Губернському апарату підпорядковувався повітовий апарат управління - у повіті влада належала земському суду (до 1837 р. він називався нижній земський суд) на чолі з капітаном-справником. Земський суд був паралельно адміністративно-поліційною установою і судовим органом, виконував функції нагляду за станом порядку, забезпечував виконання повинностей і сплату податків тощо. На відміну від центральних російських губерній, де земський суд обирався дворянськими зібраннями і до нього входили крім засідателів-дворян ще по 2 засідателі від державних селян, у губерніях України (крім Слобідсько-Української) склад земських судів призначався губернським правлінням, причому лише з дворян, а голови суду – земські справники – призначались Сенатом за поданням губернатора, погодженим з міністром внутрішніх справ.

Повіти поділялись на стани. Для управління державними селянами були створені волості, очолювані волосними правліннями, до яких входили волосний голова, старости і писар. Управління у містах здійснювали поліційні органи – управи благоустрою, які підлягали губернатору. У 1803 р. в Одесі, Херсоні і Феодосії (до 1783 р. – Кафа) були створені градоначальства (городництва), очолювані градоначальниками (городничими), які наглядали за судочинством у місті і отримували безпосередні розпорядження і вказівки від імператора і міністра внутрішніх справ, а також їх влада поширювалась на військові і морські органи. Поступово зменшувалась кількість міст, які користувались самоврядуванням за магдебурзьким правом, зокрема у 1835 р. було скасовано самоврядування у Києві; а там, де самоврядування ще зберігалось, воно перебувало під контролем губернатора.

Судова система в Україні на початку 19 ст. не була одноманітною. Суд перебував під владою чиновників-дворян. Давня судова система зазнала певних змін – було ліквідовано проміжну, другу судову інстанцію – верхній земський суд для дворян, губернський магістрат для міщан, верхню розправу для вільних селян. У місцях компактного проживання іноземних переселенців до 1864 р. діяли особливі національні суди, зокрема у Маріуполі діяв грецький суд. До судової системи в Україні входили і селянські суди, які розглядали дрібні цивільні і кримінальні справи за звичаєвим правом. У 1828-1829 рр. судочинство в Україні було переведено на російську мову. Управління судами здійснювало Міністерство юстиції, що зміцнювало зв`язки суду і адміністрації.

У Слобідсько-Українській, Катеринославській, Херсонській і Таврійській губерніях судова система була приведена у відповідність до судової системи корінних губерній Центральної Росії. Судами першої інстанції були станові суди: у повітах – земські суди для дворян і селян, у містах – магістрати і ратуші для купців і міщан; другою інстанцією – губернські суди, які складались з палати кримінального і палати цивільного суду. Крім того, у губерніях діяли совісні суди – для розгляду справ про злочини божевільних і неповнолітніх, та надвірні суди – розглядали кримінальні і цивільні справи осіб, щодо яких було складно визначити станову приналежність (різночинці), та чиновників і військовослужбовців, які тимчасово перебували у цій місцевості у справах служби; а в Одесі (як і в Росії) у 1808 р. було створено комерційний суд.

У правобережних (Київській, Волинській і Подільській) губерніях судову систему очолював як апеляційна інстанція Головний суд, яикй складався з 2 департаментів – цивільних і кримінальних справ. Його компетенція була аналогічною компетенції палат кримінального і цивільного суду інших губерній, а крім того, внаслідок відсутності на Правобережжі совісних судів, їм були підсудні справи про злочини малолітніх і божевільних, які після їх розгляду у Головному суді в обов`язковому порядку передавались у 5-ий департамент Сенату; а також справи, які перебували у віданні надвірних судів Волинської і Подільської губерній до їх ліквідації у 1802 р. На вироки і рішення Головного суду апеляція і скарги подавались до Сенату. Судами першої інстанції були: повітові суди – станові суди для дворян і селян, магістрати і ратуші – станові суди у містах, та підкоморські суди – станові суди у межових спорах. Виконання судових вироків відповідно до Литовського статуту 1588 р.проводили у повітах повітові, а в містах – міські суди, а у 1812 р. був уведений єдиний у всій Російській імперії порядок виконання судових вироків – воно передавалось у містах міській поліції, а у повітах нижнім земським судам.

Судова система Лівобережної України була подібна до правобережної – вищою судовою інстанцією був Генеральний суд, причому старшому з генеральних суддів доручалось за відсутності губернатора і віце-губернатора тимчасове управління губернією. Генеральний суд складався з 2 департаментів (цивільних і кримінальних справ), до кожного з яких входили генеральний суддя і 2 радники, призначені урядом, і 5 засідателів, обирані дворянством кожних 3 р. Першу інстанцію становили повітові і підкоморські суди, аналогічні правобережнім. До 1861 р. зберігались суди, що діяли на підставі Литовського Статуту 1588 р., - маршалківсько-комісарські суди, які розглядали скарги на рішення підкоморського суду, а з 1801 р. на їхні рішення апелювалось до Генерального Суду або Сенату, якщо комісари були призначені без погодження із сторонами.

Діяльність усіх судів у губерніях була підконтрольна губернаторам – так, кримінальні справи в обов`язковому порядку подавались губернаторам для ознайомлення, а в разі розбіжності між думкою губернатора і вироком суду справа передавалась до Сенату, який, здебільшого, підтримував думку губернатора, позбавляючи сили вирок кримінальної палати, Головного чи Генерального суду.

Деякі особливості у губерніях України упродовж 30-х рр. 19 ст. були ліквідовані –