є автором монографії та низки статей, присвячених історії Гетьманщини другої половини 1650-х рр. Монографія Т. Яковлевої "Гетьманщина у 2-й половині 50-х років XVII ст." [14] присвячена складному періоду історії України - розвитку Гетьманщини після Переяславської ради 1654 р. - останніх років життя та гетьманства Б. Хмельницького та гетьманства І. Виговського. Головною метою книги, що базується на дисертаційній роботі авторки, є дослідження Руїни - її початку та подій, що безпосередньо їй передували.
Т. Яковлева приділяє увагу такій проблематиці, як оцінка результатів і рішень Переяславської ради 1654 р. та Березневих статей, підсумки Хмельниччини, сутність Гадяцького договору з Польщею, соціально-політичне становище козацької держави і структура українського суспільства в 50-х рр. XVII ст. Дослідниця уважно аналізує особливості української зовнішньої політики другої половини 50-х рр. XVII ст. Слід відзначити, що офіційні угоди, укладені козацтвом, - Зборівська 1649 р., Переяславська угода 1654 р., Гадяцька угода 1658 р. та друга Переяславська угода 1659 р. - слугують для Т. Яковлевої контекстом, у якому розглядається еволюція української державницької ідеї [15].
Значну увагу Т. Яковлева приділяє дослідженню окремих постатей козацької старшини, їхніх політичних симпатій і прагнень. Окремий розділ монографії присвячений дослідженню козацької старшини після 1654 року - угрупованням в її складі та окремим постатям (П. Тетері, І. Виговському, І. Богуну та ін.) [14.-С.108-147]. Деяким представникам козацької старшини періоду Хмельниччини та пізнішого часу присвячено низку статей дослідниці. Особливо пильну увагу Т. Яковлевої привертає особа полковника Івана Богуна (Федоровича) [16]. Слід зазначити, що у своїх роботах російська дослідниця прагне відійти від традиційних для російської історіографії стереотипів (передусім негативних) ставлення до оточення Б. Хмельницького і до його наступників, і того ж часу намагається уникнути їх надмірної ідеалізації, що є властивим для української історіографічної традиції [17; 18].
Ряд праць Б. Флорі присвячена історії запорозького козацтва кінця XVI - першої половині XVII ст., тобто напередодні й на початку Визвольної війни. У центрі його уваги - стереотипи масової свідомості низів українського суспільства, сприйняття ними Визвольній війні. Учений використовує документи Розрядного приказу, серед яких міститься велика кількість записів чуток про події в Україні. Ці документи являють собою повідомлення воєвод прикордонних з Річчю Посполитою міст про події, що відбувалися в цій державі. Ця інформація йшла із розповідей купців, лазутчиків і перебіжчиків з України до Московської держави. Дослідження цих матеріалів дало змогу реконструювати погляди й уявлення низів українського суспільства - селян, міщан, козаків - у період, що безпосередньо передував Визвольній війні та на її початку, а отже і глибше зрозуміти причини й сутність повстання [19.-С.151-152; 20.-С.36].
Б. Флоря вважає, що у свідомості козацтва тісно переплелися два конфлікти - соціальний і релігійний. З одного боку, козаки протестували проти спроб позбавлення їх особливого статусу і перетворення у "підданих". З другого - гостре незадоволення викликали спроби примусити їх підкоритися владі уніатської церкви. У зв'язку з цим спроби зменшити реєстр пов'язувалися передусім із прагненням "ляхів" послабити козацтво як головного захисника православ'я на українських землях [20.-С.37].
На думку вченого, уже на початку 20-х років XVII ст. козаки доходять висновку про необхідність збройної боротьби проти Польщі "за віру і про козацтво". Флоря вважає, що повстання під проводом Б. Хмельницького не було давно планованою акцією, проте вже з цього часу почався пошук союзників. З цим пов'язані зміни у відносинах між козацтвом і Кримом. У 20-40-х рр. XVII ст. відносини між козаками і татарами набули складного і неоднозначного характеру: з одного боку, між ними тривали конфлікти і зіткнення, з другого - ця ворожість змінювалася моментами співробітництва. Це дає змогу краще зрозуміти ті історичні умови, у яких на початку 1648 р. було укладено військовий союз Війська Запорозького з Кримом. Укладання такого союзу було підготовлено розвитком відносин між запорожцями і татарами в 2-й чверті XVII ст. [21.-С.59].
Досліджуючи особливості російсько-українського союзу 1654 року, Б. Флоря звертається до формування серед російського населення XV-XVI ст. сприйняття своєї держави як історичного наступника Давньоруської держави. Б. Флоря зазначає, що де-юре відбулося приєднання Гетьманщини до Московської держави як автономного політичного утворення. Втім офіційне тлумачення російською стороною Переяславської ради, яке відбилося у низці офіційних документів, формулювало версію про возз'єднання. При цьому мова йшла в жодному разі не про возз'єднання двох етнічно близьких ("братських") народів, але про возз'єднання в єдине ціле тих земель, що раніше входили до складу єдиної Давньоруської держави [22.-С.36-37].
О. Галашин у статті "Россия и начало восстания Б. Xмельницкого" намагається розв'язати питання: чому укладання союзу Москви з повсталими відбулося далеко не на самому початку конфлікту. Одним із головних факторів автор називає традиційне негативне ставлення до запорозьких козаків, які, незважаючи на прихильність до православ'я, нерідко брали участь у війнах Польщі з Росією, та, що головне, мали заслужену репутацію "воровских людей". Крім того ставлення Росії до Б. Xмельницького значною мірою визначалося міжнародною обстановкою, що склалася на той час. В умовах зближення Москви і Варшави, викликаного спільною боротьбою проти Кримського ханства, підтримка повстанців не була вигідною для Росії [23.-С.53-55].
О. Галашин вказує, що в перші місяці повстання за відсутності безпосередніх контактів з Б. Xмельницьким
