По смерті Б.Хмельницького Військова Рада скликалась рідше, а згодом і зовсім зникла, внаслідок малореальної змоги скликання представників усіх верств населення та протистояння між ними. Гетьман правив за участю Ради генеральної старшини (або Старшинської Ради), яка збиралась кілька разів на рік для вирішення найважливіших питань – обрання гетьмана і генеральних старшин, охорони кордонів тощо, а також за вимогою Генерального уряду, який за відсутності гетьмана здійснював вищу владу в Україні. Генеральні старшини, як і гетьман, за виконання своїх повноважень отримували з казни оплату та пожалування землі у ранг. Полковники і сотники спершу обирались, згодом стали призначатись гетьманом з-поміж пропонованих 2-3 кандидатур з козаків, а потім їх почав призначати цар. У суперечках з гетьманом козацька старшина апелювала до царя – так, після усунення Д.Многогрішного представники старшини просили царя заборонити гетьману зноситись з іноземними державами, а також карати козаків і селян без вироку військового суду, а Коломацькі статті І.Мазепи заборонили гетьману карати старшин без погодження із Старшинською Радою.

Переяславські статті Ю.Хмельницького 1659 р. підтвердили обов`язок гетьмана залучати козацьке військо до участі у воєнних походах Росії, а також реєстрове військо використовувалось для охорони кордонів Росії, особливо на півдні, та на різних роботах – будівництві доріг, мостів, фортець тощо. У цих походах козаки підлягали російському командуванню, проте у другій половині 17 ст. ще зберігали організаційну відокремленість. Полки Слобідської України підпорядковувались царському воєводі. За Московськими статтями І.Брюховецького 1665 р. реєстр було скорочено до 30 тис. козаків, та, поза тим, гетьман отримав право створювати наймане “затяжное” військо у 1000 чол., тобто 1 полк, а реально існувало кілька найманих полків: сердюцький (піхотний) і компанійський (кінний) – вони створювались за потреби, утримувались за рахунок додаткового оподаткування населення та отримували грошову оплату, харчі і одяг. А вперше найманці з`явились в Україні ще за Б.Хмельницького – з іноземців: кроатів, німців, італійців і поляків.

У другій половині 17 ст. в Україні зберігалась судова система часів Б.Хмельницького; притому, феодали утримали право на доменіальний і вотчинний суди. Доменіальний суд, якому підлягали селяни магістратських і ратушних сіл, здійснювали магістрати і ратуші, а також право доменіального суду отримали козацька старшина, українська шляхта, землевласники і “царські люди” в Україні. Собором 1667 р. був санкціонований церковний суд. З другої половини 17 ст. міські суди потрапили під значний вплив сотенної адміністрації, самостійність зберегли лише магістратські суди великих міст – Києва, Переяслава, Ніжина, Чернігова та ін.

Спершу відносини Росії з Україною, як і з іншими державами, регулював Посольський приказ. Та у ході перетворення України в автономне утворення у складі Росії царський уряд створює спеціальні установи для регулювання своїх відносин з нею. Так, у 1663 р. був заснований Малоросійський приказ у складі Посольського приказу, очолений наближеним царя - Артамоном Матвеєвим; з його утворенням козацьке самоврядування було істотно обмежено, оскільки він відав адміністративними, військовими і судовими справами, зокрема: санкціонував вибори нового гетьмана і старшини, контролював українську церкву і духовенство. Після скасування приказної системи у першій чверті 18 ст. повноваження Малоросійського приказу було передано до Колегії іноземних справ.

Переяславські статті Ю.Хмельницького 1659 р. санкціонували перебування російських воєвод у Переяславі, Ніжині, Чернігові, Брацлаві і Умані. Поступово воєводи почали втручатись у місцеве управління і збирання податків. Московські статті І.Брюховецького 1665 р. передбачили збільшення російських гарнізонів у вказаних містах, а також розміщення воєвод у інших містах, зокрема у Кодаку (на Запоріжжі) і Кременчуку, з розширенням їх поліційних і фіскальних функцій; щоправда, козаки не підпорядковувались їм. Та Глухівські статті 1669 р. обмежили перебування російських військ в Україні 5 містами – Києвом, Переяславом, Черніговом, Ніжином і Уманню, і вони не мали права втручатись у місцеві справи. Згодом полк московських стрільців охороняв резиденцію І.Мазепи у Батурині.

Переяславські статті Ю.Хмельницького 1659 р. підтвердили, що православне духовенство України на чолі з митрополитом переходить під благословення Московського патріарха, який, однак, не втручається у його справи. І.Брюховецький просив Москву надіслати митрополита для України, та ієрархи української православної церкви опротестували це, але у 1675 р. по смерті Київського митрополита Тукальського Москва перешкодила виборам нового митрополита і заснувала тимчасову посаду місцеблюстителя. Вагомого удару по автономії української православної церкви завдав І.Самойлович, за змовою якого з Москвою у 1685 р. Київським митрополитом було висвячено у Москві його свояка Луцького єпископа Гедеона, ща затвердив Московський патріарх Іоаким і погодив Константинопольський патріарх; щоправда, попри те, Київська митрополія не підлягала Московському патріарху, хоч і перебувала під його благословенням і формально була йому підвідомчою. Вище духовенство (митрополит і єпископи) обирались на козацьких радах, а священики – на сільських сходах; їх обрання затверджував гетьман, тобто церква входила до системи військово-адміністративної організації.

4. Ліквідація автономного устрою України

З початку 18 ст. почався наступ царату на права і вольності України, оскільки порядок управління нею, опертий на демократичні засади військово-козацької системи, сурепечив самій природі російського абсолютизму –