Застосовується також метод іонного бомбардування у вакуумі пластинки металу іонами інертного газу. «Вибиті» атоми металу осідають на поверхні об'єкту дослідження. Для виявлення внутрішньотканинних і внутріклітинних структур застосовують механічні, термічні, хімічні і інші методи.

Для ЕМ мікробів застосовують схожі методи з урахуванням будови мікробів їх розмірів, осмотичного тиску і ін. Особливий підхід здійснюється при ЕМ вірусів. Вивчення структур вірусів утруднене через малі розміри і слабку розсіюючу здатність віріона. На перших етапах ЕМ вірусів ця трудність долалася оттенененієм частинок при випаровуванні важких металів у вакуумі. Аж до кінця 50-их років 20 століття методика відтіняє вірусних частинок була основною при вивченні вірусів в суспензіях. Частіше для цієї методики використовували уран 238, платину, паладій або сплави платини з паладієм. Найбільше поширення набув сплав платини з паладієм в співвідношенні 4:1. Знаючи заданий кут відтіняє, по довжині тіні, що утворюється, визначають висоту вірусної частинки і її діаметр. Відтіняюче металами досліджуваного об'єкту при поєднанні з криогенними методиками (заморожування-висушування) дозволяє одержати важливу інформацію при вивченні структури віріона ізометричних вірусів.

Широке поширення набула методика негативного контрастування вірусів за допомогою вольфрамофосфорной кислоти (Н3РW12О40), яка при подщелачиванії їдким калієм або їдким натрієм (від значення рН 2,0 до рН 7,0) змінюється і після нанесення препарату на вірус створює зону високого розсіювання електронів, внаслідок чого виявляються морфологічні ознаки вірусу.

Розвитку знань про структуру віріона сприяли криогенні методики. Один з простих варіантів таких методик полягає в наступному: сітки з підкладкою і вірусами, що знаходяться на них, після нанесення контрастуючого розчину поміщають в зріджений пропан (температура -150?) або азот, що переохолоджує (температура -200?). Подальше висушування зразка при температурі -100? у глибокому вакуумі сприяє збереженню тривимірної організації віріона. Виключення в цих умовах деформуючої ролі сил поверхневого натягнення води привело до перегляду точки зору, що форма віріона у ліпідосодержащих вірусів володіє високою лабільністю. Складніші криогенні методики, вживані в електронній мікроскопії (наприклад, кріоськаливаніє), також внесли помітний внесок у розвиток уявлень про структуру віріонів, особливо про тих, що мають ліпопротєїдную оболонку.

Структура генома вірусів вивчається за допомогою модифікованої в 1959 році Клейштейном і Лангом методики відтіняє лінійних макромолекул важкими металами, які випаровуються з В-образним катодів під кутом в 5-10?.

Умовою, що дозволяє вивчити нуклеїнові кислоти, і особливе однонічеськіє (поперечний розмір 1-1,1 нм), є скріплення їх з основними білками, оскільки що при цьому утворюється нуклеопротєїд має діаметр до 18 нм в двунітчатих структурах і до 15 нм – в однонитчастих. Як такий білок частіше використовують цитохром С. Помещенная на підкладку нуклеїнова кислота в білковому чохлі має найхимерніший контур, і можливість побачити її на всьому протязі осуществіма тільки в тому випадку, якщо під час відтіняючого металами буде зроблений хоча б один поворот сітки з об'єктом для напилення на 360?. Кращі результати досягаються при тривалому відтіняючому (до 10 хвилин) сплавом платини з паладієм і багатократному поверненні напиленої сітки на столику, що обертається.

Численні модифікації методики Клейшмідта і Ланга дозволяють одержувати дані не тільки про довжину генома, але вивчати і ступінь гомологиі генома різних вірусів, локалізувати вставку того або іншого гена до складу гібридних молекул, досліджувати гібридні молекули нуклеїнових кислот.

Загальна інформація про морфогенез вірусів одержана за допомогою ультратонких зрізів вірусів. Техніка отримання ультратонких зрізів вірусів не відрізняється від загальноприйнятої.

Останніми роками зростає питома вага ЕМ як експрес-методу або діагностики вірусних інфекцій. Особливо велика роль методу імунної мікроскопії, дозволяючого встановити родову приналежність вірусу.

Імунна ЕМ зіграла вирішальну роль на перших етапах дослідження інфекційного гепатиту (гепатиту А), а також вірусних гастроентеритів і внесла істотний внесок у вивчення гепатиту В.

Теоретичні основи іммуноморфологиі на светооптічеськом рівні розроблені в 1942 році Кунсом із співробітниками, які вперше показали, що в молекулу антитіла можна ввести деякі речовини, не порушуючи істотно їх специфічності. Розвиток цієї ідеї дозволив в 1959 році Зінгеру розробити іммунноморфологичеській метод на електронномікроськопічеськом рівні, заснований на використовування антитіл, мічених ферритином. Ферритин-білок з високим змістом заліза, в якому атоми металу організованни в 4 суб'едініци, розташовані близько один до одного, що забезпечує високе розсіювання електронів при ЕМ і чітке виявлення молекули.

Кон'югація білка з антитілом можлива за допомогою різних біфункціональних агентів, найбільше поширення серед яких набули 3,4-толуєндіїзоцианат і ксиленметадіїзоцеанат. Імунна електронна мікроскопія за допомогою антитіл, мічених ферритином, ефективна для виявлення екстрацеллярних антигенів мікробів в інфікованих тканинах, зокрема вірусних антигенів на поверхні клітки, а також поверхневих антигенів в клітці. Разом з тим ця методика у ряді випадків неефективна, наприклад, якщо необхідно досліджувати внутріклітинні об'єкти, антигени мікробів усередині клітки, що має місце, в першу чергу, при вірусних інфекціях. Це обумовлено тим, що молекулярна вага (маса) антитіл, мічених ферритином, близько 800 тис., і тому проїхожденіє їх через плазматичну мембрану клітки неможливо, а антитіла, мічені ферритином, ті, що проникли через неї шляхом ендоцитоза не вступають в контакт із специфічним антигеном. Тому основна маса досліджень, пов'язана з виявленням внутріклітинних антигенів за допомогою антитіл, мічених ферритином, виконана при руйнуванні плазматичної мембрани шляхів заморожування-відтавання або обробки компліментом. Заміна ферритину низькомолекулярними з'єднаннями, що містять ртуть, йод, не знайшла широкого застосування через низьку специфічність методу.

З кінця 60-их років 20-го століття в імунології застосовується іммуннопероксидазная методика ЕМ для виявлення антигенів всередині і на поверхні кліток. Перексидаза, використовувана для мітки антитіл, дозволяє одержати якнайкращий ефект в