Великий вплив на гідрологічний режим Дністра і стан ґрунтових вод у прибережній зоні мають розробки шутру (гравію) та піску, і цей вплив часом буває дуже шкідливим. Безумовно, не викликає заперечень необхідність забезпечення потреб народного господарства в будівельних матеріалах, і така можливість існує за рахунок нагромадженого алювію, нанесеного водами річок з Карпат впродовж тисячоліть. В басейні Дністра дійсно є багатометрові відклади гравію, однак видобуток його треба вести цивілізованим способом з рекультивацією зруйнованих площ і без перетворення корита річки у транспортну магістраль для надпотужних вантажівок, як це, наприклад, зроблено нижче Старого Самбора на Львівщині. В останні роки зменшилися розробки піску і шутру в самому кориті, і це факт позитивний, але чи не відновляться вони під час очікуваного економічного підйомуПроведення таких розробок має робитися тільки за спеціальним дозволом.   

Одним із яскравих прикладів негативних наслідків некомпетентної гідротехнічної діяльності людини є зміна русла р.Свірж біля с.Тенетники Галицького району Івано-Франківської обл. Тут на вигині Дністра води Свіржа були частково відведені каналом вище старого гирла, в результаті чого почалося розмивання високого лівого берега Дністра і формування піщано-гравійної коси на правому березі, бо раніше води Свіржа підпирали течію Дністра і спрямовували її до протилежного берега, тобто існувала певна стабільна гідрологічна ситуація. Коли підпір зменшився, гідрологія Дністра стала мінятися до нового стабільного стану, в результаті чого було втрачено кілька гектарів чорнозему взамін на піщано-гравійну косу, порослу верболозом, де родючий ґрунт сформується хіба після кількох століть. І все ж таки розмив берегів Дністра не є типовим явищем і крім цього прикрого прикладу його можна спостерігати ще в районі с.Горигляди Монастириського району Тернопільської обл. та в деяких інших місцях.   

Із загальним екологічним станом Дністра тісно пов’язаний стан флори і фауни його вод і берегів, який можна оцінити як такий, що в ньому ще не сталося безповоротних змін. Досліджень водної фауни хребетних в експедиції “Дністер” не проводилося ніколи, і залежність її видового та кількісного складу від якості води оцінити важко. Але безперечно, що побудова Дністровського водосховища привела до його певних змін. Для оцінки цих змін дані опитувань населення не можуть бути надійним джерелом, однак окремі з них заслуговують на увагу. Наприклад, місцеві рибалки в районі с.Стара Ушиця на водосховищі одностайно стверджують, що в останні роки значно збільшилася кількість сомів. Це можна зрозуміти, якщо взяти до уваги, що соми найбільше пристосовані до життя в замулених водоймах, а водосховище поступово замулюється. Учасники експедиції зауважили також, що виловлена в Дністрі риба має неприємний присмак нафти, особливо в зябрах. Цей факт підтверджує високу забрудненість Дністра нафтопродуктами, а також наводить на думку, що в процесі природного добору виживають і дають потомство найбільш пристосовані до забруднених вод особини і види – такі, як, наприклад, підуст, кількість котрого в Дністрі за свідченнями рибалок зростає.