В адміністративно-господарському відношенні територія заповідника розділена на два лісництва: Горганське (2654га) і Черниківське (2690 га).

В тектонічному плані територія заповідника знаходиться в зовнішній антиклінальній зоні.

В геоморфологічному - це район середньо-високих Скибових Карпат.

Заповідник розташований у найнедоступнішій високогірній кам'янистій частині Горган - у Довбушанських Горганах. Довбушанський масив - один із трьох основних масивів Північних Горган. Його вершини та верхні частини схилів, особливо південних, вкриті кам'янистими розсипами (по місцевому - греготи, сенети, горгани), що утворені ямненським пісковиком. На території заповідника кам'яні розсипи займають 605 га, тобто більше 11% площі. Для Довбушанського масиву характерні видовжені хребти з гострими вершинами і стрімко спадаючими північно-східними та більш пологими південно-західними схилами.

"Горгани" - місцева назва кам'янистих розсипів, від яких і походить назва гірської частини Скибових Карпат - Горгани.

Заповідна територія знаходиться в межах висот від 780 до 1754 м над рівнем моря і охоплює три висотні рослинні пояси: широколистяних лісів, хвойних лісів та субальпійський. Тут знаходяться вершини: Довбушанка (1754), Мєдвєжик (1737), Полєнський (1693), Пікун (1657), Козій Горган (1617), Бабин Погар (1448), Скалки Верхні (1596), Скалки Нижні (1300) та ін. Це найбільш недоступна та кам’яниста частина Горган.

Від долини Мізунки до долини Пруту вони тягнуться широкою 35—40-кілометровою смугою, яка за Прутом різко звужується до 15-16 км. Гори складаються з цілої системи паралельних хребтів, простягання яких здебільшого збігається зі скибовими структурами: Береговою, Орівською, Сколівською, Парашкою і Зелем'янкою і має так звану складчасто-покривну будову, характерними рисами якої є інтенсивна зім'ятість порід, майже візоклінальні складки (луски або скиби), що насунуті одна на одну і на передовий Передкарпатський прогин. Величина насуву лусок досягає 18—20 км, а місцями і більше.

Складчасто-покривна будова скибової зони Карпат накладає свій відбиток на геоморфологію усіх горганських хребтів, зумовлюючи їх асиметрію. Як правило, горганські хребти мають круті північно-східні схили, які відповідають підгорнутим крилам лусок (скиб), і похилі південно-західні схили, пов'язані з верхніми крилами складок. Стиснутість скиб зумовлює і другу рису горганських хребтів - незначну ширину долин, які заклались між скибами, їх звуженість і малу транспортну доступність. Це й стало причиною того, що горганські поздовжні долини в Українських Карпатах є найменш заселеними. Тільки там, де в складці скиб і між скибами виступають м'які породи менілітової або бистрицької світ, які легко піддаються процесам денудації, з'явились досить широкі і обжиті долини, як наприклад, долини

Прутця Чемегівського, Зелениці, Хрепелива, Ріплого, Бистрика Чорного, Солонця, Салатрука тощо.

У деяких місцях ці смуги м'яких порід значно розширюються і в них утворились досить великі улоговини, як, наприклад, Микуличинська. Верхньобистрицька, Осмолодська.

Нарешті, є ще одна дуже характерна риса геоморфології горганських хребтів: на їх вершинах виступають тверді масивні пісковики ямненської або вигодської світ, які, вивітрюючись, утворюють скелясті урвища, кам'яні брили, розсипища. Особливо кам'яні розсипища поширені на гребенях таких високих горганських хребтів, як Сивуля, Грофа, Попадя, Довбушанка, Братківська тощо. Виразно помітно, що кам'яні осипи поширені на вершинах середньогірських хребтів, які піднімаються понад 1400-1500 м над рівнем моря. На таких хребтах місцями утворилися справжні «кам'яні моря» і «кам'яні ріки», які спускаються аж у лісовий пояс. Частина їх покрита чагарниковими заростями, так званим криволіссям, переважно із сосни гірської (Pinus mughus Scop.) та частково вільхи зеленої (Alnus viridis L.), зокрема на південних схилах. Проте значні площі кам'яних схилів на вершинах хребтів залишаються «голими». В цілому, кам'яні осипи слід вважати за реліктові сліди льодовикового періоду, коли морозне вивітрювання було особливо інтенсивним.

У природно-географічному відношенні Горгани діляться на три фізико-географічні райони: берегові низькогірські скибові Горгани, зовнішні середньогірські скибові Горгани, внутрішні або вододільні середньогірські Горгани.

Природний заповідник «Горгани» знаходиться в межах середньогірських скибових зовнішніх Горган.

Зокрема у Сивулянсько-Станимирських Горганах та Довбушанських, тому і подаємо їх фізико-географічну характеристику.

Сивулянсько-Станимирські Горгани, які розміщені у верхів'ї Бистриці Солотвинської, займають місцевість між долинами Лімниці та Бистриці Надвірнянської. Північна межа проходить по хребтах Чортка—Кринків. Межиріччя Лімниці і Бистриці Солотвинської заповнене горами Сивулянського хребта, який з численними розгалуженнями простягається з півночі на південь.

Західні схили Сивулянського хребта розчленовані глибоко врізаними долинами рік: правими притоками Лімниці. Не менш глибоко розчленовані і східні схили хребта притоками Бистриці Солотвинської. Сивулянський хребет — це найвищі гори в усьому районі Горган. Відносні висоти вершин досягають 1000—1200 м. Гребенева зона хребта високо піднімається над верхньою межею лісу. На відміну від інших гірських груп Горган, Сивулянський хребет відрізняється широким площинним розвитком на вершинах гребеня кам'яних розсипів і скель; г. Сивуля подібна до гостроверхої скелястої піраміди. Криволісся у субальпійській зоні займає невеликі площі. Полонини розвинені слабо. Нижні та середні схили хребта покриті густими хвойними лісами.

Довбушанські Горгани розташовані між долинами Бистриці Надвірнянської і Пруту. Найвища частина радону — це група гір, яка прилягає до хребта Довбушанка і займає місцевість між долинами Довжинця і Зелениці. Центральне місце належить хребтові - Довбушанка (1754 м), на захід від нього хребет Поленський, а на схід ближче до долини Пруту виділяються хребти Малий Горган, Синяк, Хом'як. На північ від цієї групи гір розміщені гірські хребти і масиви з меншими абсолютними висотами — Явірник, Синечка, Пасічанський та інші. Район зазнав значного розчленування поперечними і поздовжніми долинами.

Гірські хребти, крім Довбушанки і деяких інших гір, що піднімаються понад 1500 м, покриті хвойними лісами, на схилах розвинуті