Чума, що лютувала в Європі в XIV столітті, не обійшла стороною і Лондон. «Чорна смерть» прийшла до Англії в 1348 році. Точна кількість померлих в Лондоні невідомо, але вважається, що жертвами чуми стали від 30 до 50 тисяч чоловік.

Епідемія стала непрямою причиною селянського повстання під проводом Вота Тайлера (1381), під час якого Лондон піддався розграбуванню і спустошенню. Селяни штурмом узяли Тауер, убили лорда-канцлера (важлива державна посада в середньовічній Англії), архієпископа судберійського Симона і хранителя королівської скарбниці. Повстання було у результаті пригдушене королівськими військами, а сам Тайлер — засуджений до страти.

В середні віки Лондон розділився на дві основні частини — адміністративний і політичний Вестмінстер і торговий Сіті. Це розділення зберігається і понині. Для Середніх століть Лондон міг вважатися великим містом — до 1300 року в ньому мешкало приблизно 80 000 чоловік. Склалося і міське самоврядування — головою Лондона став лорд-мер.

З приходом до влади династії Тюдорів в Англії почалася епоха абсолютної монархії. Централізація влади в руках короля привела до того, що столиця стала розвиватися і багатішати ще швидше, чим раніше. Сприятливо відбилися на місті часи правління Генріха VIII і Едуарда VI — були засновані знамениті лондонські парки Гайд-парк і Кенсінгтон-гарден і відкрито кілька великих лікарень.

Реформація, що відбулася в Англії при Генріху VIII, не закінчилася, на відміну від інших країн, кровопролиттям: тут церковні перетворення контролювалися королем і були ініційовані «зверху», а не «знизу», як в більшості інших країн. Після Реформації близько половини площі Лондона була зайнята релігійними спорудами і приблизно третину населення складали ченці. Ситуація змінилася в 1538-41 роках, після того, як Генріх VIII видав закон про верховенство короля над церквою. Після цього значна частина церковного майна була конфіскована і передана до рук короля і його найближчим васалам.

Лондон розвинувся до одного з найбільших торгових центрів Європи. У місті процвітали малі підприємства, а великі англійські власники вели свою торгівлю по всьому світу — від Росії ка Америки. Створювалися гігантські компанії, такі як Ост-Індська в 1600 році. Після того, як в 1572 іспанці захопили і розграбували велике голландське місто Антверпен, Лондон став найбільшим центром торгівлі на Північному морі. Стрімко збільшувалося населення столиці — з 50 000 чоловік в 1530 році до 225 000 в 1605. Також у XVI столітті з'явилися перші карти Лондона. З'явилися перші публічні театри, найпопулярнішим з яких став «Глобус», в якому йшли п'єси Вільяма Шекспіра.

У XVI столітті у Вест-Енді почали селитися аристократи і придворні. Незабаром район став одним з найпрестижніших місць міста. Досі будинок у Вест-Енді є пропуском у вищий світ Лондона.

Під час Англійської громадянської війни Лондон зайняв сторону Парламенту. Були створені війська ополчення і зведені оборонні укріплення, щоб захистити місто від роялістів, які дедалі ближче просувалися до столиці, — битва при Брентфорді відбулася всього в кількох милях від Лондона. Проте добре організована оборона не дозволила королівським військам узяти місто, що і зіграло вирішальну роль у війні — багатства, що зберігалися в Лондоні, допомогли Парламенту отримати перемогу.

У Лондоні, як і у всіх європейських містах того часу, були відсутні каналізація і система охорони здоров'я, до того ж, місто було сильно перенаселене, і тому там регулярно спалахували епідемії з багатьма сотнями, а деколи і тисячами жертв. Але найстрашніша трапилася в середині XVII століття, в 1665—1666 роках. У Англії її називають Великою Чумою (The Great Plague). У Лондоні жертвами епідемії стали приблизно 60000 чоловік (п'ята частина міста). Семюел Піпс, хронікер міста, записав 4 вересня 1665 наступне: «За тиждень померло більше 7400 чоловік, з них 6000 — від чуми. День ніч майже без перерви з вулиці доноситься похоронний дзвін церковних дзвонів».

Відразу після закінчення епідемії сталася ще одна катастрофа — Велика лондонська пожежа 1666. Якщо Велика Чума покосила населення Лондона, то пожежа нанесла серйозний матеріальний збиток, знищивши 13200 будинків (біля 60% міста) і 87 церков (зокрема старий Собор святого Павла). Як не дивно, але у вогні загинуло всього вісім чоловік, зате багато хто залишився без оселі і позбувся всіх засобів для існування.

Після відновлення Лондон остаточно перетворився на фінансову столицю мвіту. У 1694 році відкрився Банк Англії, що дозволив країні ще збільшити свій вплив на світову економіку. У 1700 році 80% імпорту і 69% експорту Англії доводилося на Лондон, а населення міста перевищувало 500 000 чоловік.

У XVIII столітті, в епоху Просвітництва набули широкого поширення преса і література. Відтоді центром видавничого життя Лондона стала вулиця Фліт-стріт. У тому ж столітті було відмічено зростання злочинності в столиці, через що були посилені покарання: навіть за незначний злочин тепер загрожувала страта.

У 1707 році Лондон набув статусу столиці Великобританії, нової держави, створеної за допомогою об'єднання Англії і Шотландії. У тому ж XVIII столітті були побудовані новий Собор святого Павла і Букінгемський палац — символи сучасного Лондона, — а також Вестмінстерський міст, який став всього лише другим мостом в Лондоні через Темзу. До кінця XVIII століття населення Лондона досягло мільйона чоловік.

Лондон XIX сторіччя — місто контрастів.