Мохи мають і негативне значення. Утворюючи суцільні килими на луках, у лісах, вони утруднюють аерацію грунту, є причиною заболочування. На заболочених грунтах більшість рослин не росте, оскільки там мало кисню й азотовмісних солей. Сфагнові мохи можуть самозайматись, що часто є причиною лісових пожеж.