GSDB

База даних геномних сіквенсів, (Genome Sequencee Data base GSDB) створена національним центром геном них ресурсів у Санта Фе, New Mexico. Тут створюються, зберігаються і розповсюджуються повні набори сіквенсів ДНК і пов’язана інформація. Діє як он-лайн база даних у системі клієнт-сервер, надає можливості великомасштабним продуцентам подати дані сіквенсів.

Формат статей GSDB відповідає такому детально описаному у GenBank. Принципова різниця між двома форматами є включення ключового слова GSDbiD, що забезпечує механізм доступу до баз даних. Вона доступна через Інтернет, причому бажання знайомства є умовою доступу до баз даних SQL (Strucnred Query Language).

2. Спеціалізовані генетичні ресурси

Названі ресурси ще називають бутік-базами даних (boutique) – як відділення великих баз даних. Вони часто зв’язані з первинними базами даних ДНК, звідки вони отримують інформацію і можуть назад подавати оброблені дані. Метою створення спеціалізованих ресурсів є сфокусуватись на: видоспецифічних геномах чи/і певних техніках сіквенування. Інколи рівню надійності часткових даних не приділюється серйозної уваги. Головне – сконцентруватись на певній біологічній системі (S. cerevisiae, Homo sapiens) для розуміння організації всього геному.

SGD

Ця база даних є он-лайн ресурсом, який збирає, накопичує, зберігає і розповсюджує інформацію з молекулярної біології і генетики S. cerevisiae – пекарських дріжджів. Це Saccharomyces Genome Database (SGD). Вона забезпечує доступ через Інтернет до повного геному S. сerevisiae-генів і їх продуктів, фенотипів мутантів і літератури, яка підтримує ці дані. Нагадаємо, що S. cerevisiae були першими еукаріотами, для яких було встановлено повну нуклеотидну послідовність геному. Це сталось у 1996 році. База даних SGD забезпечена вбудованими функціями для пошуку подібностей сіквенсу, використання локалізованих на Web генів і ресурсів аналізу послідовностей, регістр назв генів дріжджів, показує карти геном них даних, перевіряє 3D структурні дані, характеристики праймерних послідовностей, які були вдало застосовані для клонування генів дріжджів, тощо. База даних обладнана швидко створюваними графічними дисплеями, які ілюструють фізичні, генетичні карти і карти властивостей послідовностей.

Uni Gene

Пару років тому оголошено про повне сіквенування геному людини – Human Genome Project. Він містить біля 3 мільйонів пар основ. З них тільки 3% кодують білки, а біологічне значення решти – на сьогодні невідоме. База даних Uni Gene забезпечує інформацію про карту транскриптів, використовуючи, орієнтовані на гени, кластери, отримані з сіквенсів Gen Bank. Колекція представляє гени з багатьох організмів. Кожен кластер пов’язаний з унікальним геном і включає споріднену інформацію. Наприклад, так тканини, в якій експресується ген, карту локалізації тощо.

На додаток до добре охарактеризованих генів, включена й певна кількість нових ESTs. Це означає, що багато з сівенсів є частковими і відповідні гени не охарактеризовані. Тому дана колекція важлива для відкриття генів. Експериментатори використовують для вибору реагентів для проектів картування генів і широкомасштабного аналізу експресії генів. Ресурс доступний через домашню сторінку NCBJ.

TDB

База даних TIGR (TIGR database – TDB) забезпечує інформацію про підходящі бази даних сіквенсів ДНК і білків, експресію генів, клітинну роль родини білків, таксономічні дані для мікробів, рослин і людей. Специфічні ресурси включають мікробні бази даних, пов’язані з світовою мережею і проектами сіквенування геномів TIGR (такими як А. Fulgidus, M. jannachii i M. genitalium), бази даних паразитів (Т. Brucei i P. falciparum), людей, мишей тощо, проектів індексування генів; базу даних A. tualiaae, набір даних людини. Деякі з даних доступні через FTP-сайт або через домашню сторінку TIGR.

AceDB

Ця база даних виникла в результаті здійснення проекту сіквенування геному. Ресурс включає рестрикційні карти, структурну інформацію про гени (ділянки інтронів, екзотів, промоторів тощо), карти космід, дані сіквенсів, бібліографічні посилання тощо. Спеціально розроблене програмне забезпечення ACEDB у формі графічного інтерфейсу дозволяє продивлятись геномні дані з різною розрізнюючою здатністю – від рівня хромосоми і до фізичного рівня – послідовності. Це показано на рис. 4.3. Використання AceDB для бази даних AceDB і для програмного забезпечення може ? користувача.