Положенням про Секретаріат Президента України від 4 листопада 2005 р. у порівнянні з Положенням від 27 січня 2005 р. істотно змінено структуру Секретаріат Президента. Основною такою зміною, як уже було зазначено стала ліквідація посад Державного секретаря України, його перших заступників та заступників, Першого помічника Президента України, а також ліквідація однієї з найважливіших структур попереднього секретаріату - Кабінету Президента України.

Положенням про Секретаріат Президента України від 4 листопада 2005 р. визначено, що до його складу входять: Глава Секретаріату Президента України, Перший заступник Глави Секретаріату Президента України, заступник Глави Секретаріату Президента України; Представник Президента України у Верховній Раді України, Представник Президента України у Кабінеті Міністрів України, Представник Президента України у Конституційному Суді України; Прес-секретар Президента України; Офіс Президента України, головні служби, служби, Режимно-секретний відділ, які є самостійними структурними підрозділами Секретаріату.

Чітко встановлено порядок призначення і звільнення посадовців Секретаріату. Ключові посадовці: Глава Секретаріату, його перший заступник, заступник, Представники Президента України у Верховній Раді, у Кабінеті Міністрів України, Конституційному Суді України, Прес-секретар Президента України, радники, помічники, референти призначаються на посади і звільняються з посад Президентом України. Інші працівники - Главою Секретаріату Президента України.

Глава Секретаріату Президента України в оновленому складі Секретаріату за своїми функціями і повноваженнями фактично замінив посаду Державного секретаря України. Глава Секретаріату Президента України виконує такі функції:

1) подає на підпис Президентові України проекти указів, розпоряджень та доручень Президента України, закони України, що надійшли на підпис главі держави, пропозиції Президента України до законів у разі застосування щодо них права вето, проекти конституційних подань Президента України до Конституційного Суду України, листи та інші документи, підписує додатки до актів Президента України;

2) представляє за дорученням Президента України його позицію у Верховній Раді України, у відносинах з органами виконавчої влади та органами місцевого самоврядування, з політичними партіями, громадськими організаціями та засобами масової інформації, з міжнародними організаціями;

3) організовує здійснення контролю за виконанням актів Президента України;

4) вносить Президентові України пропозиції щодо призначення на посади і звільнення з посад Першого заступника Глави Секретаріату Президента України, заступника Глави Секретаріату Президента України, Прес-секретаря Президента України, Представника Президента України у Верховній Раді України, Представника Президента України у Кабінеті Міністрів України, Представника Президента України у Конституційному Суді України, а також радників Президента України, які очолюють відповідні головні служби Секретаріату, призначає на посади та звільняє з посад інших працівників Секретаріату, якщо інше не передбачено актами Президента України;

5) здійснює загальне керівництво Секретаріатом, спрямовує його діяльність на ефективне забезпечення здійснення Президентом України його повноважень; координує діяльність структурних підрозділів Секретаріату, представляє Секретаріат у відносинах з іншими органами, підприємствами, установами та організаціями;

6) контролює додержання працівниками Секретаріату вимог Закону України “Про державну службу” та законодавства про працю, здійснює присвоєння відповідно до законодавства рангів державним службовцям;

7) визначає єдиний порядок проходження і опрацювання документів у Секретаріаті, процедуру взаємодії структурних підрозділів Секретаріату при виконанні покладених на них функцій;

8) затверджує в установленому порядку штатний розпис Секретаріату, структуру його самостійних структурних підрозділів та положення про них, а також посадові інструкції керівників таких підрозділів Секретаріату;

9) реалізовує в межах повноважень, визначених законодавством, державну політику у сфері охорони державної таємниці;

10) вирішує питання щодо заохочення працівників Секретаріату, порушує в установленому порядку питання про відзначення їх державними нагородами України, притягнення до дисциплінарної відповідальності;

11) здійснює інші повноваження відповідно до законодавства [26].

Глава Секретаріату Президента України для виконання покладених на нього функцій може видавати в межах установленої Положенням про Секретаріат Президента України компетенції розпорядження. Він несе персональну відповідальність за виконання покладеного на Секретаріат основного завдання.

Слід зазначити, що на виконання основного завдання, яке стояло перед реформуванням Секретаріату Президента, а саме, „усунення дублювання виконуваних його структурними підрозділами функцій та оптимізації складу керівництва” Президентом України було прийнято Схему розподілу обов’язків між Главою Секретаріату Президента України, його Першим заступником та заступником (додаток 1). Нормативне закріплення Схеми розподілу обов’язків між Главою Секретаріату Президента України, його Першим заступником та заступником має неабияке значення для підвищення ефективності діяльності Дорадчого органу президента, позаяк не лише усуває компетенційні спори, а й встановлює зони відповідальності у сфері роботи керівного складу Секретаріату Президента України.

В зв”язку з цим п.10 Положення про Секретаріат Президента України від 4 листопада 2005 р. встановлено, що Перший заступник Глави Секретаріату Президента України, заступник Глави Секретаріату Президента України виконують обов’язки відповідно до Схеми розподілу обов’язків , а також згідно закріплення за ними структурних підрозділів, що затверджується Президентом України.

У разі відсутності Глави Секретаріату Президента України його повноваження здійснює Перший заступник Глави Секретаріату Президента України, а за відсутності Першого заступника — заступник Глави Секретаріату Президента України.

Секретаріатом також передбачено існування посад, що створені для представницьких цілей. Представник Президента України у Верховній Раді України, Представник Президента України у Кабінеті Міністрів України, Представник Президента України у Конституційному Суді України представляють Президента України у відносинах відповідно з Верховною Радою України, Кабінетом Міністрів України, Конституційним Судом України.

Прес-секретар Президента України представляє офіційну позицію глави держави засобам масової інформації, готує та організовує проведення за участю Президента України прес-конференцій, брифінгів, інших заходів для представників засобів масової інформації, очолює