Вищим органом СОТ є Конференція міністрів, що поєднує представників всіх учасників організації. Сесії конференції проходять не рідше одного разу в два роки, на них обговорюються і приймаються рішення щодо принципових питань, пов'язаних з пакетом угод Уругвайського раунду.

Перша конференція відбулася в грудні 1996 р. у Сінгапурі, на ній, зокрема, було прийнято Угоду про лібералізацію торгівлі в області інформаційних технологій (ІТА). Друга – у травні 1998 р. у Женеві, де підводилися основні підсумки п'ятдесятилітньої діяльності ГАТТ/СОТ і було прийняте рішення про підготовку до нового раунду багатосторонніх торговельних переговорів (БТП).

Третя Міністерська конференція відбулася 30.11-03.12.1999р. у Сіетлі (США) і була присвячена обговоренню імплементації країнами-членами організації угод Уругвайського раунду, а також формату нового раунду БТП. Планувалося почати переговори насамперед за "комплексним порядком денним" (сільське господарство, торгівля послугами), а також підготувати рекомендації з перспектив діяльності СОТ з урахуванням рішень попередніх Конференцій, у т.ч. можливому включенню в майбутні переговори нових сфер.

Формально в Сіетлі не удалося досягти поставлених цілей, тому що конкретна повістка раунду і формат його проведення не були детально розробленими. Це було обумовлено наявністю серйозних протиріч щодо принципових проблем у цілому і щодо нових сфер, зокрема, між промислово – розвиненими державами і країнами, що розвиваються. Також були наявні значні розбіжності між провідними гравцями СОТ – групи “квадро” (ЄС, США, Японія, Канада), включаючи розбіжність їхніх стратегічних інтересів щодо проведенню нового раунду.

У підсумку було прийняте рішення продовжити обговорення даних проблем у Женеві під егідою Генеральної ради СОТ, яка мала представити свої пропозиції по проведенню нового раунду. У рамках відповідних Комітетів СОТ навесні 2000 р. почалося обговорення тільки проблематики “комплексного порядку денного”. У 2000-2001р. проходив також розгляд пропозицій країн-членів щодо формату подальшої еволюції цих Угод і інших сфер діяльності організації. З урахуванням протиріч, які і досі лишаються між різними групами держав і окремих країн-членів СОТ, робота будувалася на пошуку компромісних рішень.

9-13 листопада 2001 р. у Досі (Катар) відбулася четверта Конференція міністрів, на якій у підсумку було прийняте рішення почати переговори по ряду напрямків, що стосується “ комплексного порядку денного”, промислових тарифів, ТРІПС, правил СОТ. У рамках відповідних комітетів ведеться робота з переговорів в інших областях (інвестиції, конкуренція, екологія, спрощення торгівлі і т.д.). У лютому 2002р. почав роботу Комітет з торговельних переговорів, що включає ряд спеціалізованих органів, і є координатором переговорного процесу нового раунду БТП.

На п'ятої Міністерської конференції (вересень 2003 р., м. Канкун, Мексика) буде підбито проміжні підсумки БТП і визначено формат їхнього продовження. Новий раунд передбачається завершити до початку 2005 р.

Структура і функції

Між сесіями Конференцій міністрів по мірі необхідності (8-10 разів у рік) для рішення поточних і процедурних питань скликається Генеральна Рада, що складається з представників всіх учасників організації. Крім того, Генеральна рада адмініструє діяльність Органу з врегулювання суперечок та Органу з огляду торговельної політики.

Конференція міністрів СОТ засновує Комітет з торгівлі і розвитку, Комітет з обмежень з метою забезпечення рівноваги платіжного балансу, Комітет з бюджету, фінансів і адміністрації, а також Комітет з торгівлі і навколишнього середовища, Комітет з регіональних торговельних угод і низку інших органів.

Конференція міністрів (чи Генеральна рада) призначає Генерального директора СОТ. З 1999р. по вересень 2002 р. їм був Майк Мур, екс-прем'єр-міністр Нової Зеландії. Однак термін повноважень Гендиректора скорочений до трьох років і у вересні 2002 р. його замінив Супачай Паничпакді, який був віце-прем'єром Таїланду.

Під керівництвом Генеральної ради працюють Рада з торгівлі товарами, Рада з торгівлі послугами і Рада з ТРІПС, а також ряд інших органів. У рамках цих Рад засновані Комітети з Угод і переговорні групи, членство в яких відкрито для всіх учасників СОТ. Також функціонують інші спеціалізовані органи.

Виконавчим органом організації є Секретаріат СОТ в Женеві (Швейцарія), у структурних підрозділах якого зайнято 500 чоловік. Робочі мови СОТ – англійська, французька і іспанська. Бюджет організації на 2001 р. складав 134 млн. швейц. франків (близько 90 млн. $).

Прийняття рішень

У СОТ практикується прийняття рішень на основі консенсусу, хоча де-юре передбачене голосування. Тлумачення положень угод щодо товарів, послуг, ТРІПС, звільнення від прийнятих зобов'язань (вейвер) приймаються 3/4 голосів. Виправлення, що не торкаються прав і зобов'язань учасників, а також прийняття нових членів вимагають 2/3 голосів (на практиці, як правило, консенсусом).

Членство в організації

Відповідно до Угоди про створення СОТ, країнами-засновниками організації стали всі Договірні Сторони - учасники ГАТТ (128 держав), що надали списки зобов'язань щодо товарів і послуг і ратифікували пакет угод Уругвайського раунду.

В даний час повноправними учасниками СОТ є 145 держав, причому тільки 17 з них стали новими членами – Еквадор, Болгарія (1996р.), Монголія, Панама ( 1997р.), Киргизія (1998р.), Латвія, Естонія (1999р.), Йорданія, Грузія, Албанія, Оман, Хорватія ( 2000 р.), Литва, Молдова ( 2001 р.), Китай (грудень 2001 р.), Тайвань (січень 2002 р.), Македонія (жовтень 2002 р.).

Більш тридцяти держав мають статус спостерігача у СОТ. Переважна більшість з них, у тому числі Росія, Саудівська Аравія, Алжир, Україна, Казахстан, інші держави СНД (крім Туркменії) знаходяться на різних стадіях приєднання до СОТ.

Крім цього, понад 60 міжнародні організації мають статус спостерігача в різних структурах СОТ, у т.ч. ООН, ЮНКТАД, МВФ, МБРР, регіональні угруповання, товарні асоціації. Під егідою ЮНКТАД/СОТ