і прийшов до висновку, що воно викликається особливими оцетокислими бактеріями, окисляючими спирт і оцтову кислоту. Микроскопуючи плівку, Пастер установив, що вона складається з коротких нерухомих паличок, що утворять ланцюжки, і хоча він назвав їх Мусойегта - стародавню назву, що дається мікробам, що утворять плівки на поверхні рідини, немає ніяких сумнівів у тім, що він відрізняв її від плівки Мусойегта.
У той час систематика мікробів була дуже недосконалої, і цього не слід забувати.
В ці роки широкою популярністю користалася теорія хімічного окислювання, і прихильники її, у першу чергу німецький хімік Либих, вважали, що окислювання спирту в оцтову кислоту зв'язано з розкладанням білка. Пастер спростував цю концепцію: окислювання, як він показав, здійснюється бактеріями на синтетичних середовищах, що не містять білка. Що стосується німецького способу одержання оцту, то в цьому випадку окислювання спирту здійснюється оцтокислими бактеріями, що поселяються на поверхні букових стружок. На противагу цьому Либих вважав, що стружки відіграють роль каталізатора і що ніякі мікроби в цьому процесі не беруть участь, Пастер знайшов бактерії і запропонував створити комісію для перевірки цих результатів. Либих відмовився від такого рішення питання і перемога залишилася за Пастором.
Не можна не відзначити виняткову гнучкість розуму й об'єктивність Пастера як експериментатора. Установлюючи загальні основи навчання про бродіння, він переконався і тим, що маслянокисле, молочнокисле і спиртове бродіння протікають під час відсутності повітря. Експерименти по окислюванню спирту поставили його перед дилемою або не вважати цей процес бродінням, або признати, що можуть бути бродіння особливого типу, що протікають при вільному доступі кисню, отже, бродіння в цьому випадку "не життя без кисню". Переконавши в присутності особливих збудників цього бродіння, Пастер вибрав друге пояснення і тим самим став родоначальником спеціального розділу фізіології мікробів - навчання про окисне бродіння.
Створивши біологічну теорію бродіння, Пастер зацікавився виноробством - однієї з галузей вітчизняної промисловості, заснованої на життєдіяльності дріжджів. Як завжди, він надзвичайно глибоко ознайомився з даним питанням. Читання спеціальної літератури по виноробству, детальніше вивчення технології виробництва, умов транспортування вина, ознайомлення з різними сортами винограду і марками вин - усе це передувало його досвідам по вивченню хвороб вина. Особлива увага Пастера залучили хвороби вина, що супроводжувалися зміною смаку, прозорості, чи запаху інших його властивостей. Видане в 1866р. "Дослідження про вину" містить ряд зведень про те, як необхідно регулювати життєдіяльність мікробів з метою поліпшення якості провина. Великий практичний інтерес представляє доведений ним факт, що немає хвороб вина, що виникають без участі мікробів. Різні захворювання викликаються різними мікроорганізмами, і якщо пляшки з вином нагріти й убити мікробів, то вино не псується зовсім і витримує тривалі перевезення. Цей прийом, що одержав потім назву пастеризації, став надалі широко застосовуватися в харчовій промисловості, У своїй праці Пастер повідомляє, що вживання різних рас винних дріжджів позначається на якості вина, підкреслюючи, що для одержання високоякісного вина його поверхня повинна стикатися з повітрям. Одночасно він торкається ряду інших технологічних питань.
Завершальним циклом робіт із бродіння були "Исследования про пиво", що вийшли з друку в 1871. Пивоварство було порівняно малорозвиненою галуззю промисловості у Франції. Бажаючи допомогти батьківщині, що знаходилася у важкому положенні після франко-прусської війни, Пастер почав ці дослідження з метою позбавити країну про імпорт пива і раціоналізувати на науковій основі це бродильне виробництво. Він беручи за основу чудове Англійське пиво робить капітальне дослідження про пиво, що містить багато даних, винятково коштовних у теоретичному відношенні. Досить сказати, що в ньому висловлюються погляди Пастера на мінливість мікроорганізмів, обговорюється питання про перехід верхівкових дріжджів у низові і назад, зачіпається проблема походження дріжджів і повідомляється ряд нових даних про їхню фізіологію. У книзі послідовно розглядаються різні етапи технологічного процесу одержання пива, вплив вихідних матеріалів, дріжджів, зовнішніх умов на якість пива, багато уваги приділяється також хворобам цього напою. Отже, перу засновники сучасної мікробіології належать три монографії по чисто практичних питаннях: виробництву оцту, виноробству і пивоварству. Читаючи ці книги, переконуєшся в єдності теорії і практики, що так образно охарактеризувала сам Пастер: "Існують науки і додатки наук, зв'язані між собою, як плід і що породило дерево". Немає сумнівів у тім, що багато ідей, що мають виняткове теоретичне значення, зародилися в Пастера саме тому, що він був тісно зв'язаний з життям, із практикою. Однак усього його дослідження із бродінь мали величезне теоретичне значення і навіть через сто років вони змушують схилятися перед міццю розуму, логічністю доказів і o польотом геніальної думки.
Усі дослідження Пастера про бродіння стосувалися перетворень вуглевмісних речовин, таких, як цукор, спирт і ін. Тим часом прихильники хімічної теорії бродіння не бачили різницю між гниттям і бродінням. Пастер не міг пройти повз причини розкладання азотовмісних органічних речовин. Ще в 1863 р. він опублікував роботу про гниття, установивши його біологічний характер. Розкладання білка мікроорганізмами закінчується з утворенням аміаку, вуглекислоти і води. У 1870р., Пастер знову повернувся до вивчення розкладання азотистих речовин, саме сечовини. Він переконався в тім, що розкладання сечовини викликається бактерією кулястої форми й у результаті її життєдіяльності, сечовина розкладається з виділенням аміаку. Це було перше повідомлення про амоніфікацію сечовини, і надалі мікробіологи, бажаючи відзначити роль Пастера у вивченні цього питання, назвали один з мікробів, що розкладає сечовину, його ім'ям.
Таким