При вибірковому способі із всієї сукупності операцій і документів перевіряють тільки їх частину (у тому числі за декілька днів у кожному місяці). Вибірка під час податкового аудиту – це процес вибору й аналізу частини всієї сукупності даних з метою одержання відповідної оцінки. Вибіркова перевірка не означає перевірки "на здогад" якихось документів чи бухгалтерських реєстрів. Вона, як і суцільна перевірка, повинна забезпечити виявлення всіх недоліків і порушень. Для ефективності вибіркового методу доцільно забезпечити надійну вірогідність відбору документів і записів на рахунках бухгалтерського обліку в облікових реєстрах, поділити їх на окремі однорідні групи, які називаються сукупністю.

Під час податкового аудиту елементами вибіркової перевірки можуть виступити статті, бухгалтерські записи, з яких здійснюють вибірку. При цьому повинна забезпечуватись репрезентативність (представництво) вибіркової перевірки для даної сукупності. Для представлення сукупностей вся облікова документація розбивається на однорідні масиви даних за різними ознаками (залежно від характеру документів, бухгалтерських записів, матеріально відповідальних осіб). Наприклад, якщо аудитор перевіряє інформацію про дебіторську заборгованість, більшу за певну визначену суму, то дослідною документацією буде сукупність усіх бухгалтерських документів, записів, що стосуються цих розрахунків з дебіторами, але не менше, ніж на обумовлену суму.

При вибірковій перевірці масових документів необхідно також визначити періоди, в яких порушення найімовірніші. У цьому випадку особливу увагу звертають на перевірку документів останніх місяців кварталу або року, під час проведення інвентаризації цінностей, коштів і розрахунків, на записи операцій, де найчастіше можуть виникати порушення.

Але при всій перевазі вибіркового способу перевірки господарських операцій у тому випадку, коли будуть встановлені факти зловживань чи інших порушень по суті і змісту операцій, аудитор забезпечує перевірку документів суцільним способом.

Одним з прийомів вибіркової перевірки бухгалтерських реєстрів є суцільне дослідження однієї сторони рахунка, тим часом, як протилежну сторону піддають лише вибірковій перевірці. Наприклад, рахунки витрат виробництва перевіряють за дебітом суцільно, а за кредитом вибірково. Велике значення має вибіркова перевірка за кінцевою, заключною операцією. Вона полягає в тому, що весь хід господарської операції перевіряється за даними, визначеними в кінці місяця.

Комбінований метод поєднує прийоми суцільної і вибіркової перевірок облікової документації у взаємозв'язку і взаємозумовленості цих прийомів. Аудитор, виходячи з конкретних ситуацій, змісту документів і залишків цінностей в облікових реєстрах, визначає послідовність прийомів і способів контролю фінансово-господарських операцій.

За глибиною перевірка фінансово-господарських операцій може бути загальною і детальною. При цьому можуть використовуватись як суцільний, так і вибірковий або комбінований методи контролю.

Суть загальної перевірки полягає в тому, що вона проводиться на підставі аналізу узагальнюючих показників та використання даних синтетичного обліку, балансу і звітності. Але обмежуватись під час податкового аудиту тільки методами загальної перевірки не можна, тому що необхідне глибоке і обґрунтоване дослідження фінансово-господарських операцій. У зв'язку з цим загальна перевірка доповнюється детальною, за допомогою якої повніше і ґрунтовніше досліджуються фінансово-господарські операції на підставі ретельного вивчення первинних документів і даних аналітичних облікових реєстрів. Детальна перевірка особливо важлива для перевірки руху цінностей в аналітичному розрізі за даними складського кількісного і бухгалтерського кількісно-сумового обліку цінностей.

За способами перевірка документів поділяється на такі способи і прийоми: зустрічна перевірка документів, перевірка суті і змісту первинних документів і порівняння їх з даними зведених документів, арифметична перевірка.

Методи зустрічної перевірки документів застосовують під час податкового аудиту для виявлення фактів неповного або несвоєчасного оприбуткування цінностей, спотворення під час їх списання, встановлення приписок у документах, перевірки достовірності самих документів [4, 52]. У сучасних умовах проведення податкового аудиту цей метод є найефективнішим. На практиці цей метод необхідно використовувати в усіх випадках перевірки взаємовідносин платника податків, виходячи із суми фінансово-господарських операцій, які можуть суттєво вплинути на результати визначення оподатковуваного доходу.

У практичній літературі цей метод контролю трактується як засіб порівняння показників одних документів з їх копіями або засіб порівняння декількох документів, які мають відношення до однієї і тієї процедури надходження або вибуття цінностей.

Зустрічна перевірка може бути як внутрішньою, так і зовнішньою. При внутрішній зустрічній перевірці для контролю використовується інформація, яка формується безпосередньо на підприємствах. Зовнішня зустрічна перевірка, навпаки, потребує використання облікової інформації, яка формується на двох чи більшій кількості підприємств.

Поряд з методами зустрічної перевірки документів під час податкового аудиту перевіряють їх суть і зміст та порівнюють з даними зведених документів (виписок банку, звітів матеріально відповідальних осіб та ін.). Також використовують арифметичну перевірку. Для цього перевіряють правильність підрахунків і підсумків у документах, визначення оборотів і сальдо в облікових реєстрах. Ця перевірка потребує використання засобів сучасної обчислювальної техніки. При незначних обсягах роботи використовується звичайний електронний калькулятор.

В окремих випадках за правильно оформленими документами може приховуватись розкрадання коштів і матеріальних цінностей. Наприклад, для прикриття розкрадань збільшують підсумкові суми в документах на відпуск цінностей з метою їх зайвого списання. В інших випадках зменшують оприбуткування отриманих товарно-матеріальних цінностей і коштів. Для виявлення таких порушень якраз і застосовують метод арифметичної перевірки.

Залежно від ознак