Попри те, що до складу пробіотиків уводять авірулентні штами ентерококів, ешерихій, аерококів, аеробних бацил, дріжджів та інших представників факультативної чи випадкової для нормомікроекосистем людини флори, необхідно пам'ятати про підпорядкування життя мікроорганізмів загальнобіологічним законам. І головний закон - прагнення будь-якого мікроорганізму зберегти свою популяцію, а також оптимізувати і розширити сферу її існування. Очевидно, з цим пов'язане й обмеження в останні роки застосування coli-вмісних пробіотиків (колібактерин, біфікол та ін.), оскільки при цьому найчастіше відзначається збільшення популяції гемолітичних варіантів кишкової палички і спостерігається пригнічення імунної системи. З огляду на це нескладно дійти висновку, що пробіотикотерапія матиме найвищий антидисбіозний ефект без небезпеки розвитку побічних реакцій лише в тому випадку, коли буде спрямована на відновлення і посилення найфізіологічнішої для організму людини групи анаеробних цукролітичних бактерій роду Bifidobacterium, Lactobacillus і Рrоріоnіbасtеrіuм, що становлять, як уже зазначалося, 90-99% усієї автофлори здорової людини і ніколи не спричинюють небажаних ефектів. Всі інші мікроорганізми, попри їх різноманіття, є супутньою чи випадковою мікрофлорою, відновлення якої відбувається самостійно після нормалізації складу й активності індигенної флори, у тому числі її саморегулювальної функції. Тому штучне збільшення рівня аеробного компонента автофлори є не тільки недоцільним, але і небезпечним, оскільки призведе до поглиблення дисбіотичних розладів і може спричинити інфекційні ускладнення.

Таким чином, про абсолютну безпеку пробіотикотерапії можна говорити лише тоді, коли бактеріотерапевтичний препарат включає тільки найбільш дружню для людини мікрофлору, до якої відносять аспорогенні анаеробні цукролітики роду Bifidobacterium, Lactobacillus і Propionibacterium.

Якщо проаналізувати 30-річну еволюцію досягнень в царині створення пробіотиків, то вже можна виділити 6 поколінь цих препаратів.
Серед пробіотиків перших п'яти поколінь протягом тривалого часу найпопулярнішими були біфідумбактерин і лактобактерин. Попри недостатню ефективність, ці пробіотики є зовсім нешкідливими для організму дитини. Пробіотики, що містять атипову для людини флору (Bacillus, Aerococcus, Saccharomyces і ін.), а також умовно-патогенні бактерії (Е. coli, S. faecium), попри активну рекламу, в педіатрії використовують обережно.
Не знайшли поки широкого застосування і синбіотики, що містять, крім пробіотичної флори, пребіотики і біологічно активні нутрієнти. Очевидно, це пов'язане з низькою концентрацією в препаратах як живих клітин, так і добавок, через що вони є недостатньо ефективними.

Особливої уваги заслуговують мультипробіотики. Ці бактеріотерапевтичні засоби останнього покоління створені в Україні і вже одержали високу оцінку клініцистів різної спеціалізації.
Основною відмінністю мультипробіотиків групи "симбітер" від бактеріотерапевтичних засобів попередніх поколінь є наближення їхнього складу і властивостей до природних мікробіоценозів відкритих біологічних систем людини, котрі, як відомо, відрізняються полікомпонентністю, широким спектром біологічних активностей і взаємовигідними міжпопуляційними відносинами. За допомогою спеціальних методів з біотопів здорових людей, у тому числі дітей різного віку, ізолювали біологічно активні штами фізіологічної нормофлори, передовсім різні види біфідобактерій, лактобацил і пропіоновокислих бактерій, а на їхній основі конструювали полікомпонентні симбіози, здатні функціонувати як єдиний багатоклітинний організм, життєздатність і стабільність якого підтримується взаємовигідними метаболічними й енергетичними механізмами регуляції.

Слід зазначити, що розробка методу конструювання пробіотиків у вигляді міцних мутуалістичних мультисимбіозів є значним прогресом в царині удосконалення засобів бактеріотерапії. У ході виготовлення інших комбінованих пробіотиків окремі монокультури просто змішують у визначених співвідношеннях за єдиної умови - відсутності антагонізму між окремими компонентами. Такі комбінації штамів, вирощені в стандартних лабораторних умовах, є не правилом, а винятком з життя мікроорганізмів. Потрапляючи в біотопи людини з жорсткими умовами конкуренції з іншою, добре адаптованою мікрофлорою, вони або гинуть, утворюючи поживне середовище для інших мікроорганізмів, або значно знижують свою активність.