Важливим стимулом для наукових інтересів Драгоманова стало його трирічне наукове відрядження за кордон (звичне в умовах царської Росії), де він мав змогу слухати лекції багатьох європейських професорів, працювати у бібліотеках та архівах Берліна, Праги, Відня, Гейдельберга, Цюріха, Флоренції. Там були підготовлені дослідження «Из истории отношений между церковью й государством в Западной Европе» і «Борьба за духовную вдасть й свободу совести в XV—XVII в.», які виявляли картину жорстокої боротьби між світськими урядами Європи та церквою за владу. Нетерпимість до чужої віри, до чужих переконань породила цілі релігійні війни і навіть вчорашнього протестанта проти католицьких догматів могла зробити вбивцею (скажімо, Лютер послав на тортури знаменитого медика Сервета). Для Драгоманова не було сумнівів у вищості наукової істини, яку можна доводити і перевіряти доказами, дослідами, над релігійними постулатами, що грунтуються на вірі. І все ж коли йдеться про свободу віросповідання, вчений підтримує реформаційні рухи, зокрема сектантство в Росії, які, на його думку, ближчі до інтересів простої людини, ніж ортодоксальна церква, і які дають певний простір для волевиявлення. Тому він так підтримує ідею видання Біблії українською мовою, прагне познайомити українського читача з працею французького релігієзнавця Ж. Е. Ренана, пише брошуру «Про волю віри» та ін.

За кордоном М. Драгоманов пильно приглядається до проблем існування так званих державних і недержавних націй, до урядової політики і політичних програм різних партій у соціальному та національному питаннях. Якщо досвід минулого живить думку Драгоманова політика, дає йому вагомі аргументи для розуміння сучасних йому політичних ситуацій, то пильна увага до проблем свободи особистості, до взаємин індивіда і держави спонукає його і в історичних дослідженнях повсякчас розкривати логіку історичного процесу, простежувати звивисту, але неперервну лінію історичного прогресу.

Зіткнувшись за кордоном із німецьким шовінізмом стосовно слов’янських народів, М. Драгоманов утверджується на думці про перспективність федералістичної програми, висунутої свого часу Кирило-Мефодіївським братством. У численних своїх статтях («Восточная политика Германии й обрусение», 1872; «Новокельтское й провансальское движение во Франции», 1875; «Евреи й поляки в Юго-Западном крає», 1875; «Народные наречия й местный злемент в преподавании», 1875; «Очерки новейшей литературы на малорусском наречии», 1874) він підводить читачів до федеративно-демократичних ідей, якраз протилежних унітарно-централістським принципам державної політики Росії і Німеччини. Знайомство з літературою і громадською практикою народовців і москвофілів у Галичині гостро настроїло його проти «рутенства» обох партій. Якщо москвофіли живилися хибними уявленнями про Росію — із подачі московських слов'янофілів типу Погодіна, то народовці, будучи тісніше пов'язаними з інтересами трудових верств, дещо засвоїли із Шевченкових творів, хоча вчений дорікав їм у вузькості національних інтересів, у нездатності стати на загальноєвропейську точку зору. З цією метою він прагнув засобами російської літератури вплинути на характер галицьких видань, щоб підірвати в Галичині клерикалізм і бюрократизм і навернути молодь ( а серед неї були І. Франко, М. Павлик, О. Терлецький, В. Навроцький та ін.) до народних інтересів (див.: Драгоманов М. П. Автобиографическая заметка // Літературно-публіцистичі праці. Т. 1. С. 55). Надрукована у «Правді» стаття «Література російська, великоруська, українська і галицька» (1873), хоч певною мірою і схематизувала літературний процес, штучно відділяючи твори для простолюду від творів загальнонаціональних, а також листи Драгоманова до журналу «Друг» сприяли перетворенню цього останнього на суто демократичний український орган. З того часу М. Драгоманов стає активним кореспондентом галицьких видань, не раз викликаючи опозицію проти себе у «Правді», «Зорі» чи «Ділі», але в той же час надаючи їм і особливо революційно-демократичним виданням І. Франка, М. Павлика («Громадський друг», «Товариш», «Народ», «Житє і слово») своїми статтями гострої соціальної злободенності.

Повернення М. Драгоманова до Києва дало йому поштовх до занять у Південно-Західному відділенні Російського географічного товариства, два роки він фактично редагує газету «Киевский телеграф», бере участь у роботі Київського археологічного з'їзду. Але наклепи рептильних видань із Галичини, доноси з Києва на адресу міністра народної освіти ретрограда Д. Толстого про нібито сепаратистські, соціалістичні переконання Драгоманова (причому слово соціологія на його лекції було сприйняте за соціалізм) стали невідпорним пунктом звинувачення. І у вересні 1875 року вченого було звільнено з Київського університету, на початку 1876 року він назавжди виїхав за кордон. Відтоді все життя його сім'ї і всі його видання аж до зайняття восени 1889 року кафедри загальної історії у Вищій школі Софії велися лише на субсидіях Старої громади і на нечисленних гонорарах. І в цих досить несприятливих умовах, коли царський уряд ввівши в дію Емський указ, ополчився проти будь-яких маніфестацій культурної, не кажучи вже про державну, політичну, самостійності українського народу, Драгоманов створив українську позацензурну пресу. Фактичний повпред українства за кордоном, він виконав для своєї нації місію не менш поважну, ніж Герцен — для Росії, тим більше, що завжди мав на увазі історичні традиції, реальний стан і перспективи співжиття різних слов'янських народів, державних і недержавних. Він був послідовним прихильником ідеї соціалізму, вільного від гнітючого централізму і заснованого на принципах федералізму, максимальному засто­суванні