Перший (головний) пагін розвивається із бруньки зародка насінини. На пагоні виділяються вузли і міжвузля. Вузол — це місце прикріплення листків до стебла. Міжвузля — відстань між сусідніми вузлами. Зазвичай на пагоні кілька, іноді багато вузлів і міжвузлів, вони повторюються вздовж осі пагона. Міжвузля можуть бути довгими, тоді пагін називають видовженим (ростовим); вкорочений пагін має короткі міжвузля. На стеблах деяких рослин з дуже короткими міжвузлями зближені листки утворюють прикореневу розетку (кульбаба, морква). Плодові дерева і кущі утворюють обидва типи пагонів: вкорочені з малим приростом — "плодушки", на яких формуються квітки, згодом плоди, і видовжені, як правило, безплідні. Найдовші міжвузля бувають у ліан.

Кут між листком і стеблом називають листковою пазухою. В пазусі листка розміщуються бруньки — характерний утвір стебла — зачатки нових пагонів, які виникають у певному порядку на осі. Вони забезпечують тривале наростання пагона та його галуження. Розрізняють бруньки за місцем їх розташування (пазушні, верхівкові) та за функціональним призначенням (вегетативні, квіткові, сплячі, додаткові). Верхівкові бруньки розміщені на верхівках стебла та його бічних відгалужень. Зовні бруньки захищені лусками (видозмінені листки). У зимуючих бруньок зовнішні луски щільні, шкірясті, можуть вкриватися кутикулою або клейкими смолянистими речовинами. Під лусками знаходиться вкорочений зародковий пагін з тісно зближеними зачатковими листками, які вкривають твірну тканину конуса наростання. У пазухах зачатків нижніх листків є зачатки пазушних бруньок, з яких розвиваються бічні пагони.

У дерев і кущів пазушні бруньки бувають ростовими (вегетативними), із зачатками листків і стебла, і квітковими із зачатками квіток або суцвіть, їх можна розрізнити за формою: ростові — видовжені, із загостреною верхівкою, а квіткові — округлі й більші.

Деякі пазушні бруньки можуть залишатися у стані спокою невизначено довго. Це сплячі бруньки. Вони розвиваються і дають пагони в разі пошкодження верхівкових бруньок, зламування стебла над ними.

Важливим е формування додаткових бруньок, які закладаються на стеблах, листках, коренях і забезпечують вегетативне розмноження квіткових рослин.

Ріст стебла у висоту забезпечує верхівкова брунька, або брунька зародка насінини. Клітини твірної тканини конуса наростання постійно діляться. У процесі поділу утворюються нові зачатки листків і бруньок. Після поділу клітини ростуть, внаслідок чого видовжуються міжвузля і все стебло. У міру віддалення від конуса наростання здатність клітин до поділу зменшується і починається диференціація їх, що супроводжується утворенням основних тканин.

Можливий також інший шлях росту стебла: вставний, або інтеркалярний. У цьому разі твірна тканина розділена ділянками клітин, здатних до поділу. Ділянка поділу розміщена зазвичай в основі міжвузлів. Такий ріст характерний для злакових.

Видозміни пагонів. Крім основної функції, про яку вже йшлося, пагони виконують низку додаткових функцій, пов'язаних з їх видозмінами (метаморфозами), які виникли в процесі пристосувальної еволюції. Це вусики — довгі тонкі пагони з редукованими листками. Вусиками (виноград, огірок та інші рослини з лазячими або повзучими стеблами) рослини прикріплюються до різних предметів. Колючки — вкорочені пагони без листків, Що захищають рослину від поїдання тваринами (глід, дика яблуня). Вусики і колючки — це видозміни надземного пагона. Вони розміщуються в пазухах листків або на листковому вузлі навпроти листка, що свідчить про стеблове походження їх.

Крім видозмін надземного пагона у рослин є видозміни і підземного: кореневище, бульба, цибулина, які виконують функції нагромадження поживних речовин і вегетативного розмноження.

Кореневище — це видозмінений пагін з невеликими лускатими листками буруватого кольору і бруньками.

Кореневище зовні схоже на корінь, але відрізняється наявністю рудиментарних листків, бічних і верхівкових бруньок і відсутністю кореневого чохлика. За формою воно може бути довгим і тонким (пирій, осока) або коротким і товстим (щавель, іриси). Щороку з верхівкової бруньки виростає надземний пагін. Під час обробітку грунту кореневище може бути подрібнене, тоді кожна його частина з брунькою дасть нову рослину. Особливо швидко відбувається вегетативне розмноження рослин з розгалуженими кореневищами (пирій).

Бульба — це потовщена верхівка підземного стебла — столона. Найбільш відомими є бульби картоплі. Про стеблове їх походження свідчить наявність і спіральне розміщення бруньок-вічок. Хлорофілу бульби не мають, але на сонці зеленіють. Бульби можуть бути і надземними, наприклад потовщене стебло капусти кольрабі. Такі бульби мають зелений колір.

Цибулина — дуже вкорочений підземний пагін з видозміненими листками. Цибулини бувають кулясті, яйцеподібні, видовжені тощо. Стеблова частина цибулини займає незначну зону, її називають денцем. На нижній поверхні денця розміщені численні додаткові корені, на верхній — видозмінені м'ясисті листки (луски), що щільно прилягають один до одного і мають запас поживних речовин. Зовнішні листки (луски) виконують захисну функцію, тому стають шкірястими. У пазухах деяких соковитих лусок є бруньки, з яких розвиваються або дочірні цибулини (дітки), або надземні зелені листки і квітконосні "стрілки".

Цибулини формуються у багатьох лілійних рослин: цибулі, лілії, тюльпана тощо. У деяких лілійних можуть бути надземні цибулини. Зазвичай вони утворюються у суцвіттях (у дикої цибулі, часнику), але можуть міститися і в пазухах листків.

Внутрішня будова стебла деревної рослини. Особливістю будови стебла дводольної деревної рослини є його щорічне потовщення завдяки життєдіяльності камбію — вторинної твірної тканини. Внутрішню будову стебла деревної рослини добре видно на поперечному розрізі трирічної гілки липи.

У центрі розрізу розміщені великі клітини серцевини з тонкими оболонками, в них можуть відкладатися поживні речовини. У багатьох дерев