Карлоса, він написав лист принцу Оранському про свою уявної любові до королеви і про те, що інфант дон Карлос був виданий їм Філіпу лише про людське око. Поза впевнений, що його лист потрапить до рук монарха. Принц приголомшений, він готовий бігти до батька-королю просити прощення для себе і маркіза, але пізно: лунає постріл, маркіз Поза падає і вмирає.
У в'язницю, щоб звільнити сина, приходить Філіп з грандами. Але замість вдячного і покірного дона Карлоса він знаходить там вбитого горем людини, який звинувачує короля у смерті одного. Навколо в'язниці наростає шум, це в Мадриді починається заколот народу, який вимагає звільнення принца.
У цей час до рук до шпигунів герцога Альби потрапляє чернець-картезіанец. При ньому були листи маркіза Пози у Фландрію, в яких мова йде про втечу наслідного принца в Нідерланди, де він очолить повстання за незалежність цієї країни. Листи герцог Альба негайно передає іспанському королю.
Король Філіп закликає до себе Великого інквізитора. Його мучить думка, що дітовбивство є тяжким гріхом, у той час як він вирішив позбутися від свого сина. Щоб утихомирити свою совість, старий монарх хоче заручитися у своєму злочині підтримкою церкви. Великий інквізитор каже, що церква здатна пробачити синовбивства і наводить аргумент: «В ім'я справедливості одвічної син божий був розп'ятий *. Він готовий прийняти на себе відповідальність за смерть інфанта, тільки б на троні не виявився поборник свободи.
Настає ніч, дон Карлос приходить на побачення з Єлизаветою. Він відправляється до Фландрії, повний рішучості в ім'я дружби зробити те, про що вони мріяли з маркізом. Королева благословляє його. З'являється король з Великим інквізитором. Королева падає в непритомність і вмирає, Філіп без тіні сумніву передає свого сина в руки Великого інквізитора.