Первісно в основу побудови організаційної структури органів ДПС України було закладено структуру жорсткої вертикальної централізації з прив'язкою до адміністративно-територіального устрою держави.

Законом України від 25 червня 1991 року № 1251-ХІІ "Про систему оподаткування" визначено принципи побудови системи оподаткування в Україні, податки і збори, (обов'язкові платежі) до бюджетів та до державних цільових фондів, а також права, обов'язки та відповідальність платників податків.

З метою коригування податкової політики відповідно до основних напрямів економічних реформ в Україні, захисту інтересів вітчизняного товаровиробника, посилення податкової та платіжної дисципліни, забезпечення своєчасних надходжень до дохідної частини бюджету видано Указ Президента України від 31 липня 1996 року № 621/96 "Про заходи щодо реформування податкової політики".

22 серпня 1996 року Президентом України видано Указ № 760/96 "Про утворення Державної податкової адміністрації України та місцевих державних податкових адміністрацій" та Указ від 30 жовтня 1996 року № 1013/96 "Питання державних податкових адміністрацій", що було обумовлено об'єктивною необхідністю, а саме:

не досягалась головна мета, що ставилась перед органами ДПС України, - забезпечення своєчасних надходжень до бюджету коштів, необхідних для фінансування державних видатків;

ДПС України діяла переважно як фіскальний орган, що спрямовує свої зусилля на легальний бізнес.

Зазначеними указами передбачалось, що Державна податкова адміністрація України є центральним органом виконавчої влади, а державні податкові адміністрації в областях, районах, містах і районах у містах - самостійними одиницями, які не входять до складу місцевих державних адміністрацій.

У серпні 1996 року згідно із зазначеним вище Указом Президента України від 22 серпня 1996 року № 760/96 у складі Державної податкової адміністрації України було створено податкову поліцію, яка з лютого 1998 року почала називатися податковою міліцією.

У лютому 1998 року Верховна Рада України схвалила нову редакцію Закону України "Про державну податкову службу в Україні" та Закон України "Про внесення змін і доповнень до Кримінально-процесуального кодексу України та деяких інших законодавчих актів України у зв'язку з утворенням податкової міліції", до складу якої ввійшли: Головне управління податкової міліції, слідче управління податкової міліції, управління по боротьбі з корупцією в органах ДПС України.

Таким чином, було створено якісно нову систему органів ДПС України, до складу якої ввійшли:

Державна податкова адміністрація України (далі - ДПА України);

державні податкові адміністрації в АР Крим, областях, містах Києві та Севастополі;

державні податкові інспекції в районах, містах, районах у містах.

Створення стабільної податкової системи, яка б у своїй основі мала чітку організацію порядку стабільної сплати податків, зборів та інших обов'язкових платежів, було актуальним з перших днів незалежності України.

На етапі становлення податкової системи України в умовах розвитку ринкових відносин первісно сформувалася централізована вертикальна система органів ДПС з вираженою спеціалізацією за видами податків. Така організаційна структура була об'єктивною необхідністю в період розробки основ податкового законодавства країни, створення методологічної бази його реалізації на практиці, налагодження механізму нарахування і стягнення податків.

З 1997 року ДПА України було вироблено єдину цілеспрямовану ідеологію розвитку ДПС України, яка полягала в забезпеченні відповідності реформам у суспільному та економічному житті країни.

Разом з тим виявилась необхідність комплексної модернізації органів ДПС України.

У діючій організаційній структурі не існувало типової організаційно-функціональної структури районного і обласного рівня, що не сприяло ефективному управлінню діяльності податкових органів.

У результаті реорганізації центрального апарату ДПС України було закладено важливі організаційні передумови для розвитку методології щодо функціональної діяльності та створено нові управління: примусового стягнення податків; по роботі з платниками податків; Державного реєстру фізичних осіб; АІС "Податки" юридичних осіб; апеляцій; організації документальних перевірок; податкової поліції; по боротьбі з корупцією; організаційно-розпорядче; економічного аналізу.

У березні 1998 року було затверджено типову організаційну структуру державних податкових адміністрацій та інспекцій (наказ ДПА України від 06.03.98 № 97 "Про затвердження організаційної структури державних податкових адміністрацій та інспекцій"), що дозволило разом з упровадженням типової організаційної структури органів ДПС України цілеспрямовано проводити роботу щодо максимального здешевлення функції держави по мобілізації податків, зборів, обов'язкових платежів.

Схвалена в 1998 році Програма дій Кабінету Міністрів України дала можливість передбачити на майбутнє в організаційній структурі ДПС України перехід до податкових округів та відхід від побудови органів ДПС України за адміністративно-територіальним принципом Финансы предприятий / Под ред. Н.В. Колчиной. – М., «Финансы», 1998. С. 49..

Створення міжрайонних і об'єднаних державних податкових інспекцій стало першим кроком до вирішення цього завдання (наказ ДПА України від 12.02.98 № 66 "Щодо програми створення об'єднаних державних податкових адміністрацій").

Якщо до початку реорганізації в Україні було 796 державних податкових інспекцій і адміністрацій, то після проведених об'єднань станом на 01.09.2003 їх залишилося лише 464.

На виконання указів Президента України від 19 липня 2001 року № 532/2001 "Про додаткові заходи щодо боротьби з відмиванням доходів, одержаних злочинним шляхом" та від 11 липня 2001 року № 510 "Про посилення державного контролю за виробництвом та обігом спирту, алкогольних напоїв і тютюнових виробів", а також постанови Кабінету Міністрів України від 7 серпня 2001 року № 940 "Про заходи щодо посилення державного контролю за виробництвом та обігом спирту, алкогольних напоїв і тютюнових виробів та