Контроль повинен передбачати в першу чергу порядок перевірки:

виконання постанов, розпоряджень і вказівок державних органів і вищих організацій;

дотримання встановлених нормативів витрат;

дотримання строкових платежів;

правильності і своєчасності приймання і відпуску товарно матеріальних цінностей (ТМЦ) ;

правильності витрачання фонду оплати праці (ФОП), дотримання установлених штатів, посадових окладів, кошторисів витрат;

збереження майна, ТМЦ, грошових коштів у місцях їх зберігання та використання;

правильності здійснюваних під час обліку розрахунків.

У вказаних напрямках необхідно здійснювати попередній, поточний і подальший контроль. Бухгалтерський облік не може бути ефективним, якщо не виконує контрольної функції. Але поряд з тим система контролю не повинна завдавати додатково роботи, ускладнювати документообіг.

Незважаючи на значні успіхи в організації обліку в установах невиробничої сфери, що спостерігаються в останні роки (цьому сприяла нормотворча діяльність ДКУ, введення відповідних курсів у навчальні плани підготовки бухгалтерських кадрів у вузах, технікумах і коледжах, систематичні публікації з бюджетного обліку у професійних періодичних виданнях), є ряд теоретичних, методологічних та організаційних проблем, що вимагають термінового вирішення:

1. у процесі економічної реформи відбувається переформування джерел фінансування установ невиробничої сфери – із загальнодержавного у місцеве;

2. зростає частка позабюджетних коштів у складі джерел фінансування бюджетних установ;

3. галузева специфіка окремих установ вимагає специфічного підходу до обліку їхньої діяльності;

4. подальше впровадження ЕОМ в обліковий процес не завжди науково і методологічно обґрунтоване;

5. поєднання в одній установі бюджетної і комерційної діяльності та її відображення в єдиній системі обліку.

Впровадження у невиробничій сфері нового господарського механізму, використання різних форм господарювання (орендна, кооперативна, індивідуальна трудова діяльність тощо) виникненню нових для бюджетних установ понять: колективний і орендний підряд, інтенсифікація виробництва, вартість підготовки спеціаліста, вартість медичних послуг, вартість послуг установ культури і т.ін.

Все це зумовлює специфіку і новизну в методології та організації обліку і вимагає відповідного теоретичного обґрунтування, що необхідно для посилення контролю за використанням ресурсів та покращення якісних показників роботи цих установ. Вирішуються ці проблеми по-різному: в одних установах створюють дві бухгалтерії (бюджетну і госпрозрахункову) в інших – вводять два плани рахунків (один для обліку використання бюджетних коштів, а другий – для обліку підприємницької діяльності), у третіх – складають окремі облікові регістри і т. ін. У той же час законодавство пропонує об’єднання коштів, що надходять з різних джерел, їх спільне планування в єдиному кошторисі і спільний облік використання. Але надходження позабюджетних коштів не повинно бути підставою для зменшення бюджетного фінансування, за рахунок якого часто здійснюються витрати, які неможливо перевести на комерційні засади (профілактичні медичні заходи, фундаментальні наукові дослідження тощо).

З метою забезпечення єдиних методологічних основ організації і ведення бухгалтерського обліку та звітності на всій території України в умовах різних форм власності та розвитку ринкових відносин Верховна Рада України прийняла Закон України №996-ХIV від 16.07.1999р. «Про бухгалтерський облік і фінансову звітність в Україні». Цей документ передбачає єдині засади організації обліку і звітності для всіх підприємств, установ і організацій, що є юридичними особами за законами України. Згідно з п. 4 статті 6 цього Закону «порядок ведення бухгалтерського обліку і складання фінансової звітності про виконання бюджетів і госпрозрахункових операцій бюджетних установ встановлюється Державним казначейством України відповідно до законодавства».

Державне казначейство України розробляє план рахунків бухгалтерського обліку і порядок його застосування, інструкції з обліку наявності та використання бюджетних і позабюджетних коштів, основних засобів, запасів, видатків, валютних операцій, проведення інвентаризації, складання звітності тощо. Така сувора регламентація методології обліку забезпечує його єдність, порівнюваність показників установ різних галузей невиробничої сфери, можливість отримання зведених показників для контролю виконання кошторисів і бюджетів.

Одночасно треба зазначити, що на бюджеті установи не поширюється дія національних положень (стандартів) бухгалтерського обліку, що розроблені і затвердженні Міністерством фінансів України у період з 1999 до 2001р.

Основними нормативними документами, відповідно до яких організовується облік у бюджетних установах України, є новий план рахунків бухгалтерського обліку та порядок його застосування, нова бюджетна класифікація видатків, інструкція про кореспонденцію рахунків бухгалтерського обліку для відображення основних господарських операцій бюджетних установ, інструкція про форми меморіальних ордерів бюджетних установ та порядок їх складання, інструкція з обліку запасів бюджетних установ та багато інших. У них викладено методику обліку операцій з виконання кошторису видатків за загальним і спеціальним фондами та з обліку іншої діяльності.

Ведення бухгалтерського обліку, здійснення контролю за виконанням кошторисів, складання звітності в бюджетних установах покладається на бухгалтерію, яка є, як правило, самостійною службою і має свою структуру. Існують дві організаційні форми обліку в бюджетних установах: 1) бухгалтерії окремих установ; 2) централізовані бухгалтерії.

Зазвичай самостійні бухгалтерії мають великі установи: вищі навчальні заклади, науково-дослідні інститути, лікарні тощо.

Централізовані бухгалтерії – найбільш поширена форма організації обліку в бюджетних установах. Вони створюються за відомчою чи міжвідомчою ознаками при територіальних і районних медичних закладах, управліннях місцевих державних адміністрацій, міністерствах, відомствах та їх управліннях усі функції з обліку та звітності бюджетних установ, які вони обслуговують.

Процес створення централізованих бухгалтерій почався в 60-ті рр. минулого (ХХ) століття. На теперішній час ними обслуговуються понад 90% бюджетних установ, що утримуються за рахунок місцевих бюджетів. Централізація обліку справила позитивний вплив на його організацію, методологію, оперативність: поліпшився функціональний розподіл обов’язків між обліковими працівниками, набули поширення прогресивні форми і методи