портсмуті, і їде разом із дружиною у Відень, залишивши дочку Мери в бабусі, де хоче спеціалізуватися в офтальмології, щоб надалі знайти роботу в Лондоні, але, зштовхнувши зі спеціалізованою німецькою мовою і провчивши 4 місяці у Відні розуміє, що час витрачений впусту. У період навчання він пише книгу (), на думку Дойла "...не занадто значну річ..." Навесні цього ж року Дойл відвідує Париж і спішно повертається в Лондон, де відкриває практику на вулиці Upper Wimpole. Практика успіху не мала (пацієнти були відсутні), але за те в цей час пишуться короткі розповіді, зокрема, для журналу "Стренд" він пише розповіді про . За допомогою Sidney Paget створюється образ Холмса і відбувається публікація розповідей у журналі The Strand. У травні 1891 р. Дойл занедужує грипом і знаходиться кілька днів при смерті. Коли він видужав, те вирішив залишити медичну практику, а присвятити себе літературі. Це відбувається в серпні 1891 року.

У 1892, живучи в Норвуде, Луїза родила сина, вони назвали його Kingsley (Кингсли), Дойл пише розповідь "Уцілілий з 15-го року", що успішно ставиться в багатьох театрах. Шерлок Холмс продовжує обтяжувати Дойла і роком пізніше, у 1893 р., після його поїздки з дружиною у Швейцарію і відвідуванням Райхенбахского водоспаду, незважаючи на загальні прохання, дивно плідний, але дуже імпульсивний автор вирішив . У результаті, двадцять тисяч передплатників відмовилися від підписки журналу The Strand, а Дойл пише кращі, на його думку, романи: "Вигнанці", "Велика тінь". Тепер звільнений від медичної кар'єри і від вигаданого героя, що гнітив його і затемнив те, що він вважав більш важливим. Конан Дойл поглинає себе в більш інтенсивну діяльність. Це розлютоване життя може пояснювати, чому колишній лікар не звертав увагу на серйозне погіршення здоров'я його дружини.

Згодом він, нарешті, довідався те, що в Луїзи був поставлений діагноз туберкульоз (сухота) і припускає, що цьому послужила їхня спільна поїздка у Швейцарію. Хоча їй давали, тільки кілька місяців, щоб Дойл починає спізнілий відхід і йому удається відтягнути її відхід з життя на 10 років, з 1893 до 1906 року. Вони разом із дружиною перебираються в Давос, розташований в Альпах. У Давосу Дойл активно займається спортом, приступає до написання розповідей про бригадира Жераре, засновані, головним чином, на книзі "Спогаду генерала Марбо". Він довго був притягнутий до Спіритизму, приєднання його до Society for Psychical Research, розглядалося публічною заявою його інтересу і віри в окультизм. Дойлу пропонується прочитати в Сполучені Штати ряд лекцій. Пізньою осінню 1894 року разом із братом Іннесом, що на той час закінчує закриту школу в Річмонді, Королівське військове училище у Вуліджі, стає офіцером, їде читати лекції більш ніж у 30 містах Сполучених Штатів. Ці лекції мали успіх, але сам Дойл сильно від них утомився. На початку 1895 року він повертається в Давос до дружини, що на той час почуває себе добре. У цей же час у журналі The Strand починається публікація перших історій з The Exploits of Brigadier Gerard ()і відразу ж у журналу збільшується кількість передплатників.

Восени 1895 року Артур Конан Дойл разом з Луїзою і своєю сестрою Лотти відправляється в Єгипет і протягом зими 1896 р. знаходиться там, де він сподівається на теплий клімат, що буде корисний для неї. Наприкінці 1896 року він повертається в Англію, а ще через якийсь час, улітку 1897 року, поселяється у своєму власному будинку в графстві Суррей. Покладається що Конан Дойл, людина з найвищими моральними підвалинами, що не змінюються в плині іншої частини життя Луїзи. Це не запобігло його від падіння, він закохався в Джеан Лекиа перший раз, коли він бачив її в березні 1897. У віці двадцять чотири, вона була разюче красива жінка, з білявими волосс і яскравими зеленими очима. Її багато досягнень були дуже незвичайні в той час: вона була интеллектуал, гарна спортсменка.

Коли в грудні 1899 року починалася англо-бурська війна, Конан Дойл відправляється туди як медичний доктор і відпливає в Африку в 28 лютого 1900 року. 2 квітня 1900 року він прибуває на місце і розбиває польовий госпіталь на 50 місць. Але поранених виявляється в багато разів більше. Починаються перебої з питною водою, приведшие до епідемії кишкових захворювань, і тому замість маркерів, що борють, Конан Дойл повинний був, вести жорстокий бій проти мікробів. У день умирало до сотні хворих. І це продовжувалося в плині 4 тижнів. Потім пішли бої, що дозволили узяти верх над бурами і 11 липня Дойл відплив назад в Англію. Протягом кілька місяців він був в Африці, там він бачив більшу кількість солдатів померлих від лихоманки, тифу, чим військових раней. Написана ним книга, що перетерплювала зміни аж до 1902 року, (Велика бурська війна) - це п'ять сотень