У 18 ст. російський уряд встановив для Гетьманщини офіційну назву – Малоросія (“Малая Россия”). Глава України гетьман формально обирався, а фактично призначався за наказом царя. Так, у 1709 р. старшина бажала обрати гетьманом чернігівського полковника Павла Полуботка, але Петро І не погодився з його кандидатурою і гетьманом був обраний, а точніше призначений, Іван Скоропадський (1709-1722), який перед смертю розпорядився, щоб до обрання нового гетьмана його повноваження доручили чернігівському полковнику П.Полуботку, і той став наказним гетьманом (1722-1723). Прагнучи скасування гетьманської влади в Україні, Сенат Росії і Петро І охоче затвердили це розпорядження І.Скоропадського і у подальшому перешкоджали обранню чергового гетьмана – після арешту Полуботка у 1723 р. Україна не мала гетьмана до 1727 р. Деякі гетьмани, зокрема І.Мазепа, попри тиск з боку Росії, намагались домогтися успадкування гетьманської посади, чому спершу протистояли не лише царський уряд, а й старшина, яка, однак, згодом підтримала такі прагнення Кирила Розумовського (1750-1764), сподіваючись зберегти цим Українську державу і запобігти зазіханням на неї царату.

По смерті І.Мазепи запорізькі козаки, які втекли разом з ним після Полтавської битви, на своїй Раді у Бендерах (у Молдові) у 1710 р. обрали гетьманом колишнього генерального писаря Пилипа Орлика (1710-1742), що став першим гетьманом України в еміграції, та затвердили укладені ним“Пакти і Конституцію прав і вольностей Запорізького Війська”, які визнавали природне право народу чинити опір гнобленню та проголошували незалежність України від Польщі і Росії й ідею козацької соборності і козацької держави; однак, положення цього документа не були реалізовані.

Петро І порушив звичай супроводження обрання нового гетьмана складанням статей, які визначали взаємовідносини України і Росії, гетьмана і царя. Так, він прийняв Решетилівські статті І.Скоропадського 1709 р., які передбачали відновлення важливих прав Гетьманщини – невтручання російських воєвод в управління Україною, усунення російських офіцерів від командування козаками у походах тощо, але припинив їх дію, посилаючись на воєнну обстановку. Та наступні статті “Решительные (конформированные) пункты” Данила Апостола (1727-1734) 1727 р., укладені при обранні його гетьманом, були затверджені урядом Петра ІІ у вигляді відповідей на 28 пунктів і діяли до скасування Гетьманщини.

Решетилівські статті І.Скоропадського 1709 р. забороняли гетьману здійснювати дипломатичні зносини, але дозволяли залагоджувати прикордонні конфлікти з Польщею і Кримом з дозволу царського резидента. Гетьмана було позбавлено права призначати і звільняти генеральних старшин і полковників без участі Генеральної Ради, а поза тим, Петро І самочинно здійснював переміщення урядовців. Влада гетьмана не поширювалась на Запорізьку Січ і Слобідську Україну, які підлягали безпосередньо органам Російської держави, що встановлювалось для перешкоджання створенню цілісної території України.

У 1709 р. при гетьмані І.Скоропадському була заснована посада царського резидента, ним був призначений стольник Ізмайлов, що мав керуватись у своїй діяльності 2 інструкціями Петра І, одна з яких, таємна, наказувала йому стежити за тим, щоб гетьман і старшина не зносились з ворогами Росії і України, та уточнювати справжні доходи України. Згодом при гетьмані Апостолі перебував російський резидент Наумов для дорадництва у цивільних справах, а у військових справах гетьман підлягав фельдмаршалу - командувачу російського війська в Україні.

У гетьманський період опорою гетьмана залишалась полково-сотенна система, і попри розбіжності між гетьманом і козацькою старшиною, вони разом з усім Військом Запорізьким проводили єдину політику, спрямовану на збереження міцності військово-адміністративної організації і її демократичних елементів, тож царський уряд, здебільшого, адресував свої звернення спільно гетьману і усьому війську.

У 1720 р. Генеральний уряд було перетворено на Військову канцелярію, що складалась з 6 осіб, призначених царем, 3 з яких були представниками козацької старшини і 3 – з російських урядовців. Військова канцелярія припинила існування за часів гетьманування Д.Апостола (1727-1734), а по його смерті відновила своє функціонування і зберігалась при К.Розумовському та була ліквідована разом з гетьманством у 1764 р.

За указом Петра І 1718 р. Військову Раду було позбавлено права обирати полкових старшин (полковий уряд)– вона лише рекомендувала гетьману 2-3 кандидатури козаків на кожну посаду, з яких він призначав посадовця. Невдовзі виборність полковників та інших полкових урядовців було скасовано – спершу їх призначав гетьман після погодження кандидатури з російським урядовцям, а потім їх призначав цар та інші вищі органи Росії, причому здебільшого – з росіян, а Петро І мав намір замінити усіх полковників-українців на росіян, але не встиг. Полковник залишався на посаді пожиттєво, щоправда, уряд міг замінити його; тож часто ця посада ставала спадковою і виникли полковницькі династії. Призначений полковник володів повнотою влади і не зважав на полкову раду, внаслідок чого її значення значно послабилось. Владу полковника підтверджували клейноди, подібні до гетьманських, але булава була не кругла, а шестигранна – “пернач”. Згодом почали призначати, а не обирати, і сотників.

Із скасуванням системи приказів Петром І у першій чверті 18 ст. повноваження Малоросійського приказу було передано до Колегії іноземних справ, а у 1722 р. управління Малоросією було передано урядовому Сенату, що означало відмову Петра І визнати Україну самостійним державним суб`єктом; згодом Україна двічі поверталась під владу Колегії іноземних справ – у 1727-1734 рр. і 1750-1764 рр., та це вже не впливало на позицію Росії у її ставленні до України. Умови договору 1654 р. про невтручання Росії у внутрішнє управління України послідовно порушувались, поступово