Місяць відстрочки пройшов, і на Мальту за даниною прибуває турецький посол. Фарнезе відмовляється платити, і посол загрожує, що турецькі гармати перетворять Мальту в пустелю. Фарнезе закликає мальтійців зарядити гармати і готуватися до битви. Ченці Джакомо і Бернардин розповідають про те, що черниць спіткала невідома хвороба і вони при смерті. Перед смертю Авігаїл на сповіді розповідає Бернардину про підступи Варавви, але просить його зберегти таємницю. Як тільки вона випускає дух, чернець поспішає звинуватити Варавву до злого. Варавва прикидається, що розкаявся, говорить, що хоче хреститися, і обіцяє віддати всі свої багатства монастирю.Бернардин і Джакомо сперечаються, чий чернечий орден краще, і кожен хоче перетягнути Варавву на свій бік. У результаті ченці сваряться, ображають один одного і б'ються, Зрештою Бернардин йде з Ітамором, а Варавва залишається з Джакомо. Вночі Варавва з Ітамором душать Бернардина, потім притуляють його труп до стіни. Коли приходить Джакомо, він, думаючи, що Бернардин стоїть біля стіни, щоб не впустити його в будинок, вдаряє його палицею. Труп падає, і Джакомо бачить, що Бернардин мертвий. Ітамор і Варавва звинувачують Джакомо у вбивстві Бернардина. Вони кажуть, що не варто їм хреститися, раз християнські ченці вбивають один одного.

Куртизанка Белламіра хоче заволодіти багатствами Варавви. Для цього вона вирішує спокусити Ітамора і пише йому любовний лист. Ітамор закохується в Белламіру і готовий заради неї на все. Він пише Варавва лист, вимагаючи у нього триста крон і погрожуючи, що інакше він зізнається у всіх злочинах.Слуга Белламіри відправляється за грошима, але приносить тільки десять крон. Ітамор в люті пише Варавва нове послання, де вимагає вже п'ятсот крон. Варавва обурений нешанобливість Ітамора і вирішує помститися за зраду. Варавва дає гроші, а сам переодягається, щоб його не впізнали, і йде слідом за слугою Белламіри. Ітамор пиячить з Белламірой і її слугою. Він розповідає їм, як вони з Вараввою підробили поєдинок Матіаса з Лодовіко. До них підходить переодягнений французом-лютнистом Варавва у крислатому капелюсі. Белламіре подобається, як пахнуть квіти на капелюсі Варавви, і він знімає букет із капелюхи і підносить їй. Але квіти отруєні - тепер і Белламіру, і її слугу, і Ітамора чекає смерть.

Фарнезе і лицарі готуються обороняти місто від турків. До них приходить Белламіра і розповідає, що в смерті Матіаса і Лодовіко винен Варавва і він же отруїв свою дочку і черниць. Варта призводить Варавву і Ітамора. Ітамор дає свідчення проти Варавви. Їх ведуть у в'язницю. Потім начальник варти повертається і оголошує про смерть куртизанки та її слуги, а також Варави та Ітамора. Варта несе Варавву як мертвого і кидає за міською стіною. Коли всі йдуть, він прокидається: він не помер, він просто випив чарівний напій - настій з маку з мандрагорових яблучок - і заснув. Кадімат з військом під стінами Мальти. Варавва показує туркам вхід до міста і готовий служити турецькому султанові. Калімат обіцяє призначити його губернатором Мальти.Калімат бере Фарнезе і лицарів у полон і віддає їх у розпорядження нового губернатора - Варавви, який відправляє їх усіх у в'язницю. Він викликає до себе Фарнезе і питає, яка нагорода його чекає, якщо він, захопивши турків зненацька, поверне Мальті свободу і буде милостивий до християн. Фарнезе обіцяє Варавва щедру винагороду і пост губернатора. Варавва звільняє Фарнезе, і той іде збирати гроші, щоб увечері принести їх Варавва. Варавва збирається запросити Калімата на бенкет і там вбити його. Фарнезе домовляється з лицарями та Мартіном дель Боско, що, почувши постріл, вони кинуться до нього на допомогу - тільки так всі вони зможуть врятуватися від рабства. Коли Фарнезе приносить йому зібрані сто тисяч, Варавва розповідає, що в монастирі, куди прийдуть турецькі війська, заховані гармати і бочки з порохом, які вибухнуть, обрушивши на голови турків град каміння. Що ж стосується Калімата з почтом, то, коли вони зійдуть на галерею, Фарнезе перерубати канат і підлогу галереї обрушиться, а всі, хто буде там у цей час, проваляться в підвали. Коли Калімат приходить на бенкет, Варавва запрошує його нагору, на галерею, але, перш ніж Калімат туди підніметься, лунає постріл, і Фарнезе перерубують канат - Варавва падає в казан, що стоїть в підполі. Фарнезе показує Калімату, яка йому була підлаштована пастка. Перед смертю Варавва зізнається, що хотів убити всіх, і християн, і для поган.Варавву нікому не шкода, і він гине в киплячому казані. Фарнезе бере Калімата в полон. Через Варавви монастир підірваний і всі турецькі солдати перебиті. Фарнезе збирається тримати Калімата у себе до тих пір, поки його батько не відшкодує всіх руйнувань, завданих Мальті. Відтепер Мальта вільна і нікому не підкориться.