За Березневими статтями 1654 р. царя повідомляли вже про факт обрання гетьмана, та по смерті Б.Хмельницького царський уряд зажадав, щоб його попередньо повідомляли про обрання гетьмана. Цю вимогу не було виконано при обранні гетьманом І.Виговського, тому в Москві його обрання не визнали, і довелось проводити вибори удруге - у присутності посла Росії, а деякі історичні джерела свідчать, що Москва не погодилась і з цим обранням, і Виговського обирали утретє – на початку лютого 1658 р. у Переяславі, де, врешті, московський посол вручив йому булаву. За новими Переяславськими статтями Ю.Хмельницького 1659 р. попереднє повідомлення царя про обрання гетьмана спричинилось до обов`язкового отримання від нього згоди на обрання пропонованого кандидата. Московські статті І.Брюховецького 1665 р. підтвердили обрання гетьмана за волею царя і при його послі, та обов`язкове прибуття новообраного гетьмана з поклоном до Москви для затвердження його царем; тобто, обрання глави Української держави стало лише формальністю. За Коломацькими статтями І.Мазепи 1687 р. вибори гетьмана відбувались за указом царського уряду - так, у 1708 р., коли старшина у Глухові хотіла обрати гетьманом полковника Павла Полуботка, Петро І не погодився з цією кандидатурою, вручивши булаву полковнику Стародубського полку Івану Скоропадському. При погодженні кандидатури і затвердженні вже обраного гетьмана царський уряд послуговувався характеристиками, наданими його агентами, головно воєводами, перебуваючими в Україні. Обрані гетьмани присягали на вірність царю, а з 1660 р. гетьман мав отримувати клейноди (відзнаки його верховної влади) і грамоту на гетьманування від російських послів або безпосередньо від царя у Москві. Обрання нового гетьмана, зазвичай, супроводжувалось складанням статей, які визначали взаємовідносини України з Росією, гетьмана і царя; і, присягаючи на вірність царю, гетьман також присягав на вірність цим статтям.

Строк правління гетьмана не визначався. Спершу Військова або Старшинська Рада мала право усувати гетьмана за вагомих підстав – так, І.Виговського було усунуто з гетьманства за перехід на бік Польщі. За Переяславськими статтями Ю.Хмельницького 1659 р. Рада не могла усувати гетьмана без дозволу царя. Та у 1663 р. Старшинська Рада скинула з гетьманства Ю.Хмельницького, а його наступник І.Брюховецький згодом був убитий під час військового повстання. За Конотопськими статтями І.Самойловича 1674 р. гетьмана можна було позбавити влади за зраду – так, при усуненні І.Самойловича його звинуватили у невдачі російсько-українських військ у кримському поході та змові з кримським ханом. Коломацькі статті І.Мазепи 1687 р. передбачили можливість відставки гетьмани лише за вказівкою царського уряду.

По смерті Б.Хмельницького влада гетьмана поширювалась на Лівобережжя і Правобережжя, та після утвердження Польщі на Правобережжі у 1663 р. там було засновано самостійне гетьманство, і певний час паралельно правили правобережний і лівобережний гетьмани. Першим правобережним гетьманом був обраний однодумець і зять Б.Хмельницького Павло Тетеря (1663-1665), а потім Петро Дорошенко (1665-1676), який очолив боротьбу за незалежність України та об`єднання усіх її земель, а на початку 1668 р. проголосив себе гетьманом усієї України, але Лівобережжя і Запорізька Січ його не підтримали; по його гетьманству на Правобережжі гетьманів більш не обирали. Першим лівобережним гетьманом був І.Брюховецький (1663-1668) - перший український гетьман, що прибув до Москви з чолобитною царю. І.Мазепа відразу ж по обранні його гетьманом у 1687 р. був пожалуваний гетьманом обох сторін Дніпра, тобто номінально і Правобережної України (т.зв. двогетьманство), хоча з укладення Вічного миру 1686 р. влада гетьмана визволеної з-під Речі Посполитої України обмежувалась Лівобережжям. Влада гетьмана не поширювалась на Запорізьку Січ і Слобідську Україну, які безпосередньо підлягали російській адміністрації.

Обсяг повноважень гетьмана був доволі широким – у внутрішніх справах йому спершу належала законодавча, виконавча і судова влада. Як законодавець, глава і офіційний представник України гетьман підписував важливі нормативні акти, передусім гетьманські статті. Як верховний адміністратор він особисто розпоряджався землею, що належала усьому козацькому війську. Гетьман був головнокомандувачем - “зверхником над військом”. Він відав фінансовими коштами держави – керував збиранням податків і розпоряджався державною військовою скарбницею; тривалий час його особисті і державні кошти не відмежовувались, що призвело до зловживань, у чому Мазепа звинуватив свого попередника Самойловича, що стало однією з підстав усунення його з гетьманства, а згодом була заснована посада генерального підскарбія, що відав військовою казною. За Глухівськими статтями Д.Многогрішного 1669 р. гетьман подавав царю кандидатури для пожалування дворянського звання.

Та поступово влада гетьмана обмежувалась разом з обмеженням автономних прав України. Було обмежено повноваження гетьмана у внутрішньому управлінні Україною - офіційні документи набували юридичної сили лише після затвердження їх царем або вищими урядовцями Росії, а згодом цей порядок було поширено на усі нормативні акти гетьмана – так, Глухівські статті встановлювали обов`язковість підтвердження царськими грамотами універсалів гетьмана про пожалування земель за службу. Гетьмана також було позбавлено права призначати і усувати без участі Генеральної Ради полковників і генеральних старшин. Звужувались права гетьмана і в міжнародних відносинах - Переяславські статті Ю.Хмельницького 1659 р. не дозволяли гетьману мати зносини з іншими державами, приймати послів, починати війну, брати участь у військових походах та надсилати військо на допомогу сусіднім державам без попереднього дозволу царського уряду. Глухівські статті 1669 р. заборонили гетьману підтримувати безпосередні дипломатичні зв`язки з