Одразу після Псалтиря Скорина приступив до видання Біблії руської у тому ж форматі четвірки. Біблійні книги виходили в міру їх підготовки, а не в тій послідовності, яка прийнята у церковному каноні. Крім Псалтиря, в 1517 р. вийшли Книга Йова (10 вересня), Притчі премудрого Соломона царя (6 жовтня), Книга Ісуса сина Сірахового (5 грудня). Книга Буття (1519) починається загальним дереворитним титульним аркушем до всіх випусків і програмною передмовою до всієї Біблії. Всього впродовж 1517 — 1519 рр. у Празі вийшов Псалтир і 22 книги (у 19 випусках) Біблії руської загальним обсягом 2389 аркушів. Ці випуски не охоплюють всього кола книг Старого Завіту. Нема, зокрема, Книг маккавейських і книги Параліпоменон, хоч ними Скорина в загальній передмові до Біблії рекомендував користуватися для пізнання давньої історії. Очевидно, книжки, на які Посилався Скорина в передмові, були підготовлені до друку, однак видати їх у Празі він не встиг.

Багато авторів вважали, що для видання книжок Скорина мусив мати у Празі власну друкарню. Але докторвидавець міг користатися послугами одного з чеських друкарів. У Празі в той час друкували не тільки латинським шрифтом двох варіантів (готичним і антиквою), але й єврейським. Саме 1518 р. тут майстерно надруковано першу частину Біблії (П’ятикнижжя) староєврейською мовою. Хоч Прага була давнім осередком друкарства, на той час не існувало чеських видань з таким високомистецьким ренесансним оформленням, як у друках Франциска Скорини 19. Можливо, однак, що Біблію друкував чеський друкар Северин, який саме після 1520 р. почав видавати книги у новому, позначеному стилістикою ренесансу стилі. Слід гадати, що на підставі вказівок Скорини один з празьких майстрів виготовив і кириличний шрифт, відмінний від шрифту попередніх чотирьох кириличних друкарень. Книжки прикрашають численні фігурні гравюри, заставки, кінцівки, а також — річ небувала перед тим і після того — портрети самого видавця.

Цікаво, що зображення будинку на 133-му аркуші Третьої книги царств нагадує будинок краківської бурси вбогих. За заповітом її засновника, вихованця Празького університету Йогана Існера, до бурси мали приймати насамперед студентів "з Русі й Литви". Можливо, Скорина свого часу мешкав у цій бурсі, а потім відтворив її з пам’яті, щоб надати реальних рис ілюстрації на теми старозаповітної історії. Схожість малюнка з будинком бурси підтверджує припущення деяких дослідників, що сам Скорина брав участь у ілюструванні своїх видань.

Свою видавничу діяльність Франциск Скорина продовжив у Вільні "в дому почтивого мужа Якуба Бабича найстаршого бурмистра славного и великого места виленскаго". Тут у березні 1525 р. видрукувані "Апостол" формату вісімки, а без позначення року видання — "Малая подорожная книжка" ще меншого формату — в 12-ту частку аркуша. Довго вважали "Апостол" першим віленським виданням, щойно А. С. Зьорнова з стану гравюр зробила висновок, що "Малая подорожная книжка" надрукована раніше 23. Це блискуче підтвердилося після виявлення в Королівській бібліотеці Данії у Копенгагені примірника книжки з пасхальними таблицями на 1523 — 1543 рр. Найімовірніше "Малая подорожная книжка" вийшла десь всередині 1522 р.

"Книжка" ділиться на Псалтир, "Часослов", 17 акафистів та канонів, "Шестоднев’ зі службами на всі дні тижня, святці з пасхалією. Кожна з 21 частин має окремі вихідні дані та окрему пагінацію, а деякі з них — і окремі титульні аркуші. Між частинами є значні різниці в оформленні, які можуть свідчити, що працювали над ними різні друкарі. Тому пропонується вважати згадані частини окремими виданнями 25. Але назва "Малая подорожная книжка" стосується всіх частин, це видно із спільної передмови, що починається словами "В сеи малой подорожной книжце поряду кратце положени суть...".

У виданнях Скорини для сучасного читача чи не найцікавіші численні частково перекладені з латинської мови (з відомих середньовічних коментарів Николая Лірана), а частково написані самостійно. Вони яскраво відбивають просвітницькі позиції автора. Так, у загальній передмові до Біблії йдеться про необхідність використовувати наявні в окремих книгах елементи реальних знань для вивчення "семи визволених наук" — граматики, риторики, логіки, арифметики, геометрії, астрономії, музики. Свій патріотизм Скорина найяскравіше підкреслив у передмові до книги Юдиф. У ній розповідається, як під час облоги міста Вефулії військом ассирійського царя Навуходоносора удова Юдиф проникла до намету полководця ассирійців Олоферна і, коли він заснув після банкету, відтяла ворогові голову, чим врятувала рідне місто. Скорина закликає читачів "жену сию преславную" наслідувати "в добрих делах и в любви отчины", не шкодувати праці і майна для загального добра і для батьківщини. "Понеже от прирожения звери, ходящие в пустыни, знають ямы своя; птицы, летающие по воздуху, ведають гнезда своя; рибы, плывающие по морю и в реках, чують виры своя; пчелы и тым подобная боронять ульев своих, — також и люди, игде зродилися и ускормлены