вже після того цар московський не був спроможний вивести в поле такого блискучого війська. В жалобній одежі вийшов цар Олексій Михайлович до народу й жах напав на Москву... Царська столиця Москва тепер затремтіла за свою власну безпеку: з наказу царя люди всіх станів поспішали на земляні роботи для укріплення Москви. Сам цар із боярами раз-у-раз приходив дивитися на ці роботи. Мешканці околиць зі своїми родинами та майном наповнили Москву, і йшла чутка, що цар виїздить за Волгу, за Ярославль».
Очікувалося, що Виговський піде просто на Москву. Бій під Конотопом, здавалося, вирішив результат війни на користь України, з'явилась перспектива звільнитися від влади Московії. Але використати таку грандіозну перемогу Виговському не вдалося. За його плечима кувалася зрада, готувалося повстання. Опозицію за допомогою воєвод організував керівник старшин промосковської орієнтації — наказний гетьман Іван Безпалий. До того ж більшість українського народу не сприйняла Гадяцької угоди, незважаючи на її досягнення з державного, політичного, юридичного погляду. Неможливим здавався ніякий союз із Польщею, з-під гніту якої люди тільки-но визволилися. Лякалися, що польські магнати й шляхта повернуться, знову буде кріпацтво, панщина, окатоличення, ополячення. Сама думка про поворот під верховенство польського короля була нестерпною.
Не тільки селяни, а й частина козаків, окремі міста й такі старшини, як вінницький пол'ковник Іван Богун і славетний кошовий Іван Сірко — противники Московської держави, взяли участь у повстанні проти Виговського, яке згодом переросло в народне антипанське повстання. Жертвою його став і Юрій Немирич, якого селяни зарубали біля села Свидовця Козелецького повіту, розшматувавши його тіло. У цей час Іван Сірко підняв повстання на півдні. Оголосивши гетьманом Юрася Хмельницького, він організував напад на Крим. Хан, змушений поспішити туди, покинув Виговського, який не мав змоги без татар продовжувати наступ на Москву.
Шанс визволити Україну від царського панування був утрачений. Група полковників, очолених Тимошем Цецюрою, Василем Золотаренком, Якимом Сомком, які домагалися гетьманства, організували змову проти гетьмана. За допомогою «ратних людей» Шереметьєва перебили кілька тисяч прихильників Виговського. Знову спалахнуло полум'я громадянської війни. Очевидець писав:
«Одно містечко воює проти іншого, син проти батька, батько проти сина — страшне тут твориться вавілонське замішання». Змовники закликали на Україну Трубецького з рештою його армії. Він зібрав свої полки, а потім вийшов на Лівобережжя, захоплюючи місто за містом і приводячи всіх до присяги на вірність цареві. Київський воєвода Шереметьєв послав військо з Києва, яке попалило і зруйнувало дощенту Гоголів, Вороньків, Трипілля, Стайки, Макарів, Горностай-поле і ще багато інших містечок, сіл і хуторів, а людей — і великих, і дітей, і жінок — усіх до ноги вибило.
Гетьман спробував звернутися до ради, яка зібралася в Германівці на Київщині 11 вересня 1659 р., але мусив утікати. Всі козаки його покинули й перейшли до Юрія Хмельницького. З Виговським залишилися тільки його наймане військо та поляки. Верещагу й Сулиму, яким гетьман звелів прочитати на раді гадяцькі пакти, козаки порубали. Група Цецюри звинуватила Виговського в тому, що він «продав козацьку волю за польські шляхетські привілеї». Рада розійшлася й зібралася через деякий час у Жердеві, поблизу Канева, вже без Виговського. Обрали гетьманом Юрася Хмельницького. Виговський добровільно передав гетьманські клейноди — булаву та бунчук, але поставив умову, щоб його жінку Олену Виговську з маленьким сином Остапом Юрій Хмельницький випустив із Чигирина.
На той час царська армія оволоділа всім Лівобережжям. її командуючий Трубецькой, виконуючи таємні царські інструкції, закликав Юрася Хмельницького до Переяслава. Тут Трубецькой організував раду, оточивши її 40-тисячним царським військом. Переважали на раді старшини — прихильники Москви, з правобережних полковників майже ніхто не прибув. Юрій Хмельницький, якого знову було обрано гетьманом, потрапив фактично в становище заручника Трубецького й мусив прийняти так звані переяславські статті, в яких, крім інших обмежень української державності, встановлювався контроль царя над військовою діяльністю козацтва, обмежувалася влада гетьмана й підпорядковувалися численним царським воєводам функції та права старшинської адміністрації.
Майже всіх родичів Виговського було заарештовано: братів — Данила, Василя, Юрія, небожа Іллю Виговських. Їх забрали до Москви, а потім заслали в Сибір. Данило Виговський вмер по дорозі, в Калузі, не витримавши мордування.
Після ради до Івана Виговського, котрий спинився у Білій Церкві, прибули обозний Носач, полковники Гуляйницький та Дорошенко і вручили колишньому гетьману постанову ради й підписку нового гетьмана Юрія Хмельницького та старшини, що вони видадуть Виговському його дружину й звільнять із полону в Чигирині деяких поляків. Але Юрій Хмельницький зламав своє слово й не випустив Олену Виговську, якій довелося майже рік прожити в Суботові під сторожею, де вона дуже бідувала. Він навіть мав намір видати її з дитиною царському уряду.
Переяславські статті 1659 р. викликали гостре невдоволення козацтва та обурення серед старшини, значна частина якої після цього відійшла від Москви, зокрема й деякі найбільші її прихильники. Утвердившися на Лівобережжі, царський уряд поставив за мету анулювати Гадяцьку угоду й продовжити експансію на Правобережну Україну. Він направив туди, в порушення Віденської угоди з Польщею, 20-тисячну сильно озброєну й вимуштрувану чужоземними офіцерами армію під проводом Василя Шереметьєва, а також 20-тисячний козацький корпус під командуванням полковника Тимоша Цецюри. Гетьман Юрій Хмельницький із 30-тисячним козацьким військом мусив до них приєднатися по дорозі.
Поляки оточили Шереметьєва під містечком Любаром. Після кількаденних боїв Шереметьєв відійшов до Чуднова, де його війська було взято в облогу.
