У Кириллин день цареві краще. Годунов таємно викликає ворожок, і вони кажуть, що день ще не скінчився. Годунову ж передрікають царський престол, поминають три відокремлюють його від величі зірки і його головного таємничого противника («слабкий, але могутній - безвинна, але винен - сам і не сам», «убитий, але живий»). Приходить доктор Якобі, що відповідає Годунову, що царя необхідно вберегти від подразнень, і для того Бєльський скликав скоморохів. Годунов приймає Бітягов-ського і дізнається, що народ озлоблений проти Шуйського з Бєльським. Тим часом Іван розглядає скарби, пріісківая подарунки англійській королеві і нареченій, поблизу царя крутиться блазень, в сусідніх покоях скоморохи очікують знака. Цар назавтра призначає страту волхвам і посилає Бориса оголосити їм про це. Він тріумфує, але підозрілий і схильний до подразнення; сівбу грати в шахи з Бєльським, упускає короля. Повертається Годунов і, довівши царя до несамовитості багатозначним мовчанням, оголошує відповідь волхвів, що їхня наука достовірна і що Кириллин день ще не минула. У гніві Іоанн називає Годунова зрадником, обвинувачує його в замаху на життя свою, кличе катів і падає. Загальне сум'яття. Цар кличе духівника, бояри - докторів, помилково вбігають скоморохи. Іоанн вмирає. Народ на площі кричить, що царя винищили отрутою Шуйський з Бєльським, і розгублений Федір доручає пояснення Годунову. Годунов відправляє бояр на заслання, Мстиславського, якого поряд з голими Бітяговскій звинувачує в смути, в монастир, Нагих - в Углич разом з царицею і Димитрієм. Федір, ридаючи, обіймає Годунова. Народ на площі славить обох.