Клешнин доповідає Годунову, що Шуйские і їх прихильники посаджені у в'язницю, і вводить Василя Івановича Шуйського. Той повертає справу так, ніби затіяв чолобитну для блага Годунова. Розуміючи, що Шуйський в його руках, Годунов його відпускає. Цариця Ірина приходить заступитися за Івана Петровича. Годунов, усвідомлюючи, що Шуйський не припинить йому перечити, непохитний. На площі перед собором жебраки говорять про зміну митрополита, неугодного Годунову, про страту купців, що стояли за Шуйського. Цариця Ірина призводить Мстиславській просити за Шуйського.З собору виходить Федір, відслуживши панахиду за царя Івана. Княжна кидається йому в ноги. Федір шле князя Туреніна за Шуйський. Але Туренін повідомляє, що Шуйський вночі повісився, вінітся, що недогледів (тому що відбивав натовп, приведену до в'язниці Шаховським, і відбив, лише застреливши Шаховського). Федір кидається на Туреніна, звинувачуючи його у вбивстві Шуйського, і загрожує йому стратою. Гонець приносить грамоту з Углича про загибель царевича. Вражений цар хоче сам дізнатися правди. Приходить повідомлення про наближення хана і швидкої облозі Москви. Годунов пропонує послати Клешніна і Василя Шуйського, і Федір запевняємося в невинності Годунова. Княжна Мстиславська говорить про намір постригтися. Федір, за порадою дружини, збирається весь тягар правління передати Борису і, поминаючи свій намір «всіх согласить, все згладити», оплакує свою долю і свій царський борг.