Прихід до влади нового гетьмана зумовив загострення політичної і соціальної боротьби, яка переросла в у громадянську війну. Так, він припустився серйозної помилки, відмовившись від скликання генеральної (чорної) ради для обрання себе гетьманом, що викликало глибоке обурення значної частини рядового козацтва. Недооцінивши гостроти соціальних суперечностей, Виговський став на шлях ігнорування інтересів незаможного козацтва, запорожців, селян і міщан. На Запорожжі зміщується кошовий, робляться обмеження вільностей запорожців, набирає поширення збір різноманітних поборів, оренда, що викликало обурення і в козаків на волості. У листопаді рух невдоволення охопив уже чималу кількість запорожців і незаможних козаків. За свідченням московського посланця Рогозіна, «багато голяків повстали, і худорідні людці полковників і сотників, і осавулів не слухають і говорять, мовляв, ми їх переб'ємо і пожитки їх заберемо».[c.182, 3]

Зіткнувшись із серйозним спротивом, Виговський обрав згубну для держави тактику дій. Замість того, щоб рішуче або шляхом поступок загасити конфлікт, почав залучати до його розв'язання російський уряд. До такого ж заходу вдається і керівництво опозиції. Внаслідок цього обидві сторони несуть відповідальність за створення сприятливих умов для реалізації Московських планів обмеження суверенітету козацької України та її перетворення в автономну частину Російської держави.

У зовнішній політиці до початку 1658 р. гетьманський уряд проводив курс, спрямований на захист національних інтересів. Було зроблено кроки для відновлення союзних відносин з Кримом і порозуміння з Портою; 16 жовтня укладено договір із Швецією, що передбачав утворення військово - політичного союзу та визнання її урядом незалежності України. Серйозна увага приділялася врегулюванню взаємин з Річчю Посполитою - у жовтні було досягнуто угоди не розпочинати воєнних дій і дотримуватися кордону по річці Горинь, а в листопаді гетьман та Ю. Немирич повернулись до ідеї про можливість входження козацької України на певних умовах до складу Речі Посполитої. На початку січня 1658р. І. Виговський повідомив Яна Казимира про свою згоду на визнання його зверхності й на укладення певного договору. Проте слід зауважити, що ці кроки гетьмана не були реалізацією наперед продуманого плану на з'єднання з Польщею й не слід перебільшувати його пропольських симпатій.

Протягом лютого - березня 1658р. І. Виговський проводить надзвичайно складну і в окремих аспектах важкозрозумілу зовнішньо - політичну діяльність. З одного боку, гетьман проводив курс на зближення на антиросійській платформі з Річчю Посполитою і Кримом. З другого - робив такі поступки Москві, про які та могла лише мріяти. Зокрема, він погодився на прибуття воєвод до «знатних міст» і передачу їм адміністративної влади; звернувся до російського уряду за проханням «умиротворити» Запоріжжя і Полтавський полк, а також надіслати до українських міст воєвод з комісарами для складання козацького реєстру та перепису міщан.

Таємно отримуючи підтримку від Москви, проти Виговського виступала внутрішня опозиція, яку очолили кошовий отаман Я. Барабаш та М. Пушкар. Виговський придушив цей виступ, але тодішня братовбивча боротьба коштувала Україні до 50 тис. жертв, ослабила її як військово, так і політично.

У свою чергу, Москва, майстерно виконуючи роль «миротворця» сторін, по суті провокувала загострення боротьби між ними, активно формуючи при цьому поміж козацтва і старшини свою партію. Починаючи з березня, у вир соціально - політичної боротьби на Лівобережжі втягуються десятки тисяч людей, і вона переростає в громадянську війну. Поглибленню кризи сприяла й бездіяльність І. Виговського. Не довіряючи ні старшині, ні козакам, він чекав допомоги з Криму, щоб виступити проти повстанців. Отримавши її, гетьман у середині травня виступив у похід. На цей час у нього остаточно визріває думка порвати з Москвою і повернути козацьку Україну Речі Посполитій. Для розроблення проекту майбутнього договору в кінці травня він відправляє полковника Павла Тетерю на переговори з польським послом Станіславом - Казимиром Бенєвським. У бою 10 червня в околицях Полтави армія повстанців зазнала нищівної поразки, загинув її керівник М. Пушкар. Вражає жорстокість над переможеними: частину з них гетьман наказав розстріляти, інших віддав татарам; розправився і з мешканцями зруйнованої Полтави. Було страчено кількох кількох полковників і 12 сотників.

Гадяцький договір і початок збройного конфлікту. Повернувшись до Чигирина, Виговський прагнув стабілізувати політичну ситуацію в державі. На початку серпня дізнався про підтримку Яном Казимиром проекту договору з Річчю Посполитою, котрий згодом було покладено в основу Гадяцького договору. За свідченням джерел, він прагнув домогтися входження козацької України до складу Речі Посполитої на правах рівноправного суб'єкта федерації, що викликало невдоволення в правлячих колах Польщі.

Залишивши частину поляків для блокування московської залоги в Києві, гетьман 21 серпня подався на лівобережжя і на початку вересня розташувався табором неподалік Гадяча. Сюди ж 9 вересня з'явилося польське посольство С. К. Бенєвського, а наступного дня - російське Василя Кікіна. Розпочався надзвичайно складний процес переговорів, під час яких значна частина старшин виступила проти розриву договору з Москвою. І.