На другому етапі (2006 рік і далі) поступово формується конкурентне середовище в сфері залізничних перевезень, здійснюється поетапний перехід до європейської моделі управління залізничним транспортом на основі організаційного розмежування управління інфраструктурою та системами управління рухом (державний сектор) та наданням транспортних послуг (оператори всіх форм власності).

При здійсненні структурної перебудови на залізничному транспорті в галузі ремонту рухомого складу створити Державну холдінгову компанію у формі акціонерного товариства (залишивши, як організаційну структуру, об’єднання Укрзалізпром) з наступним їх реформуванням в єдину структуру з збереженням функцій державного управління зазначеними підрозділами за Міністерством транспорту та зв'язку України.

Основні функції цієї структури: надання послуг в ремонті рухомого складу та сервісному обслуговуванні з метою підтримання його в належному технічному стані; здійснення єдиної технічної політики в галузі ремонту рухомого складу; забезпечення єдиного підходу в ціновій політиці.

На автомобільному транспорті одним з першочергових завдань є вдосконалення регіонального управління автомобільним транспортом на базі створення системи контролю за рухом транспортних засобів та якістю транспортних послуг, яка повинна забезпечуватись міськими, районними та регіональними центральними диспетчерськими службами. Підлягає розробці та впровадженню система державної підтримки мобілізаційної готовності автотранспортних підприємств.

На авіаційному транспорті необхідно продовжити розвиток системи ліцензування і регулювання ринку повітряних перевезень та державного нагляду за виконанням вимог з безпеки польотів і авіаційної безпеки усіма учасниками авіаційної діяльності. Продовжити процеси розділу функцій державного та господарського управління авіаційними підприємствами з часткою державної власності. Створити національну незалежну систему сертифікації авіаційної техніки на базі вітчизняних науково-експериментальних центрів.

В дорожньому господарстві з метою подальшого розмежування функцій державного та господарського управління в дорожньому комплексі передбачається реформування державної корпорації Укравтодор в урядовий орган державного управління для забезпечення інтересів держави як власника автомобільних доріг та контролю за ефективним використанням фінансових ресурсів дорожніх фондів.

На морському транспорті з метою розмежування функцій державного та господарського управління зосередити в Укрморрічфлоті функції з управління державним майном та регулювання підприємницькою діяльністю на морському транспорті незалежно від форми власності та відомчої підпорядкованості;    

підпорядкувати Укрморрічфлоту підприємства морського транспорту, засновані на державному майні, та надати функції довірчого управління часткою державного майна підприємств, заснованих на спільній власності;     

створити відокремлений від Укрморрічфлоту орган державного управління у складі Мінтрансу - «Морська адміністрація України», який має організувати управління безпекою судноплавства, у тому числі виконання зобов’язань за міжнародними договорами України з безпеки судноплавства як держави прапору, прибережної держави та держави порту, забезпечення впровадження трудових і соціальних стандартів праці моряків та портових робочих, що встановлені міжнародними договорами України з МОП («морські» конвенції МОП); підпорядкувати Морській адміністрації України органи державного нагляду та контролю над безпекою судноплавства, реєстрації суден, дипломування та підготовки моряків та інше.

Вирішення завдань реформування галузі неможливе без змін форм власності.

При визначенні темпів та форм приватизації на транспорті потрібно враховувати технологічну складність виробничих комплексів, ступінь пов’язаності або автономності підприємств, які входять до їх складу, функціональне призначення, наявність монопольних ознак, їх роль у забезпеченні державних та суспільних потреб, наявність підстав для масштабного виробництва, економічну та організаційну готовність до зміни організаційно-правових форм власності. Виходячи з наведеного, передбачається застосовування таких принципових схем:    

комерціалізація діяльності підприємств, які залишаються у державній власності;    

комерціалізація –корпоратизація – акціонування зі 100%-м капіталом держави на початковому етапі;    

корпоратизація – акціонування зі збереженням за державою контрольного пакету акцій;    

створення приватизованих підприємств (корпорацій).

Актуальним завданням залишається ефективне професіональне управління державними пакетами акцій в акціонерних товариствах, забезпечення присутності і контролю держави в акціонерних компаніях, що мають стратегічне та мобілізаційне значення.

В сфері управління державним майном, що не підлягає приватизації, важливим є встановлення вигідних для держави і таких, що відповідають реальній ринковій кон’юнктурі умов орендного використання державної власності. 

Основні завдання в області реформування форм власності за видами транспорту

На залізничному транспорті:    

завершення приватизації промислових підприємств і підприємств промислового транспорту;    

розширення приватизації комерційно-виробничих підприємств і об’єктів торгівлі та фармації (аптечні заклади);    

здійснення підготовчих заходів щодо корпоратизації в окремих сферах основної діяльності.

В дорожньому комплексі:    

корпоратизація державних підприємств, що здійснюють ремонт і утримання автомобільних доріг загального користування. Створення Національної Акціонерної Компанії Автомобільні дороги України

На авіаційному транспорті:

Реформування відносин власності і підприємств буде проводитись за такими напрямками:    

формування конкурентоспроможної групи аеропортів;    

завершення відокремлення аеропортів у самостійні підприємства;    

передача аеропортів, що не відповідають сертифікаційним вимогам і не спроможні їх забезпечити самостійно, до комунальної власності;    

корпоратизація аеропортів з метою підготовки до приватизації;    

створення юридичної особи, що буде уповноваженою особою з професійного управління державною часткою акцій аеропортів України;    

створення на базі Державного міжнародного аеропорту Бориспіль національного вузлового аеропорту;    

створення національної холдінгової авіакомпанії Об’єднані авіалінії України що буде уповноваженою особою з професійного управління державною часткою акцій авіаперевізників.

На морському та річковому транспорті :    

завершення приватизації підприємств, які не мають безпосереднього зв'язку з транспортним процесом;    

здійснення підготовчих заходів щодо корпоратизації в окремих видах діяльності морського і річкового транспорту;    

створення державної судноплавної компанії на базі майна діючих державних підприємств, підприємств які орендують державне майно та акціонерних компаній.     

З метою підвищення економічної ефективності роботи транспортних підприємств передбачається реалізація таких напрямків державної транспортної політики.

Формування ринків транспортних послуг

Держава всебічно сприяє формуванню і розширенню ринків транспортних послуг, розвитку підприємництва і сумлінної конкуренції як одного з основних факторів скорочення витрат