Усього в межах СНД функціонує близько 90 міждержавних та інших органів, у 58 з них представлена Україна. Більше половини цих органів розташовано в Росії (в тому числі такі важливі, як Міждержавний економічний комітет Економічного союзу (МЕК ЕС), Міжпарламентська асамблея (МПА), Об’єднане командування Колективних миротворчих сил), 10 – у Білорусі (в тому числі Виконавчий секретаріат), три – в Україні (два з них займаються проблемами науково-технічного співробітництва та один – питаннями туризму), по одному органу СНД розташовано в Туркменістані та Таджикистані.

У грудні 1994 р. створено Міждержавний економічний комітет, завданням якого було посилення координації господарського співробітництва країн СНД. Україна підтримала ідею про формування цього органу, розраховуючи на можливість його використання проти погіршення умов взаємної торгівлі та економічного співробітництва в цілому.

Невисока результативність діяльності СНД у політичній та особливо економічній сфері спонукала окремих членів Співдружності до більш чіткого визначення позицій стосовно мети її існування, можливостей та моделей подальшого розвитку. Керівництво Росії розглядало СНД як інструмент прискорення інтеграції, що з певними відмінностями підтримувалося також владними структурами Казахстану, а з другої половини 90-х років – президентськими адміністраціями Білорусі та Киргизстану. Україна й Туркменістан, дещо менш активно Грузія, Молдова, Узбекистан, Азербайджан виступали за збереження Співдружності, але як органу співробітництва суверенних країн, інструменту взаємодії в тих конкретних сферах, де існує взаємна заінтересованість в спільному розв’язанні складних економічних та політичних проблем.

Останнім проявом більш-менш спільних підходів до подальшого формування механізму СНД стала Угода про створення Платіжного союзу, підписана більшістю учасників наради Голів держав та Голів урядів співдружності у жовтні 1994 р. Проте суперечності між закладеною в Угоду концепцією валютної інтеграції та об’єктивними інтересами країн – учасниць Співдружності, реальними передумовами їх входження до Платіжного союзу, тобто низьким рівнем господарської та фінансової стабільності національних економік, призвели до того, що Платіжний союз СНД не функціонує і до цього часу.

З 1995 р. керівництво Росії дедалі чіткіше визначає свою позицію щодо формування в межах СНД так званого “інтеграційного ядра”, поділяючи учасників Співдружності на дві групи – прихильників ідеї прискореної інтеграції під патронатом РФ – та на решту, стосовно якої здійснюється більш жорстка економічна політика. У затвердженому Президентом РФ Б. Єльциним 14 вересня 1995 р. “Стратегічному курсі Росії з державами – учасницями СНД” прямо формулюється модель “різношвидкісної інтеграції” та підкреслюється, що ставлення до цього процесу партнерів по Співдружності “буде важливим фактором, що визначає масштаби економічної, політичної та військової підтримки з боку Росії”. Ця теза випливає з ще більш вагомих постулатів “Стратегічного курсу” стосовно того, що в СНД зосереджені “головні життєві інтереси” Росії, тому необхідне укріплення її “провідної сили... на території постсоюзного простору”. Тобто політична еліта Росії недвозначно розцінювала інтеграцію в межах СНД як засіб установлення панівного становища РФ на території колишнього СРСР, що неминуче викликає негативну реакцію з боку України та більшості інших суверенних держав Співдружності.

Наочним проявом утілення в життя російської моделі прискореної інтеграції стала угода про Митний союз РФ та Білорусі від 6 січня 1995 р., до якої через два тижні приєднався Казахстан, у березні 1996 р. – Киргиз стан та в 1998 р. – Таджикистан. Ця угода передбачала уніфікацію законодавства членів цього союзу не лише в суто зовнішньоекономічній сфері (валютний та експортний контроль, цінова політика тощо), а й відносно “економічних умов господарювання” в цілому. Фактично це означало необхідність перебудови національних економічних механізмів партнерів за зразком найбільш могутнього члена союзу, тобто Росії. При цьому передбачалося провести цей захід у короткі строки – всього за чотири місяці, тоді як у ЕЄС лише перший етап подібної уніфікації був розрахований на 15 років. У дійсності за перших 5 років існування Митного союзу вагомих кроків стосовно зближення умов господарювання його члени не зробили, а кардинальні відмінності в національних економічних механізмах не дали змоги створити однорідний митний простір, забезпечити якісне поглиблення інтеграції між учасниками угоди.

Разом із тим можливості Митного союзу дедалі більше використовуються РФ як засіб тиску на інші країни СНД, насамперед Україну. Після січня 1995 р. умови її торгово-економічних відносин із РФ та Білоруссю значно погіршилися, зокрема стосовно використання режиму вільної торгівлі з цими країнами. Водночас належність до Митного союзу не заважає її членам, передусім Росії та Казахстану, здійснювати власну політику співробітництва із США, країнами ЄС та іншими державами (особливо в торговельній та інвестиційній сферах), при цьому в багатьох випадках це суперечить інтересам решти