Установлений Пастером у його дослідженнях з курячою холерою принцип ослаблення вірулентності патогенних бактерій, дозволив йому провести аналогічні досліди із паличкою сибірської виразки. Цей мікроб утворював опори, і природно, що вводити в живий організм спори патоген-мікроба не мало змісту. Установивши, що при 42- 43 збудник сибірської виразки росте, але не утворить спор, Пастер надалі надійшов з ним точно таким образом, як зі збудником курячої холери, перебування культури різні терміни в термостаті, одержував мікроб, тією чи іншою мірою втративший вірулентність, але що зберіг імуногенність. Перевірка таких культур з'ясувала, що їхнє уведення твариною приводить до того, що останні вже не гинуть при прищеплені їм вірулентної культури. Після доповіді Пастера про це відкриття в Академії наук залишалися остання перевірка - масовий експеримент на сільськогосподарських тваринах у присутності комісії і щеплення, що цікавляться результатом, ветеринарів і медичних лікарів, а також широкої публіки. Така перевірка була здійснена 31 травня 1881р. на фермі в Пуйі-ле-Фор. Потрібно було бути абсолютно впевненим у результатах своїх досвідів, мати педантично працюючих помічників і велику витримку. Вони були покладені винятково лаконічно, ясні і дуже суворі у своєму змісту. Результати публічних іспитів були блискучими. Усі вівці, яким була вприснута вірулентна культура палички сибірської виразки, залишилися живі, ліс тварини, яким не були зроблені щеплення, загинули. Сприятлива дія щеплень бути доведено також на коровах. Незабаром цей метод одержав широке поширення в усьому світі, і захворювання сибірською виразкою сільськогосподарських тварин стало рідкістю.

Вивчаючи сибірську виразку, Пастер звернув увагу на існування "проклятих полів", на яких випас худоби звичайно закінчувався зараженням тварин сибірською виразкою. Він помітив, що звичайно в цих місцях закопували овець, що упали від цієї хвороби. Поверхня ґрунту бувала покрита невеликими купками землі - слідами перебування земляних хробаків. Пастер припустив, що земляні хробаки виходять на поверхню землі. Щеплення вмісту кишечнику земляних чорної, узятих у цій місцевості, морській свинці довела правильність його припущення, тому що свинка занедужала.

Роботи з курячої холери і сибірської виразки дозволили Пастеру в 1881 р. виступити в Лондоні на Міжнародному конгресі лікарів з доповіддю про щеплення при цих захворюваннях. Доповідь супроводжувалася великим успіхом, і ім'я Пастера сталася широко відомо в медичному світі.

У 1882 р. Пастеру виповнюється 60 років, і цю дату широко відзначили його друзі й учні. Привітальну мову на ювілеї вимовив відомий хімік Дюма - свідок перших успіхів Пастера. У тому ж році Пастер обирається у Французьку Академію.

Безперечно, що дослідження Пастера, привівші його до розробки методу запобіжних щеплень, не тільки заклали основи нової науки і імунології, але зробили можливим розвиток одного з найбільш важливих розділів профілактичної медицини. Однак перенесення цих даних на інші інфекційні хвороби утруднилося тим, що їхні збудники ще не були відкриті. Тому Пастер продовжував шукати мікробів, що викликають різні захворювання. Винятковий інтерес представило відкриття їм збудників гнійних процесів. Він виявляє в гної фурункула коковидні бактерії, що викликають фурункульоз, установлює, що причиною післяпологового сепсису є коки, що розташовуються ланцюжком (стрептокок), і переконується, що гнійні поразки кіст (остеомієліти) також викликаються гноєподібними коками. Пастер дійде висновку, що загальні збудники можуть бути в різних, але дуже близьких за своїм характером хвороб. Почате в зв'язку з його роботами широке застосування різних антисептичних речовин допомогло бороти зі збудниками гнійних процесів і різко знизило захворюваність серед населення. Досить зіставити статистичні дані про те, скількох жінок занедужувало і скільки гинуло від післяпологового сепсису до встановлення причин цього захворювання і після, щоб переконатись в значенні відкриття Пастера. Однак найвидатнішою роботою Пастера в області медичної мікробіології, безсумнівно, варто вважати його вивчення сказу, що закінчилося пропозицією антирабічних щеплень.

На початку їм було встановлено, що хоча слина скаженої тварини, уведена кроликам, і викликає їхня загибель, але вона настає набагато скоріше, ніж при сказі. Незабаром стало очевидним, що кролики гинуть від зараження мікробами, що містяться в слині і не мають відносини до сказу. Пастер приклав величезні зусилля для того, щоб знайти збудника сказу, але йому це не вдалося. Здавалося, уся подальша робота повинна бути припинена, однак ці невдачі не зупинили вченого, і вперше в історії медицини були проведені винятково широкі дослідження з вірусом сказу, про існування якого довідалися через багато років після того, як ці дослідження увінчалися успіхом. Робота з невидимим збудником задовго до виникнення вірусології як науки і блискуче рішення питання про щеплення при цій хворобі були доступні тільки генію.

Перевіряючи інфекційність мозку тварин, хворих сказом, Пастер знайшов, що зараження мозком дає набагато частіше позитивні результати, чим зараження слиною. Пізніше він переконався, що введення речовини мозку хворого тварини безпосередньо в мозок кролика приводить до значного скорочення інкубаційного періоду хвороби, а послідовні пасажи вірусу на кроликах дають можливість одержати вірус, що викликає захворювання вже через сім днів. Мозок хворого кролика, підвішений у скляній судині над їдким натром, поступово висихає й одночасно з цим, що міститься в ньому вірус слабшає. Повторне введення такого мозку у виді розтертої з фізіологічним розчином кашки здоровій тварині робить його несприйнятливим до сказу. Собаки, яким були зроблені ці щеплення, містилися в клітці разом зі скаженими