Розглядаючи людину в плані співвідношення у ній фізичного і психічного, мислитель висловлює низку глибоких і оригінальних думок. Він виходить з того, що в людині фізичне передує психічному і є умовою для його нормальної діяльності: "Куда положить новое сердце, не создав прежде телесного меха ?"11 Г. Сковорода, т. 2, ст. 438. Сковорода правильно вбачав причини психічних (за його термінологією – сердечних) захворювань в порушенні анатомо –фізіологічної діяльності його органів, хоча давав цьому наївне пояснення. Під психікою філософ розумів усі форми психічної діяльності людини, включаючи і мислення. До того ж, Сковорода для назви одного виду психічної діяльності користувався різними термінами і різні форми психічної діяльності людини часто називав одним терміном. Установлюючи залежність у людини фізичного від психічного, філософ, проте, виступав проти їх ототожнення. Він вважав, що це може спричинити до усунення божественної натури із природи людини, а тоді не можна буде з'ясувати, що в ній є головним, істотним, а що другорядним, неістотним. Ототожнення, на думку філософа, приведе до заперечення свідомості, яка відрізняє людину від тварини і завдяки якій людина може оволодіти своєю фізичною природою, керувати своїми пристрастями. Український філософ не був прибічником теорії природжених ідей. Він не визнавав душі окремої від тіла субстанції. Філософ називав душею психічні переживання людини. Нескеровану розумом душу називав "нерозумною душею". Сковорода називає душею світ почуттів людини. Але так же він називає і розум, думки: "что эсть душа, если не бездонная мыслей бездна ?"22 Г. Сковорода, т. 1, ст. 238 Образно Сковорода називає думки людини "крилами душі", а процес мислення – безперервним рухом душі, в якому думки пов'язані з почуттями. Увесь лад думок і почуттів людини він називає її серцем. Кожна людина має своє серце, свій духовний світ, в якому виражається її сутність і який може не збігатися з її зовнішнім, фізичним виглядом.

Викладаючи свою теорію 3 світів Сковорода нагадує насамперед теорію ідей Платона. Як і Платон він вважає, що матерії та формі відповідають дух і плоть, життя і смерть. Так, сонце з одного боку, означає матерію, а з іншого – воно є форма і дух. Сковорода сприймає діалектику Платона, його тлумачення матерії і форми. Як і світ, людина складається з двох натур: із зовнішнього, емпіричного і єдиного фізичного тіла та з внутрішнього світу, що є прошарком поверхні тіла, пізнанням зовнішності. Душу Сковорода має за принцип біологічного життя, тим зовнішнім аспектом, за яким ховається істинне "я". Інша сфера внутрішнього світу людини – це глибокий прошарок реальної істоти, яку Сковорода називає світом людини. Праця людської істоти полягає в перетворенні самої себе на справжню людину.

Будучи людиною науки і живучи інтересами свого часу, свого народу, Сковорода прагнув створити таку філософію, яка допомогла б розв'язанню суспільно-практичних завдань. Його хвилювали проблеми звільнення земного життя, утвердження людини в її праві на щастя, свободу і незалежність.

Філософське вчення Сковороди базується на визнання двох натур і трьох світів. Одну натуру, вважав філософ, ми бачимо, інша, як ми вже відмічали вище, – невидима. Під першою розумів предмети і явища матеріального світу, під невидимою – Бога, розум, істину. У діалозі "Потоп змін" він обґрунтовує своє вчення про три світи. Перший – це "макрокосм", загальний, великий, в якому все народжене живе. Другий світ – "Мікрокосм", людина. І третій – це світ символів, під яким Сковорода розумів Біблію, тобто символічне трактування її текстів. Можна припустити, що Сковорода був знайомий з теорією світобудови Дж. Бруно, що помітно у близькості поглядів щодо питання про вічність матерії і безконечність світу. Обидва вони виходили з матеріалістичних позицій при з'ясуванні природи великого світу, в однаковій мірі обоє визнавали наявність провидіння, з допомогою якого все існуюче живе, змінюється, виникає і зникає. Сковорода усвідомлював рух матеріальних предметів у природі, їх суперечливість, породження одних предметів іншими в процесі розвитку. У цьому виражаються елементи стихійної діалектики у поглядах українського філософа ("Икона Алківіадская"). Думка про єдність протилежності й була не новою. Вона визначена ще в гераклітівському "все тече, все змінюється", а в епоху Відродження утверджувалася в творах М. Кузанського та Д. Бруно. Вслід за Ломоносовим, Сковорода вперше в історії філософської думки в Україні проголосив матерію вічною і безконечною. Обґрунтовуючи матеріальність великого світу, він все-таки вважав рушійною силою "невидиму натуру" (Бога), а матерію розглядав лише як "тінь божу", як пасивну масу, що не має власного джерела руху. У теорії "трьох світів" основну увагу філософ зосереджує не на поясненні "макрокосму", видимої частини, а на вченні про "мікрокосм", про людину, її сутність та шляхи досягнення нею щастя. Ось чому проблема людської особистості стає головною проблемою філософських поглядів мислителя. В цьому Сковорода продовжує і розвиває своїх попередників, зокрема професорів Києво-Могилянської академії, і, передусім, Ф. Прокоповича, Г. Кониського, Як відомо Г. Сковорода був учнем Г. Кониського, який обстоював ідеал людини, що активно і творчо мислить. Саме людина є активним началом у процесі пізнання світу. Кониський не відокремлює людину і світ, а розглядає їх як одне ціле