Спочатку вони не збираються винищувати піратів, бажаючи надати їм можливість вести мирне життя. Але виявляється, що розбійники на це не здатні. Вони починають грабувати й палити господарство поселенців. Айртон відправляється в Кораль провідати тварин. Пірати хапають його і відносять до печери, де тортурами хочуть домогтися від нього згоди перейти на їхній бік. Айртон не здається. Його друзі йдуть йому на допомогу, однак у загоні для худоби Герберта серйозно ранять, і друзі залишаються в ньому, не маючи можливості рушити в зворотний шлях з знаходиться при смерті юнаків. Через кілька днів вони все ж відправляються в Гранітний палац.У результаті переходу у Герберта починається злоякісна лихоманка, він знаходиться при смерті.В черговий раз на їхнє життя втручається провидіння і рука їх доброго таємничого друга підкидає їм необхідні ліки. Герберт повністю одужує. Поселенці мають намір завдати остаточного удару по піратах. Вони йдуть в Кораль, де припускають їх знайти, але знаходять там змученого і ледве живого Айртона, а неподалік - трупи розбійників. Айртон повідомляє, що не знає, як опинився в загоні для худоби, хто переніс його з печери і вбив піратів. Однак він повідомляє одна сумна звістка. Тиждень тому бандити вийшли в море, але, не вміючи керувати ботом, розбили його про прибережні рифи. Поїздку на Табор доводиться відкласти до будівлі нового засобу пересування.Протягом наступних семи місяців таємничий незнайомець ніяк не дає про себе знати. Тим часом на острові прокидається вулкан, який колоністи вважали вже мертвим. Вони будують новий великий корабель, який у разі потреби міг би доставити їх до вселенної.

Одного разу увечері, вже готуючись лягати спати, мешканці Гранітного палацу чують дзвінок. Спрацьовує телеграф, який вони провели від загону для худоби до свого будинку. Їх терміново викликають в Кораль. Там вони знаходять записку з проханням йти вздовж додаткового дроти.Кабель приводить їх у величезний грот, де вони, на свій подив, бачать підводний човен. У ній вони знайомляться з її господарем і своїм покровителем, капітаном Немо, індійським принцом Даккар, все життя боровся за незалежність своєї батьківщини. Він, уже шістдесятирічний старий, який поховав усіх своїх соратників, знаходиться при смерті. Немо дарує новим друзям скриньку з коштовностями і попереджає, що під час виверження вулкана острів (така його структура) вибухне. Він вмирає, поселенці задраюються люки човни і спускають її під воду, а самі цілими днями невтомно будують новий корабель. Однак не встигають його закінчити. Все живе гине під час вибуху острова, від якого залишається лише невеликий риф в океані. Поселенців, ночували в наметі на березі, повітряною хвилею відкидає в море. Всі вони, за сіключеніем Юпа, залишаються в живих. Більше десяти днів вони сидять на рифі, майже вмираючи від голоду і вже ні на що не сподіваючись. Раптом вони бачать корабель. Це «Дункан». Він рятує всіх. Як потім виявляється, капітан Немо, коли ще бот був в цілості, сплавав на ньому на Табор і залишив рятувальникам записку.

Повернувшись до Америки, на коштовності, подаровані капітаном Немо, друзі купують велику ділянку землі і живуть на ньому так само, як жили на острові Лінкольна.