У сорокових роках 14 століття Хотин входить до складу Угорського королівства, а в 1375 році опиняється в Молдавському князівстві. Молдавський Господар Стефан (Штефан) Третій Великий особисто керує реконструкцією фортеці. Зводяться прикрашені геометричними орнаментами стіни шириною шість і заввишки сорок метрів, три башти, рівень двору фортеці піднімають на 10 метрів і розділяють на Княжий двір і двір Воїнів. Будуються два палацу з величезними підземеллями. Саме після цієї реконструкції Хотинська фортеця практично повністю набуває свого сучасного вигляду.

У 15 столітті Хотин стає не тільки місцем базування військового гарнізону, але і митним, культурним, торговим центром. Місто торгує шерстю, медом, вином, хлібом. Головні партнери - Литва, Польща, Туреччина, Іран. В цей час пишеться Хотинської Євангелія. Право володіти Хотином оспорюють Польща і Туреччина. Часто до них приєднуються Україна і Молдавське князівство. Наступні 400 років місто постійно переходить з рук в руки.

У 1476 році фортецю відображає напад військ турецького султана Мухаммеда Другого. На рубежі 15 і 16 століть Молдавське князівство разом з Хотином потрапляє у васальну залежність від Туреччини, що розмістили у фортеці військовий гарнізон.

У 1538 році місто штурмом беруть польські війська, очолювані Яном Тарновського. Облягали підриває підкопи під фортецею, руйнують три башти і частину західної стіни. Хотин на якийсь час залишається у поляків і в 1540 - 1544 роках вони відновлюють споруди, зруйновані під час штурму 1538 року. У 1563 році князь Дмитро Вишневецький на чолі загону з 500 запорізьких козаків захоплює цитадель, і деякий час її утримує.

У 1600 році Хотинська фортеця стала притулком для батька Петра Могили Семена і його брата молдавського князя Єремії. Тут їх безуспішно обляжеш валашскій Господар Міхай Хоробрий.

У 1620 році армія Туреччини захоплює місто. У серпні 1621 мимо Хотина, прямуючи до Цецорою, проходить об'єднана польсько-козацька армія під командуванням коронного гетьмана Станіслава Жолкевський. У цьому війську в свій останній похід разом з сином, реєстрових козаком Богданом, відправився Чигиринський подстароста Михайло Хмельницький. Україно-польське військо майже повністю знищене турками. Майбутній гетьман України два роки знаходиться в Стамбульському полоні.

У жовтні 1621 року, у Хотина об'єднується сорокатисячная козацька армія, очолювана Петром Сагайдачного та Яковом Бородавко і трідцатіпятітисячное військо Речі Посполитої, під командуванням Яна Кароля Ходкевича. Битва триває п'ять днів і об'єднані україно-польські сили перемагають трехсоттисячную армію турецької Порти. Під час одного з боїв був тяжко поранений Сагайдачний. Це поранення стане причиною смерті гетьмана в квітні наступного року.

8 жовтня султан Сулейман Другий підписує украй невигідний Туреччині Хотинський мирний договір. За Хотинського миру межа між Туреччиною і Польщею проходить через Дністер, Туреччина та її вассали, Кримське ханство, зобов'язуються не нападати на землі Польщі та України. Польща передає туркам Хотин, забороняє козакам судоплаванье по Дніпру і Чорному морю, військові походи на Крим і Туреччину.

Навесні 1650 року українські війська, очолювані Богданом Хмельницьким, на час звільняють місто. У 1653 році на лівому березі Дністра, в Жванця, розгорається битва, що увійшла в історію, як Жванецький. Об'єднані україно-молдовські війська, очолювані Василем Лупул і, сином гетьмана і зятем господаря Молдавії, Тимофієм (Тимоша) Хмельницьким, виступають проти турок. У битву включається турецький гарнізон Хотина.

У листопаді 1673 року об'єднана армія Речі Посполитої, України і Молдавії під командуванням коронного гетьмана Яна Соболевського перемагає турок, і знов займає Хотин. Перемога ця, правда, ніякого значення не мала - в 1672 році Туреччина захопила практично все Поділля і частина Галичини, і узяття однієї ворожої фортеці ніяк не змінювало ситуацію.

У 1699 році за Карловіцкому мирним договором Річ Посполита передає Хотин Молдавського князівства. А в 1711 році місто в черговий раз захоплюють турки. Напевно, вони вирішили міцно влаштуватися - Хотин стає так - сказати райцентром Османської імперії - "нахіе" або "райю". У 1715 році французькі інженери починають будівництво "Нової фортеці", котра тривала 3 роки. Нові зміцнення представляють собою прямокутник 1200х250 метрів, і складаються із земляного валу і семи бастіонів, озброєних важкими гарматами. Будуються нові кріпосні ворота - Стамбульські, Темешварскіе, Водні та Бендерський (в 19 столітті їх перейменують). За стінами Нової фортеці знаходився палац орати, подвір'я коменданта фортеці, казарми, мечеть з мінаретом, житловий комплекс для офіцерів гарнізону, службові та складські приміщення, пекарні, лазні, стайні, майстерні. Тут міг розміститься двадцятитисячним гарнізон. Стара Хотинська фортеця в цей час використовувалася як арсенал.

У 18 столітті Хотинську карту розігрують дві імперії - все та ж Османська і Російська, на рубежі століть до гравців приєднується Австро-Угорщина.

Після низки перемог над османської армією до Хотину підходить російська армія під командуванням генерал-фельдмаршала Бурхарда Христофора фон Мініха. 19 вересня 1739 року комендант турецького гарнізону паша Іліяс Колчак без бою здає фортецю і передає Мініху ключі від міста. Ці події надихнули Михайла Ломоносова на написання "Оди на взятие Хотина", його першого великого поетичного твору. Але за Бєлградського мирного договору 29 вересня 1739 року російські війська покидають місто.

Російська армія займала Хотин в 1769 - 1774, 1787 - 1791 і 1806 роках. Якийсь час місто входило до складу Австро-Угорщини, але в 1793 році був повернений Туреччині.

У 1812