На Червоній площі сищики слухають розмови в народі, що йде з панахиди по царевичу Димитрію (там же проголошувалася анафема Гришке).Провокуючи, тлумачачи мови в придатному їм ключі, сищики хапають ледь чи не всіх підряд. Василь Шуйський з Лобового місця веде двозначну мова про наступаючому ворога і говорить про розшук в Угличі так, що залишається неясно, хто ж був убитий немовля. Про цю пору привезена з монастиря мати царевича, нині черниця Марфа, чекаючи Бориса і бажаючи йому помститися, вирішує визнати самозванця сином; вона говорить, що мертвого сина не бачила, втративши почуттів, а на панахиді сльози застеляли їй очі. Тепер же, почувши про прикмети з'явився царевича, визнає, що він чудово врятувався і живий. Цариця Марія Григорівна, бажаючи викрити обман, вводить Волохову. Горе, що охопило Марту при вигляді погубітельніци сина, видає її, але визнати смерть Димитрія всенародно вона відмовляється. Незабаром Борису лікар повідомляє про погіршення здоров'я Християна і про своє безсилля. Семен Годунов приносить грамоту від «Димитрія Івановича», в якій Бориса найбільше пригнічує обіцяна милість у разі добровільної відмови від престолу, а отже, впевненість «злодія» у загальній підтримці. Борис вимагає привести постриженою Клешніна, щоб переконатися в загибелі царевича. Його кличуть до Християнові, і незабаром він повідомляє Ксенії та Федору про його смерть.

Двоє вартових, несучих нічний варта у престольної палаті, в страху ховаються при появі безсонного Бориса. Тому ввижається чийсь образ на престолі, і, виявивши вартових, він посилає їх перевірити, хто там сидить.Семен Годунов призводить Клешніна, який підтверджує смерть Димитрія, нагадує, що термін Борисова правління, передбачений волхвами, підходить до кінця, кличе його покаятися і піти в монастир. Вранці, отримавши від прибулого Басманова відомості про часткову перемогу над «злодієм», Борис каже Федору про необхідність вінчатися на престол і про присягу, до якою будуть приведені бояри. Федір відмовляється від престолу, бо не впевнений, що «злодій» не Димитрій. Борис багатозначно пропонує пред'явити Федору безперечні докази смерті царевича, і той, осягнувши батьківське злочин, в жаху відмовляється від доказів і заявляє, що прийме вінець. У їдальні палаті, чекаючи Басманова і царя, бояри клянуть обох і обмінюються вістями про «царевича». Входить Басманов, нарікаючи на недоречне своє відлучення з військ. З'являється Борис із дітьми. Борис нагороджує Басманова. Бояри, зазначивши смуток Ксенії, жаліють її і розмірковують, що з нею робити, «коли на царство той завітає». Борис вимагає клятви вірності Федору та затвердження цієї присяги в соборі, втрачає сили і падає.